-
Plante/dyr De novo genomsekvensering
De novosekvensering refererer til konstruksjon av en arts hele genom ved bruk av sekvenseringsteknologier, f.eks. PacBio, Nanopore, NGS, etc., i fravær av et referansegenom.Den bemerkelsesverdige forbedringen i leselengde til tredjegenerasjons sekvenseringsteknologier har gitt nye muligheter for å sette sammen komplekse genomer, slik som de med høy heterozygositet, høyt forhold mellom repeterende regioner, polyploider osv. Med leselengde på titalls kilobaser-nivå, muliggjør disse sekvenseringsavlesningene oppløsning av repeterende elementer, regioner med unormalt GC-innhold og andre svært komplekse regioner.
Plattform: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C-basert genomsamling
Hi-C er en metode utviklet for å fange kromosomkonfigurasjon ved å kombinere sonderende nærhetsbaserte interaksjoner og sekvensering med høy gjennomstrømning.Intensiteten til disse interaksjonene antas å være negativt korrelert med fysisk avstand på kromosomene.Derfor kan Hi-C-data veilede klyngingen, rekkefølgen og orienteringen av sammensatte sekvenser i et utkast til genom og forankre disse på et visst antall kromosomer.Denne teknologien styrker en genomsamling på kromosomnivå i fravær av populasjonsbasert genetisk kart.Hvert genom trenger en Hi-C.
Plattform: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Evolusjonær genetikk
Evolusjonær genetikk er en pakket sekvenseringstjeneste designet for å gi en omfattende tolkning av evolusjonær informasjon om gitte materialer basert på genetiske variasjoner, inkludert SNP-er, InDels, SV-er og CNV-er.Den gir all grunnleggende analyse som kreves for å beskrive evolusjonære endringer og genetiske trekk ved populasjoner, slik som populasjonsstruktur, genetisk mangfold, fylogeniforhold, etc. Den inneholder også studier om genflyt, som gir mulighet for estimering av effektiv populasjonsstørrelse, divergenstid.
-
Komparativ genomikk
Komparativ genomikk betyr bokstavelig talt å sammenligne de komplette genomsekvensene og strukturene til forskjellige arter.Denne disiplinen tar sikte på å avsløre artsutvikling, genfunksjon, genreguleringsmekanisme på genomnivå ved å identifisere sekvensstrukturene og elementene som bevarte eller differensierte på tvers av forskjellige arter.Typisk komparativ genomikkstudie inkluderer analyser i genfamilie, evolusjonær utvikling, duplisering av hele genom, selektivt trykk, etc.
-
Bulk Segregant-analyse
Bulked segregant analyse (BSA) er en teknikk som brukes for raskt å identifisere fenotype-assosierte genetiske markører.Hovedarbeidsflyten til BSA inneholder å velge ut to grupper av individer med ekstremt motstridende fenotyper, slå sammen DNAet til alle individer for å danne to bulker av DNA, identifisere differensielle sekvenser mellom to bassenger.Denne teknikken har blitt mye brukt for å identifisere genetiske markører som er sterkt assosiert med målrettede gener i plante-/dyregenomer.
