DNA/RNA-sekvensering -PacBio Sequencer
Egenskaper
To sekvenseringsmoduser på PacBio sequencer: Continuous Long Read (CLR) og Circular Consensus Read (CCS)
| Sekvenseringsmodus | Bibliotekstørrelse | Teoretiske dataUtbytte (per celle) | Enkel baseNøyaktighet | applikasjoner |
| CLR | 20Kb, 30Kb osv. | 80 Gb til 130 Gb | Ca.85 % | De novo, SV ringer osv. |
| CCS | 15-20 Kb | 14 til 40 Gb/celle (oppfølger II) 70 til 110 Gb/celle (Revio) Avhenger av prøvene | Ca.99 % | De novo, SNP/Indel/SV-anrop, Iso-Seq, |
Sammenligning av ytelsen og funksjonene til Revio og Sequel II
| Vilkår | Oppfølger II-system | Revio system | Øke |
| Høyere tetthet | 8 millioner ZMW | 25 millioner ZMW | 3x |
| Uavhengige stadier | 1 | 4 | 4x |
| Kortere kjøretider | 30 timer | 24 timer | 1,25x |
| 30X HiFi menneskelige genomer / år | 88 | 1300 | 15x totalt |
Tjenestefordeler
● Over 8 års erfaring på PacBio sekvenseringsplattform med tusenvis av lukkede prosjekter med ulike arter.
● Fullt utstyrt med de nyeste PacBio Sequencing-plattformene, Revio for å garantere tilstrekkelig sekvenseringsgjennomstrømning.
● Raskere behandlingstid, høyere datautbytte og mer nøyaktige data.
● Bidro i hundrevis av PacBio-baserte publikasjoner med høy effekt.
Eksempelkrav
| Eksempeltype | Beløp | Konsentrasjon （Qubit®） | Volum | Renhet | Andre |
| Genomisk DNA | Avhenger av datakrav | ≥50 ng/μl | ≥15 μl | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230=1,8-2,5; Klar topp ved 260 nm，ingen forurensninger | Konsentrasjonen må måles med Qubit og Qubit/Nanopore = 0,8-2,5 |
| Totalt RNA | ≥1,2μg | ≥120 ng/μl | ≥15 μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5;ingen forurensninger | RIN-verdi ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Tjenestearbeidsflyt
Prøveforberedelse
Bygging av bibliotek
Sekvensering
Dataanalyse
Prosjektleveranse
1.In-house datautbytte
Data generert fra 63 CCS-celler (fra 26 arter)
| DATA-PacBio-CCS-15 Kb | Gjennomsnitt | Maks | Min | Median |
| Yield - dellesninger (Gb) | 421,12 | 544,27 | 221,38 | 426,58 |
| Yiled - CCS(Gb) | 25,93 | 38,59 | 10,86 | 25.43 |
| Polymerase N50 | 145.651 | 175.430 | 118.118 | 144.689 |
| Underleser N50 | 17.509 | 23.924 | 12.485 | 17.584 |
| CCS N50 | 14.490 | 19.034 | 9.876 | 14.747 |
| Gjennomsnittlig lengde - Polymerase | 67.995 | 89.379 | 49.664 | 66.433 |
| Gjennomsnittlig lengde-Subreads | 15.866 | 21.036 | 11.657 | 16.012 |
| Gjennomsnittlig lengde-CCS | 14.489 | 19.074 | 8.575 | 14.655 |
Data generert fra 16 CLR-celler (fra 76 arter)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | Gjennomsnitt | Maks | Min | Median |
| Yield - dellesninger (Gb) | 142,20 | 291,40 | 50,55 | 142,49 |
| Polymerase N50 | 39.456 | 121.191 | 15.389 | 35.231 |
| Underleser N50 | 28.490 | 41 012 | 14.430 | 29.063 |
| Gjennomsnittlig lengde - Polymerase | 22.063 | 48.886 | 8.747 | 21.555 |
| Gjennomsnittlig lengde-Subreads | 17.720 | 27.225 | 8.293 | 17.779 |
2. Data QC – DemoStatistikk over datautbytte
| Prøve | ccs Leser Num | Totale ccs-baser (bp) | ccs leser N50 (bp) | ccs gjennomsnittlig lengde (bp) | ccs lengst lest (bp) | subreads Baser (bp) | ccs rate (%) |
| PB_BMKxxx | 3.444.159 | 54.164.122.586 | 15.728 | 15.726 | 36.110 | 863.326.330.465 | 6,27 |
