Eukaryotisk mRNA-sekvensering-NGS
Funksjoner
● Valgfri retningsbestemt mRNA-bibliotekpreparering for å muliggjøre innhenting av trådspesifikke sekvenseringsdata
● Ulike BI-analyser dekker alle kundenes behov
Fordeler
●Omfattende ekspertiseVi har behandlet over 600 000 prøver, som spenner over ulike prøvetyper som cellekulturer, vev og kroppsvæsker. Vi bringer vår omfattende ekspertise til hvert prosjekt.
●Streng kvalitetskontrollVi implementerer sentrale kontrollpunkter på tvers av alle stadier, fra prøveforberedelse til bibliotekforberedelse, sekvensering og bioinformatikk. Vår grundige overvåking sikrer levering av resultater av gjennomgående høy kvalitet.
●Omfattende annoteringVi bruker flere databaser for å funksjonelt annotere de differensielt uttrykte gener (DEG-er) og utføre tilsvarende anrikningsanalyser. Denne omfattende tilnærmingen gir innsikt i de cellulære og molekylære prosessene som ligger til grunn for transkriptomresponsen, og sikrer at du får all mulig informasjon om eksperimentets data.
●Støtte etter salgVi forstår hvor viktig det er å være til stede, og derfor strekker vår forpliktelse seg utover prosjektets ferdigstillelse med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-sesjoner for å svare på eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Anbefalte data | Kvalitetskontroll |
| Poly A-beriket | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6–10 GB | Q30≥85% |
Krav til prøve:
Nukleotider:
Minimumskrav til prøve:
| Kons. (ng/μl) | Mengde (μg) | Renhet | Integritet | |
| Standardbibliotek | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7–2,5 OD260/230=0,5–2,5 Begrenset eller ingen protein- eller DNA-kontaminering vist på gelen. | For planter: RIN≥4,0; For dyr: RIN ≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrenset eller ingen grunnlinjehøyde |
| Retningsbibliotek | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7–2,5 OD260/230=0,5–2,5 Begrenset eller ingen protein- eller DNA-kontaminering vist på gelen. | For planter: RIN≥4,0; For dyr: RIN ≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrenset eller ingen grunnlinjehøyde |
| Planter | Dyr | Leddyr | Fullblod | Celler |
| Rot, stilk eller kronblad: 450 mg Blad eller frø: 300 mg Frukt: 1,2 g | Hjerte eller tarm: 300 mg Innvoller eller hjerne: 240 mg Muskel: 450 mg Bein, hår eller hud: 1 g | Insekter: 6 g Krepsdyr: 300 mg | 1 rør | 106 celler |
Anbefalt prøvelevering
Beholder: 2 ml sentrifugerør (folie anbefales ikke)
Eksempelmerking: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Forsendelse:
1. Tørris: Prøvene må pakkes i poser og begraves i tørris.
2. RNA-tabellrør: RNA-prøver kan tørkes i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i romtemperatur.
Prøvekrav og levering
Eksperimentdesign
Prøvelevering
RNA-ekstraksjon
bibliotekbygging
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Bioinformatikk
For prøver med et tilgjengelig referansegenom er BI-analysen som følger:
ØKvalitetskontroll av rådata
ØReferansegenomjustering
ØAnalyse av transkripsjonsstruktur
ØEkspresjonskvantifisering
ØDifferensiell uttrykkanalyse
ØFunksjonsannotering og berikelse
For prøver uten referansegenom er dette alternativet tilgjengelig:
• Kvalitetskontroll av rådata
•Montering med strukturoptimalisering
•Differensiell uttrykkanalyse
•Funksjonsannotering og berikelse
Referansegenomjustering
Datametning
Prøvekorrelasjon og vurdering av biologiske replikater
Differensielt uttrykte gener (DEG-er)
Funksjonell annotasjon av DEG-er
Funksjonell berikelse av DEG-er
Utforsk fremskrittene som er muliggjort av BMKGenes eukaryote NGS mRNA-sekvenseringstjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Huang, L. et al. (2023) «Triklosan og triklokarban svekker gullfiskens luktekapasitet ved å begrense gjenkjenning av luktstoffer, forstyrre transduksjon av luktsignaler og forstyrre behandling av luktinformasjon»,Vannforskning, 233, s. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) «Aspergillus fumigatus kaprer menneskelig p11 for å omdirigere soppholdige fagosomer til ikke-nedbrytbare veier»,Cellevert og mikrobe, 31(3), s. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) 'TCP-transkripsjonsfaktorer involvert i skuddutvikling hos Ma-bambus (Dendrocalamus latiflorus Munro)',Grenser innen plantevitenskap, 13, s. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) «Chrysanthemum lavandulifolium-genomet og den molekylære mekanismen som ligger til grunn for ulike capitulumtyper»,Hagebruksforskning, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) «En kaskade-nanoreaktor for å forbedre sonodynamisk terapi ved kolorektal kreft via synergistisk ROS-forsterkning og autofagiblokkering»,Nano i dag, 49, s. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
