Prokaryotische RNA-sequencing
Functies
● Bij de verwerking van RNA-monsters was er sprake van uitputting van rRNA, gevolgd door gerichte voorbereiding van de RNA-bibliotheek.
● Bioinformatische analyse gebaseerd op afstemming op een referentiegenoom
● Analyse omvat genexpressie en DEG's, maar ook transcriptstructuur en sRNA-analyse
Servicevoordelen
●Strenge kwaliteitscontrole: we implementeren kerncontrolepunten in alle stadia, van monster- en bibliotheekvoorbereiding tot sequencing en bio-informatica. Deze nauwgezette monitoring garandeert de levering van resultaten van consistent hoge kwaliteit.
●Strandspecifieke sequentiegegevens: omdat de voorbereiding van de RNA-bibliotheek directioneel is, waardoor identificatie van antisense-transcripten mogelijk is.
●Volledige analyse afgestemd op prokaryote transcriptomen: de bioinformatische pijplijn omvat niet alleen analyse van de genexpressie, maar ook analyse van de transcriptstructuur, inclusief identificatie van operons, UTR's en promoters. Het omvat ook analyse van sRNA's, namelijk annotatie en voorspelling van secundaire structuur en doelen.
●Ondersteuning na verkoop: onze inzet gaat verder dan de voltooiing van het project met een serviceperiode van 3 maanden. Gedurende deze tijd bieden we projectopvolging, hulp bij het oplossen van problemen en vraag- en antwoordsessies om eventuele vragen met betrekking tot de resultaten te beantwoorden.
Monstervereisten en levering
| Bibliotheek | Sequentiestrategie | Gegevens aanbevolen | Kwaliteitscontrole |
| rRNA-uitgeputte directionele bibliotheek | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Voorbeeldvereisten:
| Conc. (ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Zuiverheid | Integriteit |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1,8-2,0 OD260/230=1,0-2,5 Beperkte of geen eiwit- of DNA-verontreiniging weergegeven op de gel. | RIN≥6,5 |
Aanbevolen monsterlevering
Verpakking: centrifugebuisje van 2 ml (aluminiumfolie wordt niet aanbevolen)
Monsterlabeling: groeperen+repliceren, bijvoorbeeld A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Verzending:
1. Droogijs: Monsters moeten in zakken worden verpakt en in droogijs worden begraven.
2. RNAstable buizen: RNA-monsters kunnen worden gedroogd in een RNA-stabilisatiebuis (bijv. RNAstable®) en bij kamertemperatuur worden verzonden.
Servicewerkstroom
Levering van monsters
Bouw van bibliotheek
Sequencing
Gegevensanalyse
After-sales diensten
Bio-informatica-analyseworkflow
Bevat de volgende analyse:
● Kwaliteitscontrole van ruwe gegevens
● Afstemming op het referentiegenoom
● Beoordeling van bibliotheekkwaliteit: willekeur van RNA-fragmentatie, insertiegrootte en sequentieverzadiging
● Functionele annotatie van voorspelde coderende genen
● Expressieanalyse: correlatie en Principal Component Analysis (PCA)
● Differentiële genexpressie (DEG's)
● Functionele annotatie en verrijking van DEG's
● sRNA-analyse: voorspelling, annotatie, doel en voorspelling van secundaire structuur
● Transcriptstructuuranalyse: operons, begin- en eindposities, niet-vertaalde regio (UTS), promoter en SNP/InDel-analyse
Sequencing-verzadiging
Functionele annotatie van coderende genen
Correlatie tussen monsters
Analyse van differentieel tot expressie gebrachte genen (DEG's).
Functionele verrijkingsanalyse
sRNA-annotatie
Ontdek in deze publicatie de vooruitgang die mogelijk wordt gemaakt door de Nanopore-mRNA-sequencingdiensten van volledige lengte van BMKGene.
Guan, CP et al. (2018) 'Global transcriptoomveranderingen van biofilmvormende Staphylococcus epidermidis die reageren op totale alkaloïden van Sophorea alopecuroides',Pools tijdschrift voor microbiologie, 67(2), p. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
