BMKCloud Logg inn

Produkter

Hi-C-basert kromatininteraksjon

Hi-C er en metode utviklet for å fange genomisk konfigurasjon ved å kombinere probing av nærhetsbaserte interaksjoner og høykapasitetssekvensering. Metoden er basert på kromatin-kryssbinding med formaldehyd, etterfulgt av fordøyelse og religering på en måte som bare fragmenter som er kovalent bundet, vil danne ligeringsprodukter. Ved å sekvensere disse ligeringsproduktene er det mulig å studere 3D-organiseringen av genomet. Hi-C muliggjør studier av fordelingen av de delene av genomet som er lett pakket (A-rom, eukromatin) og mer sannsynlig å være transkripsjonelt aktive, og de områdene som er tettere pakket (B-rom, heterokromatin). Hi-C kan også brukes til å finne frem til topologisk assosierte domener (TAD-er), regioner av genomet som har foldede strukturer og sannsynligvis har lignende uttrykksmønstre, og til å identifisere kromatinløkker, DNA-regioner som er forankret sammen av proteiner og som ofte er beriket med regulatoriske elementer. BMKGenes Hi-C-sekvenseringstjeneste gir forskere mulighet til å utforske de romlige dimensjonene til genomikk, og åpner nye veier for å forstå genomregulering og dens implikasjoner for helse og sykdom.

Kontakt oss

Tjenestedetaljer

Bioinformatikk

Demoresultater

Utvalgte publikasjoner

Tjenestefunksjoner

● Sekvensering på Illumina NovaSeq med PE150.

● Tjenesten krever vevsprøver, i stedet for ekstraherte nukleinsyrer, for å kryssbinde med formaldehyd og bevare DNA-protein-interaksjonene.

● Hi-C-eksperimentet involverer restriksjon og endereparasjon av de klebrige endene med biotin, etterfulgt av sirkularisering av de resulterende butte endene samtidig som interaksjonene bevares. DNA-et trekkes deretter ned med streptavidinkuler og renses for påfølgende bibliotekpreparering.

Servicefordeler

●Optimal restriksjonsenzymdesignFor å sikre høy Hi-C-effektivitet på forskjellige arter med opptil 93 % gyldige interaksjonspar.

●Omfattende ekspertise og publikasjonshistorikk:BMKGene har bred erfaring med >2000 Hi-C-sekvenseringsprosjekter fra 800 forskjellige arter og diverse patenter. Over 100 publiserte tilfeller med en akkumulativ impact factor på over 900.

●Høyt kvalifisert bioinformatikkteam:med interne patenter og programvareopphavsrettigheter for Hi-C-eksperimenter og dataanalyse og en egenutviklet visualiseringsdataprogramvare.

●Støtte etter salg:Vår forpliktelse strekker seg utover prosjektets ferdigstillelse, med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-sesjoner for å svare på eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.

●Omfattende annoteringVi bruker flere databaser for å funksjonelt annotere genene med identifiserte variasjoner og utføre tilsvarende anrikningsanalyse, noe som gir innsikt i flere forskningsprosjekter.

Tjenestespesifikasjoner

Bibliotek

Sekvenseringsstrategi

Anbefalt datautgang

Hi-C signaloppløsning

Hi-C-biblioteket

Illumina PE150

Kromatinløkke: 150x

TAD: 50x

Kromatinløkke: 10 kb

TAD: 40 kB

Servicekrav

Eksempeltype	Nødvendig beløp
Dyrevev	≥2g
Fullblod	≥2 ml
Sopp	≥1 g
Planteungt vev	1 g/alikvot, 2–4 alikvoter anbefales
Dyrkede celler	≥1x10⁷

Tidligere: TGuide Smart Magnetic Plant DNA Kit

Neste: DNBSEQ forhåndslagde biblioteker

Inkluderer følgende analyse:

● Rådata-kvalitetskontroll;

● Kartlegging og Hi-C-bibliotekets kvalitetskontroll: gyldige interaksjonspar og interaksjonsavbruddseksponenter (IDE-er);

● Genomomfattende interaksjonsprofilering: cis/trans-analyse og Hi-C-interaksjonskart;

● Analyse av A/B-kompartmentfordeling;

● Identifisering av TAD-er og kromatinløkker;

● Differensialanalyse av 3D-kromatinstrukturelementer blant prøver og tilsvarende funksjonell annotering av assosierte gener.

Cis- og trans-proporsjonsfordeling

Varmekart over kromosomale interaksjoner mellom prøver

Genomomfattende distribusjon av A/B-rom

Genomomfattende distribusjon av kromatinløkker

Visualisering av TAD-er

Utforsk forskningsfremskrittene som BMKGenes Hi-C-sekvenseringstjenester muliggjør gjennom en kuratert samling av publikasjoner.

Meng, T. et al. (2021) «En komparativ integrert multiomikkanalyse identifiserer CA2 som et nytt mål for kordom»,Nevro-onkologi, 23(10), s. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.

Xu, L. et al. (2021) «3D-desorganisering og omorganisering av genomet gir innsikt i patogenesen til NAFLD ved integrert Hi-C-, Nanopore- og RNA-sekvensering»Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), s. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.