Evolusjonær genetikk
Tjenestefordeler
Takagi et al.,Plantejournalen, 2013
●Omfattende bioinformatisk analyse:muliggjør estimering av genetisk mangfold, som reflekterer det evolusjonære potensialet til arter, og avslører pålitelig fylogenetisk relasjon mellom arter med minimal påvirkning av konvergent evolusjon og parallell evolusjon
●Valgfri tilpasset analyse: slik som estimering av divergenstid og hastighet basert på variasjoner på nukleotid- og aminosyrenivå.
●Omfattende ekspertise og publikasjonsregistreringer: BMKGene har akkumulert massiv erfaring i populasjons- og evolusjonsgenetikkprosjekter i over 15 år, som dekker tusenvis av arter osv. og har bidratt til over 1000 høynivåprosjekter publisert i Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, etc.
● Høyt dyktig bioinformatikkteam og kort analysesyklus: med stor erfaring innen avansert genomikkanalyse, leverer BMKGenes team omfattende analyser med rask behandlingstid.
● Støtte etter salg:Vårt engasjement strekker seg utover prosjektgjennomføring med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-økter for å løse eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
Tjenestespesifikasjoner og krav
| Type sekvensering | Anbefalt befolkningsskala | Sekvenseringsstrategi | Nukleotidkrav |
| Helgenomsekvensering | ≥ 30 individer, med ≥ 10 individer fra hver undergruppe
| 10x | Konsentrasjon: ≥ 1 ng/ µL Totalt beløp ≥ 30ng Begrenset eller ingen nedbrytning eller forurensning |
| Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) | Tag dybde: 10x Antall tagger: <400 Mb: WGS anbefales <1Gb: 100K koder 1 Gb >2Gb: 300K koder Maks 500 000 tagger | Konsentrasjon ≥ 5 ng/µL Total mengde ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Agarosegel: ingen eller begrenset nedbrytning eller forurensning
|
Servicearbeidsflyt
Eksperimentdesign
Prøvelevering
Bygging av bibliotek
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Tjenesten inkluderer analyse av populasjonsstruktur (fylogenetisk tre, PCA, populasjonsstratifiseringsdiagram), populasjonsdiversitet og populasjonsutvalg (koblingsuvekt, selektivt sveipvalg av fordelaktige steder). Tjenesten kan også inkludere tilpasset analyse (f.eks. divergenstid, genflyt).
*Demoresultatene vist her er alle fra genomer publisert med BMKGENE
1.Evolusjonsanalyse inneholder konstruksjon av fylogenetisk tre, populasjonsstruktur og PCA basert på genetiske variasjoner.
Fylogenetisk tre representerer taksonomiske og evolusjonære forhold mellom arter med felles stamfar.
PCA har som mål å visualisere nærhet mellom underpopulasjoner.
Befolkningsstruktur viser tilstedeværelsen av genetisk distinkt underpopulasjon når det gjelder allelfrekvenser.
Chen, et. al.,PNAS, 2020
2.Selektiv sveip
Selektivt sveip refererer til en prosess der et fordelaktig nettsted velges og frekvenser av koblede nøytrale nettsteder økes og de for ikke-tilknyttede nettsteder reduseres, noe som resulterer i reduksjon av regionale.
Genomomfattende deteksjon på selektive sveiperegioner behandles ved å beregne populasjonsgenetisk indeks (π，Fst, Tajimas D) av alle SNP-er innenfor et glidende vindu (100 Kb) i et bestemt trinn (10 Kb).
Nukleotidmangfold (π）
Tajimas D
Fikseringsindeks (Fst)
Wu, et. al.,Molekylær plante, 2018
3.Genflyt
Wu, et. al.,Molekylær plante, 2018
4. Demografisk historie
Zhang, et. al.,Naturøkologi og evolusjon, 2021
5. Divergens tid
Zhang, et. al.,Naturøkologi og evolusjon, 2021
Utforsk fremskritt tilrettelagt av BMKGenes evolusjonære genetikktjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner:
Hassanyar, AK et al. (2023) 'Oppdagelse av SNP molekylære markører og kandidatgener assosiert med Sacbrood-virusresistens i Apis cerana cerana-larver ved hjelp av hele-genom-resequencing',Internasjonalt tidsskrift for molekylære vitenskaper24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) 'Oppdagelsen av en vill, genetisk ren kinesisk gigantisk salamander skaper nye bevaringsmuligheter',Zoologisk forskning, 2022, vol. 43, utgave 3, sider: 469-480, 43(3), s. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Fylogeografisk mønster og populasjonsutviklingshistorie til urbefolkningen Elymus sibiricus L. på Qinghai-tibetansk platå',Grenser i plantevitenskap, 13, s. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) 'Genomisk innsikt i longan-evolusjon fra en genomsammenstilling på kromosomnivå og populasjonsgenomikk av longan-tiltredelser',Hagebruksforskning, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
