Re-sekvensering av hele genomet av bakterier og sopp
Bakterielle og sopplige helgenomresekvenseringsprosjekter er sentrale for å fremme mikrobiell genomikk ved å muliggjøre komplettering og sammenligning av mikrobielle genomer. Dette letter fermenteringsteknikk, optimalisering av industrielle prosesser og utforskning av sekundære metabolismeveier. Videre er sopp- og bakteriell re-sekvensering avgjørende for å forstå miljøtilpasning, optimalisere stammer og avsløre genetisk evolusjonsdynamikk, med brede implikasjoner innen medisin, landbruk og miljøvitenskap.
Tjenestefordeler
●Bioinformatisk analyse inkluderer variantanrop:Gir funksjonell innsikt i de re-sekvenserte genomene.
● Omfattende kompetanse: Med tusenvis av mikrobielle re-sekvenseringsprosjekter utført årlig, bringer vi over et tiår med erfaring, et svært dyktig analyseteam, omfattende innhold og utmerket støtte etter salg.
●Støtte etter salg:Vårt engasjement strekker seg utover prosjektgjennomføring med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar for å løse eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
Tjenestespesifikasjoner
| Sekvenseringsplattform | Sekvenseringsstrategi | Data anbefales | Kvalitetskontroll |
| Illumina NovaSeq | PE150 | Dybde på 100x | Q30≥85 % |
Eksempelkrav
| Konsentrasjon (ng/µL) | Totalt beløp (ng) | Volum (µL) |
| ≥1 | ≥60 | ≥20 |
Bakterier: ≥1x107 celler
Encellede sopp: ≥5x106-1x107 celler
Makrosopper: ≥4g
Servicearbeidsflyt
Prøvelevering
Bygging av bibliotek
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Inkluderer følgende analyse:
- Sekvensering av datakvalitetskontroll
- Tilpasning til referansegenomet
- Variantkall: SNP og InDel
- Variantmerknad
Variantkall: SNP-typer
Variantkall: InDel-lengdefordeling
Utforsk fremskritt tilrettelagt av BMKGenes mikrobielle genom-re-sekvenseringstjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Jia, Y. et al. (2023) 'Kombinering av transkriptom og helgenom-resekvensering for å screene gener for sykdomsresistens for hvete-dvergbunt',Internasjonalt tidsskrift for molekylære vitenskaper24(24). doi: 10.3390/IJMS242417356.
Jiang, M. et al. (2023) 'Ampicillin-kontrollert glukosemetabolisme manipulerer overgangen fra toleranse til resistens hos bakterier',Vitenskapens fremskritt9(10). doi: 10.1126/SCIADV.ADE8582/SUPPL_FILE/SCIADV.ADE8582_SM.PDF.
Yang, M. et al. (2022) 'Aliidiomarina halalkaliphila sp. nov., en haloalkalifil bakterie isolert fra en brusinnsjø i den autonome regionen Indre Mongolia, Kina', Int. J. Syst. Evol.Microbiol, 72, s. 5263. doi: 10.1099/ijsem.0.005263.
Zhu, Z., Wu, R. og Wang, G.-H. (2024) 'Genomsekvens av Staphylococcus nepalensis ZZ-2023a, isolert fra Nasonia vitripennis',Kunngjøringer om mikrobiologiressurser. doi: 10.1128/MRA.00802-23.
