mRNA-sekvensering i full lengde - PacBio
Funksjoner
● cDNA-syntese fra poly-A mRNA etterfulgt av bibliotekpreparering
● Sekvensering i CCS-modus, generering av HiFi-avlesninger
● Sekvensering av transkripsjonene i full lengde
● Analysen krever ikke et referansegenom; den kan imidlertid brukes
● Bioinformatisk analyse muliggjør analyse av transkripter, isoformen lncRNA, genfusjoner, polyadenylering og genstruktur
Servicefordeler
●Høy nøyaktighetHiFi-avlesning med nøyaktighet >99,9 % (Q30), sammenlignbar med NGS
● Alternativ skjøtingsanalyse: sekvensering av hele transkriptene muliggjør isoformidentifisering og karakterisering
●Omfattende ekspertiseMed en merittliste på å ha fullført over 1100 PacBio-transkriptomprosjekter i full lengde og behandlet over 2300 prøver, bringer teamet vårt et vell av erfaring til hvert prosjekt.
●Støtte etter salgVår forpliktelse strekker seg utover prosjektets ferdigstillelse, med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-sesjoner for å svare på eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Anbefalte data | Kvalitetskontroll |
| PolyA-anriket mRNA CCS-bibliotek | PacBio-oppfølgeren II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Eksempelkrav:
Nukleotider:
● Planter:
Rot, stilk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frø: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Dyr:
Hjerte eller tarm: 300 mg
Innvoller eller hjerne: 240 mg
Muskel: 450 mg
Bein, hår eller hud: 1 g
● Leddyr:
Insekter: 6 g
Krepsdyr: 300 mg
● Fullblod1 rør
● Celler: 106 celler
| Kons. (ng/μl) | Mengde (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7–2,5 OD260/230=0,5–2,5 Begrenset eller ingen protein- eller DNA-kontaminering vist på gelen. | For planter: RIN≥7,5; For dyr: RIN ≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; begrenset eller ingen grunnlinjehøyde |
Anbefalt prøvelevering
Container: 2 ml sentrifugerør (tinnfolie anbefales ikke)
Eksempelmerking: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Tørris: Prøvene må pakkes i poser og begraves i tørris.
2. RNAstable-rør: RNA-prøver kan tørkes i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i romtemperatur.
Tjenestens arbeidsflyt
Eksperimentdesign
Prøvelevering
RNA-ekstraksjon
bibliotekbygging
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Inkluderer følgende analyse:
● Kvalitetskontroll av rådata
● Alternativ polyadenyleringsanalyse (APA)
● Analyse av fusjonstranskript
● Alternativ skjøtingsanalyse
● Benchmarking av BUSCO-analyse (Universal Single-Copy Orthologs)
● Ny transkriptanalyse: prediksjon av kodende sekvenser (CDS) og funksjonell annotering
● lncRNA-analyse: prediksjon av lncRNA og mål
● Mikrosatellittidentifikasjon (SSR)
BUSCO-analyse
Alternativ skjøtingsanalyse
Alternativ polyadenyleringsanalyse (APA)
Funksjonell annotering av romantranskripter
Utforsk fremskrittene som er muliggjort av BMKGenes Nanopore mRNA-sekvenseringstjenester i full lengde i denne utvalgte publikasjonen.
Ma, Y. et al. (2023) «Sammenlignende analyse av PacBio- og ONT RNA-sekvenseringsmetoder for identifisering av gift hos Nemopilema Nomurai», Genomics, 115(6), s. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) «Utviklingsdynamikken til Populus-stammetranskriptomet», Plant Biotechnology Journal, 17(1), s. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) «Dynamiske endringer i askorbinsyreinnhold under fruktutvikling og modning av Actinidia latifolia (en askorbatrik fruktavling) og tilhørende molekylære mekanismer», International Journal of Molecular Sciences, 23(10), s. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) «Effektiv prediksjon av biosyntetiske signalveigener involvert i bioaktive polyfylliner i Paris-polyphylla», Communications Biology 2022 5:1, 5(1), s. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) «Kombinert PacBio Iso-Seq og Illumina RNA-Seq-analyse av Tuta absoluta (Meyrick) transkriptom- og cytokrom P450-gener», Insects, 14(4), s. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) «En undersøkelse av transkriptomkompleksitet ved bruk av PacBio enkeltmolekyl-sanntidsanalyse kombinert med Illumina RNA-sekvensering for en bedre forståelse av ricinolsyrebiosyntese i Ricinus communis», BMC Genomics, 20(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
