16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Tjenestefordeler
● Langleser som avslører en sekvens i full lengde av 16S/18S/ITS
● Svært nøyaktig baseanrop med PacBio CCS-modussekvensering
● Oppløsning på artsnivå i OTU/ASV-annotering
● Siste QIIME2-analyseflyt med forskjellige analyser når det gjelder database, merknader, OTU/ASV.
● Gjelder for ulike mikrobielle samfunnsstudier
● BMK har lang erfaring med over 100 000 prøver/år, som dekker jord, vann, gass, slam, avføring, tarm, hud, gjæringsbuljong, insekter, planter, etc.
● BMKCloud tilrettelagt datatolkning som inneholder 45 tilpassede analyseverktøy
Tjenestespesifikasjoner
| SekvenseringPlattform | Bibliotek | Anbefalte data | Omløpstid |
| PacBio oppfølger II | SMRT-klokke | 5K/10K/20K Tags | 44 virkedager |
Bioinformatikkanalyser
● Kvalitetskontroll av rådata
● OTU-klynger/de-noise (ASV)
● OTU-merknad
● Alfa-mangfold
● Beta-mangfold
● Intergruppeanalyse
● Assosiasjonsanalyse mot eksperimentelle faktorer
● Funksjonsgenprediksjon
Prøvekrav og levering
Eksempelkrav:
TilDNA-ekstrakter:
| Eksempeltype | Beløp | Konsentrasjon | Renhet |
| DNA-ekstrakter | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
For miljøprøver:
| Prøvetype | Anbefalt prøvetakingsprosedyre |
| Jord | Prøvemengde: ca.5 g;Gjenværende visnet substans må fjernes fra overflaten;Mal store stykker og passer gjennom 2 mm filter;Aliquot prøver i sterilt EP-rør eller cyrotube for reservasjon. |
| Avføring | Prøvemengde: ca.5 g;Samle og alikvoter prøver i sterilt EP-rør eller kryotube for reservasjon. |
| Tarminnhold | Prøver må behandles under aseptisk tilstand.Vask oppsamlet vev med PBS;Sentrifuger PBS og samle utfellingsmidlet i EP-rør. |
| Slam | Prøvemengde: ca.5 g;Samle og alikvoter slamprøve i sterilt EP-rør eller kryotube for reservasjon |
| Vann kropp | For prøver med begrenset mengde mikrobielle, for eksempel vann fra springen, brønnvann, etc., Samle inn minst 1 L vann og passer gjennom 0,22 μm filter for å berike mikrobielle på membranen.Oppbevar membranen i sterilt rør. |
| Hud | Skrap hudoverflaten forsiktig med en steril bomullspinne eller kirurgisk blad og plasser den i et sterilt rør. |
Anbefalt prøvelevering
Frys prøvene i flytende nitrogen i 3-4 timer og oppbevar i flytende nitrogen eller -80 grader til langtidsreservasjon.Prøvefrakt med tørris er nødvendig.
Servicearbeidsflyt
Prøvelevering
Bygging av bibliotek
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
1. Annoteringsfrekvens for V3+V4(Illumina)-basert mikrobiell fellesskapsprofilering vs. Full-lengde (PacBio)-basert profilering.
(Data fra 30 tilfeldig utvalgte prosjekter ble brukt for statistikk)
2. Annoteringshastighet for amplikonsekvensering i full lengde på artsnivå i forskjellige prøvetyper
3.Artsfordeling
4.Fylogenetisk tre
BMK sak
Arseneksponering induserer tarmbarriereskade og påfølgende aktivering av tarm-leveraksen som fører til betennelse og pyroptose i leveren hos ender
Publisert:Vitenskap om det totale miljøet,2021
Sekvenseringsstrategi:
Prøver: Kontroll vs 8 mg/kg ATO-eksponert gruppe
Sekvenseringsdatautbytte: 102 583 rå CCS-sekvenser totalt
Kontroll: 54 518 ± 747 effektive CCS
ATO-eksponert: 45 050 ± 1675 effektiv CCS
Nøkkelresultater
Alfa-mangfold:ATO-eksponering endret den intestinale mikrobielle rikdommen og mangfoldet i endene betydelig.
Metastatanalyse:
På filumnivå: 2 bakteriefyla kun påvist i kontrollgrupper
I slektsnivå: 6 slekter ble funnet signifikant forskjellige i relativ overflod
På artsnivå: 36 arter ble identifisert totalt, med 6 av dem signifikant forskjellige i relaviv forekomst
Henvisning
Thingholm, LB, et al."Overvektige individer med og uten type 2-diabetes viser forskjellig mikrobiell funksjonskapasitet og sammensetning."Cellevert og mikrobe26.2 (2019).
