De novo bakteriegenomsamling
Vi tilbyr en komplett tjeneste for samling av bakteriegenomer, og garanterer null gap. Dette er mulig ved å integrere teknologier for langtidsavlesning av sekvensering, som Nanopore og PacBio for samling, og korttidsavlesning av sekvensering, med Illumina for validering av samling og feilretting av ONT-avlesninger. Tjenesten vår tilbyr den komplette bioinformatiske arbeidsflyten fra samling, funksjonell annotering og avansert bioinformatisk analyse, og oppfyller spesifikke forskningsmål. Denne tjenesten muliggjør utvikling av presise referansegenomer for ulike genetiske og genomiske studier. I tillegg danner den grunnlaget for applikasjoner som belastningsoptimalisering, genteknologi og utvikling av mikrobiell teknologi, og sikrer pålitelige og gapfrie genomiske data som er avgjørende for å fremme vitenskapelig innsikt og bioteknologisk innovasjon.
Tjenestefunksjoner
● Med to mulige alternativer å velge mellom, avhengig av ønsket grad av genomfullstendighet.
● Utkast til genomalternativ: Kortlesningssekvensering med Illumina NovaSeq PE150.
● Komplett 0-gap-genom.
● Langtidsavlesningssekvensering på Nanopore PromethION 48 eller PacBio Revio for genomsamling.
● Kortlesningssekvensering på Illumina NovaSeq for genomvalidering og feilretting (Nanopore) eller for å generere et utkast til genom.
Servicefordeler
●Nullgap-genomgarantiDette skyldes integreringen av Illumina-sekvensering med long read-sekvensering (Nanopore eller PacBio).
●Komplett bioinformatisk arbeidsflyt:Dette inkluderer genomsamling og prediksjon av flere genomiske elementer, funksjonell genannotering og genomvisualiseringer som Circos-plott.
●Omfattende ekspertiseMed over 20 000 mikrobielle genomer samlet, bringer BMKGENE med seg over ti års erfaring, et svært dyktig analyseteam, omfattende innhold og utmerket kundestøtte etter salg.
●Støtte etter salg:Vår forpliktelse strekker seg utover prosjektets ferdigstillelse, med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-sesjoner for å svare på eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
●Flere sekvenseringsstrategier tilgjengelig:For ulike forskningsmål og krav til genomfullstendighet.
Tjenestespesifikasjoner
| Service | Sekvenseringsstrategi |
| Utkast til genom | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap-genom | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (valgfritt) |
Eksempelkrav:
| Konsentrasjon (ng/µL) | Total mengde (µg) | Volum (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7–2,2 | ≥1,0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7–2,2 | 1,0–3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bakterier: ≥3,5x1010 celler
Tjenestens arbeidsflyt
Prøvelevering
bibliotekbygging
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Inkluderer følgende analyse:
● Kvalitetskontroll av sekvenseringsdata
● Genomsamling
● Genomkomponentanalyse: Prediksjon av CDS og flere genomiske elementer
● Funksjonell annotering med flere generelle databaser (GO, KEGG osv.) og avanserte databaser (CARD, VFDB osv.)
● Genomvisualisering
Vi tilbyr genomet i et lett tilgjengelig FASTA-format og genomannotasjonsfilen (gff).
Genannotering – GO
Genannotering – KASY karbohydrater
Genomvisualisering – Circos-plott
Utforsk fremskrittene som er muliggjort av BMKGenes tjenester for samling av bakteriegenomer gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Dai, W. et al. (2023) «Oppdagelsen av Bacteroides uniformis F18-22 som en trygg og ny probiotisk bakterie for behandling av ulcerøs kolitt fra frisk menneskelig tykktarm»,Internasjonalt tidsskrift for molekylære vitenskaper, 24(19), s. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) «Multiresistente Proteus mirabilis-isolater som bærer blaOXA-1 og blaNDM-1 fra dyreliv i Kina: økende folkehelserisiko»,Integrerende zoologi, 16(6), s. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) «Komplett genomsekvens av endofytten Bacillus flexus KLBMP 4941 avslører dens vekstfremmende mekanisme og genetiske grunnlag for salttoleranse»,Tidsskrift for bioteknologi, 260, s. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) «Plasmider av Klebsiella med flere replikonresistens medierer omfattende spredning av antimikrobielle gener»,Grenser innen mikrobiologi, 12, s. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
