Eksosomal liten RNA-sekvensering – Illumina
Funksjoner
● Eksosomalt total RNA brukes som innsatsmateriale. Under rensing brukes miRNA-kuler til å isolere miRNA.
● Bioinformatisk analyse sentrert rundt miRNA-prediksjon og deres mål.
Servicefordeler
● Omfattende bioinformatisk analyse: Muliggjør identifisering av både kjente og nye miRNA-er, identifisering av miRNA-mål og tilsvarende funksjonell annotering og berikelse med flere databaser (KEGG, GO).
● Streng kvalitetskontroll: Vi implementerer sentrale kontrollpunkter i alle stadier, fra prøve- og bibliotekforberedelse til sekvensering og bioinformatikk. Denne grundige overvåkingen sikrer levering av resultater av gjennomgående høy kvalitet.
● Støtte etter salg: Vår forpliktelse strekker seg utover prosjektets ferdigstillelse, med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-økter for å svare på eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Plattform | Anbefalte data | Datakvalitetskontroll |
| Eksosomalt miRNA-isolasjon | Illumina SE50 | 10–20 millioner avlesninger | Q30≥85% |
Krav til prøveeksempler
Nukleotider:
| Mengde (ng) | Volum (μL) |
| 40 | 20 |
Vev:
Eksosom: 100 μL; 40 μg; >10^9 partikler/ml
Serum/plasma: 5 ml
Cellekultursupernatant: 100 ml
Urin: 100 ml
Spytt: 15 ml
Neseutflod: 15 ml
Cerebrospinalvæske: 15 ml
Fostervann: 50 ml
Sæd: 5 ml
Galle: 5 ml
Ascites: 50 ml
Melk: 15 ml
Follikulærvæske: 15 ml
Avføringssupernatant: 50 ml
Mikrobiell kultursupernatant: 100 ml
Dyrevev: 3 g
Plantevev: 1 g
Anbefalt prøvelevering
Beholder: 2 ml sentrifugerør (folie anbefales ikke)
Eksempelmerking: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Tørris: Prøvene må pakkes i poser og begraves i tørris.
2. RNAstable-rør: RNA-prøver kan tørkes i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i romtemperatur.
Tjenestens arbeidsflyt
Eksperimentdesign
Prøvelevering
RNA-ekstraksjon
bibliotekbygging
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Bioinformatikk
● Kvalitetskontroll av rådata
● sRNA-klassifisering
● Justering til et referansegenom
● Identifisering av kjent og ny miRNA
● Differensiell miRNA-ekspresjonsanalyse
● Funksjonell annotering av miRNA-mål
Identifisering av miRNA: struktur og dybde
Differensiell uttrykk av miRNA – hierarkisk klynging
Funksjonell annotering av målet for differensielt uttrykte miRNAer
