BMKCloud Logg inn

Produkter

16S/18S/ITS amplikonsekvensering – PacBio

16S- og 18S-rRNA-genene, sammen med Internal Transcribed Spacer (ITS)-regionen, fungerer som sentrale molekylære fingeravtrykksmarkører på grunn av kombinasjonen av svært konserverte og hypervariable regioner, noe som gjør dem til uvurderlige verktøy for å karakterisere prokaryote og eukaryote organismer. Amplifisering og sekvensering av disse regionene tilbyr en isolasjonsfri tilnærming for å undersøke den mikrobielle sammensetningen og mangfoldet på tvers av ulike økosystemer. Selv om Illumina-sekvensering vanligvis retter seg mot korte hypervariable regioner som V3-V4 av 16S og ITS1, har det blitt vist at overlegen taksonomisk annotering er oppnåelig ved å sekvensere hele lengden av 16S, 18S og ITS. Denne omfattende tilnærmingen resulterer i høyere prosentandeler av nøyaktig klassifiserte sekvenser, og oppnår et oppløsningsnivå som strekker seg til artsidentifikasjon. PacBios Single-Molecule Real-Time (SMRT)-sekvenseringsplattform skiller seg ut ved å tilby svært nøyaktige lange avlesninger (HiFi) som dekker amplikonene i full lengde, og konkurrerer med presisjonen til Illumina-sekvensering. Denne muligheten gir forskere en uovertruffen fordel – et panoramabilde av det genetiske landskapet. Den utvidede dekningen øker oppløsningen i artsannotering betydelig, spesielt innenfor bakterie- eller soppsamfunn, noe som muliggjør en dypere forståelse av kompleksiteten til mikrobielle populasjoner.

Kontakt oss

Tjenestedetaljer

Bioinformatikk

Demoresultater

Utvalgte publikasjoner

Tjenestefunksjoner

● Sekvenseringsplattform: PacBio Revio

● Sekvenseringsmodus: CCS (HiFi-avlesning)

● Amplifikasjon av målregionen etterfulgt av tandemkobling av amplikoner før klargjøring av HiFi SMRT-klokkebibliotek

Servicefordeler

●Høyere taksonomisk oppløsning: THan kort-amplikon-sekvensering,muliggjør høyere OTU-klassifiseringsrater på artsnivå.

●Svært nøyaktig baseoppringingPacBio CCS-modussekvensering (HiFi-avlesninger).

●IsolasjonsfriRask identifisering av mikrobiell sammensetning i miljøprøver.

●Bredt anvendeligUlike studier av mikrobielle samfunn.

●Omfattende bioinformatisk analyseDen nyeste QIIME2-pakken (kvantitativ innsikt i mikrobiell økologi) med varierte analyser i form av database, annotering, OTU/ASV.

●Omfattende ekspertiseMed tusenvis av amplikonsekvenseringsprosjekter som gjennomføres årlig, har BMKGENE over ti års erfaring, et svært dyktig analyseteam, omfattende innhold og utmerket kundestøtte etter salg.

Tjenestespesifikasjoner

Bibliotek	Sekvenseringsstrategi	Anbefalte data
Amplikon	PacBio Revio	10/30/50 000 tagger (CCS)

Krav til prøveeksempler

Konsentrasjon (ng/µL)	Total mengde (µg)	Volum (µL)
≥5	≥0,3	≥20

Anbefalt prøvelevering

Frys prøvene i flytende nitrogen i 3–4 timer og oppbevar dem i flytende nitrogen eller ved -80 grader til langtidslagring. Prøvene må sendes med tørris.

Tjenestens arbeidsflyt

Prøvelevering

bibliotekbygging

Sekvensering

Dataanalyse

Ettersalgstjenester

Tidligere: 16S/18S/ITS amplikonsekvensering-NGS

Neste: Analyse for transposase-tilgjengelig kromatin med høy gjennomstrømningssekvensering (ATAC-seq)

Inkluderer følgende analyse:

● Kvalitetskontroll av rådata

● OTU-klynging/støyfjerning (ASV)

● OTU-annotering

● Alfadiversitetsanalyse: flere indekser, inkludert Shannon, Simpson og ACE.

● Betadiversitetsanalyse

● Analyse mellom grupper

● Korrelasjonsanalyse: mellom miljøfaktorer og OUT-sammensetning og -mangfold

● 16S funksjonell genprediksjon

Histogram av taksonomisk fordeling

Fylogenetisk tre for samfunnsdistribusjon

Alfa-diversitetsanalyse: ACE

indeks

Betadiversitetsanalyse: PCoA

Intergruppeanalyse: ANOVA

Utforsk fremskrittene som BMKGenes amplikonsekvenseringstjenester med PacBio muliggjør gjennom en kuratert samling av publikasjoner.

Gao, X. og Wang, H. (2023) «Sammenlignende analyse av vombakterieprofiler og -funksjoner under tilpasning til ulik fenologi (regreen vs. gress) hos alpine merinosauer med to vekststadier på en alpin eng», Fermentation, 9(1), s. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

Li, S. et al. (2023) «Fangst av mikrobiell mørk materie i ørkenjord ved bruk av kulturomikkbasert metagenomikk og høyoppløselig analyse», npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), s. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) «Effekter av fettsyresalter på fermenteringsegenskaper, bakteriell mangfold og aerob stabilitet av blandet silofôr tilberedt med alfalfa, risstrå og hvetekli», Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), s. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. et al. (2023) «Samspillet mellom oksidative stressbiomarkører og tarmmikrobiota i antioksidanteffektene av ekstrakter fra Sonchus brachyotus DC. i oksazolonindusert intestinal oksidativt stress hos voksen sebrafisk», Antioxidants 2023, bind 12, side 192, 12(1), s. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.