Eukaryot mRNA-sekvensering-Illumina
Fordeler
ØSvært erfaren: Over 200 000 prøver har blitt behandlet i BMK som dekker ulike prøvetyper, inkludert cellekultur, vev, kroppsvæske, etc. og over 7000 mRNA-Seq-prosjekter stengt som dekker ulike forskningsområder.
ØStreng kvalitetskontrollsystem: Kjernekvalitetskontrollpunkter gjennom alle trinn, inkludert prøveforberedelse, bibliotekforberedelse, sekvensering og bioinformatikk er under nøye overvåking for å levere resultater av høy kvalitet.
ØFlere databaser tilgjengelig for funksjonsannotering og berikelsesstudier for å oppfylle ulike forskningsmål.
ØEttersalgstjenester: Ettersalgstjenester gyldig i 3 måneder etter ferdigstillelse av prosjektet, inkludert prosjektoppfølging, feilsøking, resultater Q&A, etc.
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data anbefales | Kvalitetskontroll |
| Poly A beriket | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85 % |
Eksempelkrav:
Nukleotider:
| Renhet | Integritet | Beløp |
| OD260/280≥1,7-2,5 OD260/230≥0,5-2,5Begrenset eller ingen protein- eller DNA-kontaminering vist på gel. | For planter: RIN≥6.5;For dyr: RIN≥7;28S/18S≥1.0;begrenset eller ingen grunnlinjehøyde | Kons.≥30 ng/μl;Volum ≥ 10 μl;Totalt ≥ 1,5 μg |
Vev: Vekt (tørr):≥1 g
*For vev mindre enn 5 mg anbefaler vi å sende hurtigfrosset (i flytende nitrogen) vevsprøve.
Cellesuspensjon:Celletall = 3×106- 1×107
*Vi anbefaler å sende frosset cellelysat.I tilfelle cellen teller mindre enn 5×105, anbefales flashfryst i flytende nitrogen, som er å foretrekke for mikroekstraksjon.
Blodprøver:Volum ≥1 ml
Mikroorganisme:Masse ≥ 1 g
Anbefalt prøvelevering
Beholder: 2 ml sentrifugerør (tinnfolie anbefales ikke)
Prøvemerking: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Forsendelse:
- Tørris: Prøver må pakkes i poser og begraves i tørris.
- RNAstabile rør: RNA-prøver kan tørkes i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i romtemperatur.
Service arbeidsflyt
Eksperimentdesign
Prøvelevering
RNA-ekstraksjon
Bygging av bibliotek
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Bioinformatikk
Eukaryot Arbeidsflyt for mRNA-sekvensanalyse
Bioinformatikk
ØKvalitetskontroll av rådata
ØReferansegenomjustering
ØTranskripsjonsstrukturanalyse
ØKvantifisering av uttrykk
ØDifferensiell uttrykksanalyse
ØFunksjonsanmerkning og berikelse
1.mRNA Data Metningskurve
2.Differensialekspresjonsanalyse-Vulkanplott
3.KEGG-kommentar på DEG-er
4.GO-klassifisering på DEG
