Producten

Prokaryotische RNA-sequencing

Prokaryotische RNA-sequencing maakt gebruik van next-generation sequencing (NGS) om de aanwezigheid en hoeveelheid RNA op een bepaald moment bloot te leggen, door het veranderende cellulaire transcriptoom te analyseren.De prokaryotische RNA-sequencing van ons bedrijf is specifiek gericht op prokaryoten met referentiegenomen en biedt u transcriptoomprofilering, genstructuuranalyse, enz. Het wordt op grote schaal toegepast op fundamenteel wetenschappelijk onderzoek, geneesmiddelenonderzoek en -ontwikkeling, en meer.

Platform: Illumina NovaSeq-platform

Neem contact met ons op

Servicedetails

Servicespecificaties

Platform: Illumina NovaSeq-platform, PE150

Bibliotheektype: cDNA-bibliotheek met insert van 350 bp (afhankelijk van piekverdeling)

Sequencingstrategie: Paired-End 150 bp

Aanbevolen gegevenshoeveelheid: 2 Gb onbewerkte gegevens/monster

Bio-informatica

(1) Kwaliteitscontrole van sequentiegegevens: verdeling van nucleotiden, distributie van basiskwaliteit, beoordeling van rRNA-ratio's;

(2) Analyse van sequentie-uitlijning: statistieken van uitlijningsresultaten, verzadiging van sequencing, dekking van sequencing;

(3) Annotatie van het referentiegenoom (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Expressieanalyse: expressieverdeling (met twee of meer monsters), analyse van expressie tussen monsters (Venn-analyse, correlatieanalyse, PCA-analyse);

(5) Differentiële expressieanalyse (met twee of meer monsters);

(6) Analyse van genensets: Venn-analyse, clusteranalyse, functieannotatieanalyse (COG, GO, KEGG), functieverrijkingsanalyse (GO, KEGG), functieverrijkingsakkoordgrafiek, Ipath-analyse;

(7) sRNA-analyse: sRNA-voorspelling, sRNA-annotatie (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), voorspelling van de secundaire sRNA-structuur, voorspelling van sRNA-doelgenen;

(8) Transcriptstructuuranalyse: operonanalyse, voorspelling van start- en eindlocaties van transcriptie, UTR-annotatie en -analyse, voorspelling van promotersequenties, SNP/InDel-analyse (SNP/InDel-annotatie, regionale SNP/InDel-verdeling, SNP-statistieken).