Resekvensering av bakteriell og sopphelgenom
Prosjekter for resekvensering av hele genomer hos bakterier og sopp er sentrale for å fremme mikrobiell genomikk ved å muliggjøre komplettering og sammenligning av mikrobielle genomer. Dette forenkler fermenteringsteknikk, optimalisering av industrielle prosesser og utforskning av sekundære metabolismeveier. Videre er resekvensering av sopp og bakteriell avgjørende for å forstå miljøtilpasning, optimalisere stammer og avdekke genetisk evolusjonsdynamikk, med brede implikasjoner innen medisin, landbruk og miljøvitenskap.
Servicefordeler
●Bioinformatisk analyse inkluderer variantberegning:Gir funksjonell innsikt i de resekvenserte genomene.
● Omfattende ekspertiseMed tusenvis av mikrobielle resekvenseringsprosjekter som gjennomføres årlig, har vi over ti års erfaring, et svært dyktig analyseteam, omfattende innhold og utmerket kundestøtte etter salg.
●Støtte etter salg:Vår forpliktelse strekker seg utover prosjektets ferdigstillelse, med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-sesjoner for å svare på eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
Tjenestespesifikasjoner
| Sekvenseringsplattform | Sekvenseringsstrategi | Anbefalte data | Kvalitetskontroll |
| Illumina NovaSeq | PE150 | Dybde på 100x | Q30≥85% |
Krav til prøveeksempler
| Konsentrasjon (ng/µL) | Totalbeløp (ng) | Volum (µL) |
| ≥1 | ≥60 | ≥20 |
Bakterier: ≥1x107 celler
Encellede sopp: ≥5x106-1x107 celler
Makrosopper: ≥4g
Tjenestens arbeidsflyt
Prøvelevering
bibliotekbygging
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Inkluderer følgende analyse:
- Kvalitetskontroll av sekvenseringsdata
- Tilpasning til referansegenomet
- Variantkall: SNP og InDel
- Variantannotasjon
Variantkall: SNP-typer
Variantkall: InDel-lengdefordeling
Utforsk fremskrittene som er muliggjort av BMKGenes tjenester for resekvensering av mikrobielle genomer gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Jia, Y. et al. (2023) «Kombinasjon av transkriptom- og helgenom-resekvensering for å screene sykdomsresistensgener for hvete-dvergbunta»,Internasjonalt tidsskrift for molekylære vitenskaper24(24). doi: 10.3390/IJMS242417356.
Jiang, M. et al. (2023) «Ampicillinkontrollert glukosemetabolisme manipulerer overgangen fra toleranse til resistens hos bakterier»,Vitenskapelige fremskritt, 9(10). doi: 10.1126/SCIADV.ADE8582/SUPPL_FILE/SCIADV.ADE8582_SM.PDF.
Yang, M. et al. (2022) «Aliidiomarina halalkaliphila sp. nov., en haloalkalifil bakterie isolert fra en sodasjø i den autonome regionen Indre Mongolia, Kina», Int. J. Syst. Evol.Mikrobiologisk, 72, s. 5263. doi: 10.1099/ijsem.0.005263.
Zhu, Z., Wu, R. og Wang, G.-H. (2024) 'Genomsekvensen til Staphylococcus nepalensis ZZ-2023a, isolert fra Nasonia vitripennis',Kunngjøringer om mikrobiologiske ressurserdoi: 10.1128/MRA.00802-23.
