● Spesielle prober brukes til å depletere ribosomalt cDNA.
● Strandspesifikk bibliotekkonstruksjon.
● Én arbeidsflyt for å hente mRNA-, lncRNA- og circRNA-data samtidig.
● Streng kvalitetskontroll: Vi implementerer sentrale kontrollpunkter i alle stadier, fra prøve- og bibliotekforberedelse til sekvensering og bioinformatikk. Denne grundige overvåkingen sikrer levering av resultater av gjennomgående høy kvalitet.
● Støtte etter salg: Vår forpliktelse strekker seg utover prosjektets ferdigstillelse, med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-økter for å svare på eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
| Bibliotek | Plattform | Anbefalte data | Datakvalitetskontroll |
| rRNA-utarmet retningsbestemt bibliotek | Illumina PE150 | 10–16 GB | Q30≥85% |
Nukleotider:
| Mengde (ng) | Volum (μL) |
| 40 | 20 |
Vev:
Eksosom: 100 μL; 40 μg; >10^9 partikler/ml
Serum/plasma: 5 ml
Cellekultursupernatant: 100 ml
Urin: 100 ml
Spytt: 15 ml
Neseutflod: 15 ml
Cerebrospinalvæske: 15 ml
Fostervann: 50 ml
Sæd: 5 ml
Galle: 5 ml
Ascites: 50 ml
Melk: 15 ml
Follikulærvæske: 15 ml
Avføringssupernatant: 50 ml
Mikrobiell kultursupernatant: 100 ml
Dyrevev: 3 g
Plantevev: 1 g
Beholder: 2 ml sentrifugerør (folie anbefales ikke)
Eksempelmerking: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Tørris: Prøvene må pakkes i poser og begraves i tørris.
2. RNAstable-rør: RNA-prøver kan tørkes i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i romtemperatur.
Bioinformatikk
circRNA-prediksjon: kromosomfordeling
Differensielt uttrykte circRNA-er – Vulkanplott
Differensielt uttrykte circRNA-er – hierarkisk klynging
Funksjonell anrikning av circRNAs vertsgener
Differensiell genekspresjon (DEG) analyse
Kvantifisering av lncRNA-ekspresjon – klynging
Berikelse av lncRNA-målgener
Felles mRNA- og lncRNA-posisjonsanalyse – Circos-plott (midtersirkelen er mRNA og indre sirkel er lncRNA)