Evolusjonær genetikk
Servicefordeler
Takagi et al.,Plantejournalen, 2013
●Omfattende bioinformatisk analyse:muliggjør estimering av genetisk mangfold, som gjenspeiler artenes evolusjonære potensial, og avslører pålitelig fylogenetisk sammenheng mellom arter med minimal påvirkning av konvergent evolusjon og parallell evolusjon
●Valgfri tilpasset analyse: som for eksempel estimering av divergenstid og -hastighet basert på variasjoner på nukleotid- og aminosyrenivå.
●Omfattende ekspertise og publikasjonshistorikkBMKGene har samlet massiv erfaring innen populasjons- og evolusjonsgenetiske prosjekter i over 15 år, og dekker tusenvis av arter osv., og har bidratt til over 1000 høynivåprosjekter publisert i Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal osv.
● Høyt kvalifisert bioinformatikkteam og kort analysesyklusMed lang erfaring innen avansert genomisk analyse leverer BMKGenes team omfattende analyser med rask behandlingstid.
● Støtte etter salg:Vår forpliktelse strekker seg utover prosjektets ferdigstillelse, med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-sesjoner for å svare på eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
Tjenestespesifikasjoner og krav
| Type sekvensering | Anbefalt populasjonsskala | Sekvenseringsstrategi | Krav til nukleotider |
| Helgenomsekvensering | ≥ 30 individer, med ≥ 10 individer fra hver undergruppe
| 10 ganger | Konsentrasjon: ≥ 1 ng/µL Total mengde ≥ 30 ng Begrenset eller ingen nedbrytning eller forurensning |
| Spesifikt-locus amplifisert fragment (SLAF) | Tagdybde: 10 ganger Antall tagger: <400 Mb: WGS anbefales <1 GB: 100 000 tagger 1 GB >2 GB: 300 000 tagger Maks 500 000 tagger | Konsentrasjon ≥ 5 ng/µL Totalmengde ≥ 80 ng Nanodråpe OD260/280=1,6–2,5 Agarosegel: ingen eller begrenset nedbrytning eller kontaminering
|
Tjenestens arbeidsflyt
Eksperimentdesign
Prøvelevering
bibliotekbygging
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Tjenesten omfatter analyse av populasjonsstruktur (fylogenetisk tre, PCA, populasjonsstratifiseringskart), populasjonsdiversitet og populasjonsseleksjon (koblingsulikevekt, selektiv sweep-selection av fordelaktige steder). Tjenesten kan også omfatte tilpasset analyse (f.eks. divergenstid, genflyt).
*Demoresultatene som vises her er alle fra genomer publisert med BMKGENE
1. Evolusjonsanalyse inneholder konstruksjon av fylogenetisk tre, populasjonsstruktur og PCA basert på genetiske variasjoner.
Fylogenetisk tre representerer taksonomiske og evolusjonære forhold mellom arter med felles forfader.
PCA har som mål å visualisere nærhet mellom delpopulasjoner.
Populasjonsstrukturen viser tilstedeværelsen av genetisk distinkt underpopulasjon når det gjelder allelfrekvenser.
Chen m.fl.PNAS, 2020
2. Selektiv feiing
Selektiv feiing refererer til en prosess der et fordelaktig sted velges og frekvensen av tilkoblede nøytrale steder økes og frekvensen av ikke-tilknyttede steder reduseres, noe som resulterer i reduksjon av regionale.
Genomomfattende deteksjon på selektive sveiperegioner behandles ved å beregne populasjonsgenetisk indeks (π, Fst, Tajimas D) for alle SNP-er innenfor et glidende vindu (100 Kb) på et visst trinn (10 Kb).
Nukleotiddiversitet (π)
Tajimas D
Fikseringsindeks (Fst)
Wu m.fl.Molekylær plante, 2018
3. Genflyt
Wu m.fl.Molekylær plante, 2018
4. Demografisk historie
Zhang m.fl.Naturøkologi og evolusjon, 2021
5. Divergenstid
Zhang m.fl.Naturøkologi og evolusjon, 2021
Utforsk fremskrittene som BMKGenes evolusjonære genetikktjenester har muliggjort gjennom en kuratert samling av publikasjoner:
Hassanyar, AK et al. (2023) «Oppdagelse av SNP-molekylære markører og kandidatgener assosiert med resistens mot sacbroodvirus hos Apis cerana cerana-larver ved helgenomresekvensering»,Internasjonalt tidsskrift for molekylære vitenskaper24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) «Oppdagelsen av en vill, genetisk ren kinesisk kjempesalamander skaper nye bevaringsmuligheter»,Zoologisk forskning, 2022, bind 43, utgave 3, sider: 469–480, 43(3), s. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) «Fylogeografisk mønster og populasjonsutviklingshistorie for den innfødte Elymus sibiricus L. på det Qinghai-tibetanske platået»,Grenser innen plantevitenskap, 13, s. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) «Genomisk innsikt i longan-evolusjon fra en genomsamling på kromosomnivå og populasjonsgenomikk av longan-tiltredelser»,Hagebruksforskning, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
