De novo bakteriell genommontering
Vi tilbyr en komplett bakteriell genommonteringstjeneste, og garanterer 0 hull. Dette er mulig ved å integrere langlesing av sekvenseringsteknologier, for eksempel nanopore og PACBIO for montering og kortlesingssekvensering med Illumina for montering validering og feilretting av ONT-leser. Vår tjeneste gir den komplette bioinformatiske arbeidsflyten fra montering, funksjonell merknad og avansert bioinformatisk analyse, og oppfyller spesifikke forskningsmål. Denne tjenesten muliggjør utvikling av presise referansegenomer for forskjellige genetiske og genomiske studier. I tillegg danner det grunnlaget for applikasjoner som belastningsoptimalisering, genteknologi og mikrobiell teknologiutvikling, og sikrer pålitelig og gapfri genomisk data som er avgjørende for å fremme vitenskapelig innsikt og bioteknologisk innovasjon.
Servicefunksjoner
● Med to mulige alternativer å velge mellom, avhengig av ønsket grad av genom fullstendighet.
● Utkast til genomalternativ: Kortlest sekvensering med Illumina Novaseq PE150.
● Fullfør 0 gap -genom.
● Langlest sekvensering på Nanopore Promethion 48 eller Pacbio Revio for Genome Assembly.
● Kortlest sekvensering på Illumina Novaseq for genomvalidering og feilkorreksjon (nanopore) eller for å generere et utkast til genom.
Tjenestefordeler
●Nullgap genom garantert: Dette skyldes integrering av Illumina -sekvensering med langlesingssekvensering (nanopore eller pacbio).
●Komplett arbeidsflyt for bioinformatikk:Dette inkluderer genommontering og prediksjon av flere genomiske elementer, funksjonell gennotasjon og genomvisualiseringer som circos plot.
●Omfattende kompetanse: Med over 20 000 mikrobielle genom samlet, bringer Bmkgene over et tiår med erfaring, et meget dyktig analyseteam, omfattende innhold og utmerket støtte etter salg.
●Støtte etter salg:Vår forpliktelse strekker seg utover prosjektets fullføring med en 3-måneders serviceperiode etter salg. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og spørsmål for å adressere spørsmål relatert til resultatene.
●Flere sekvenseringsstrategier tilgjengelig:For forskjellige forskningsmål og krav til genom fullstendighet.
Servicespesifikasjoner
| Service | Sekvenseringsstrategi |
| Utkast til genom | Illumina PE150 100X |
| 0 GAP GENOME | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio Hifi 30x + Illumina PE150 100X (valgfritt) |
Eksempelkrav:
| Konsentrasjon (ng/ul) | Totalt beløp (µg) | Volum (μL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1,0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bakterier: ≥3,5x1010 celler
Servicearbeidsflyt
Eksempellevering
Bibliotekskonstruksjon
Sekvensering
Dataanalyse
Etter salgstjenester
Inkluderer følgende analyse:
● Sekvensering av datakvalitetskontroll
● Genomforsamling
● Genomkomponentanalyse: prediksjon av CDer og flere genomiske elementer
● Funksjonell merknad med flere generelle databaser (GO, KEGG, etc) og avanserte databaser (kort, VFDB, etc)
● Visualisering av genom
Vi gir genomet i et lett tilgjengelig FASTA -format og Genome Annotation File (GFF).
Gen merknad - gå
Gen merknad - Cazy Carbohydrates
Genomvisualisering - Circos Plot
Utforsk fremskrittene som er tilrettelagt av Bmkgens bakteriell genommonteringstjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Dai, W. et al. (2023) 'Discovery of Bacteroides uniformis f18-22 som en trygg og ny probiotisk bakterie for behandling av ulcerøs kolitt fra den sunne menneskelige tykktarmen',International Journal of Molecular Sciences, 24 (19), p. 14669. DOI: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) 'Multidrugsresistente Proteus Mirabilis isolater som bærer Blaoxa-1 og Blandm-1 fra Wildlife i Kina: Økende folkehelsetur',Integrativ zoologi, 16 (6), s. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) 'Komplett genomsekvens av endofytt Bacillus flexus KLBMP 4941 avslører sin plantevekstfremmende mekanisme og genetisk grunnlag for salttoleranse',Journal of Biotechnology, 260, s. 38–41. doi: 10.1016/j.jbiotec.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) '' Multiple Replicon Resistance Plasmids of Klebsiella formidler omfattende formidling av antimikrobielle gener ',Frontiers in Microbiology, 12, s. 754931. DOI: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
