BMKCloud Logg på

Produkter

Hi-C-basert kromatininteraksjon

Hi-C-basert Chromatin Interaction Featured Image

Hi-C er en metode designet for å fange genomisk konfigurasjon ved å kombinere sonderende nærhetsbaserte interaksjoner og sekvensering med høy gjennomstrømning. Metoden er basert på kromatintverrbinding med formaldehyd, etterfulgt av fordøyelse og re-ligering på en måte at kun fragmenter som er kovalent bundet vil danne ligeringsprodukter. Ved å sekvensere disse ligeringsproduktene er det mulig å studere 3D-organiseringen av genomet. Hi-C gjør det mulig å studere fordelingen av delene av genomet som er lett pakket (A-rom, euchromatin) og som er mer sannsynlig å være transkripsjonelt aktive, og regionene som er tettere pakket (B-rom, Heterochromatin). Hi-C kan også brukes til å finne topologisk assosierte domener (TADs), regioner av genomet som har foldede strukturer og som sannsynligvis har lignende uttrykksmønstre, og for å identifisere kromatinløkker, DNA-regioner som er forankret sammen av proteiner og som er ofte beriket med regulatoriske elementer. BMKGenes Hi-C-sekvenseringstjeneste gir forskere mulighet til å utforske de romlige dimensjonene til genomikk, og åpner nye veier for å forstå genomregulering og dens implikasjoner for helse og sykdom.

Kontakt oss

Tjenestedetaljer

Bioinformatikk

Demo resultater

Utvalgte publikasjoner

Tjenestefunksjoner

● Sekvensering på Illumina NovaSeq med PE150.

● Tjenesten krever vevsprøver, i stedet for ekstraherte nukleinsyrer, for å kryssbinde med formaldehyd og bevare DNA-protein-interaksjonene.

● Hi-C-eksperimentet involverer restriksjon og sluttreparasjon av de klebrige endene med biotin, etterfulgt av sirkularisering av de resulterende butte endene samtidig som interaksjonene bevares. DNAet trekkes deretter ned med streptavidinkuler og renses for påfølgende bibliotekpreparering.

Tjenestefordeler

●Optimal Restriction Enzyme Design: for å sikre høy Hi-C effektivitet på forskjellige arter med opptil 93 % gyldige interaksjonspar.

●Omfattende ekspertise og publikasjonsregister:BMKGene har lang erfaring med >2000 Hi-C sekvenseringsprosjekter fra 800 forskjellige arter og forskjellige patenter. Over 100 publiserte saker med en akkumulert effektfaktor på over 900.

●Høyt dyktige bioinformatikkteam:med in-house patenter og programvareopphavsrett for Hi-C-eksperimenter og dataanalyse og en egenutviklet visualiseringsdataprogramvare.

●Støtte etter salg:Vårt engasjement strekker seg utover prosjektgjennomføring med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-økter for å løse eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.

●Omfattende merknad: vi bruker flere databaser for funksjonelt å kommentere genene med identifiserte variasjoner og utføre den tilsvarende berikelsesanalysen, og gir innsikt i flere forskningsprosjekter.

Tjenestespesifikasjoner

Bibliotek

Sekvenseringsstrategi

Anbefalt datautgang

Hi-C signaloppløsning

Hi-C bibliotek

Illumina PE150

Kromatinsløyfe: 150x

TAD: 50x

Kromatinsløyfe: 10Kb

TAD: 40Kb

Servicekrav

Prøvetype	Nødvendig beløp
Dyrevev	≥2g
Fullblod	≥2 ml
Sopp	≥1g
Plante- ungt vev	1 g/alikvot, 2-4 alikvoter anbefales
dyrkede celler	≥1x10⁷

Tidligere: TGuide Smart Magnetic Plant RNA Kit

Neste: DNBSEQ ferdiglagde biblioteker

Inkluderer følgende analyse:

● Rådata QC;

● Kartlegging og Hi-C bibliotek QC: gyldige interaksjonspar og Interaction Decay Exponents (IDEer);

● Genomomfattende interaksjonsprofilering: cis/trans-analyse og Hi-C interaksjonskart;

● Analyse av distribusjon av A/B-rom;

● Identifikasjon av TAD-er og kromatinsløyfer;

● Differensialanalyse på 3D-kromatinstrukturelementer blant prøver og tilsvarende funksjonell annotering av assosierte gener.

Cis- og transproporsjonsfordeling

Varmekart over kromosomale interaksjoner mellom prøver

Genomomfattende distribusjon av A/B-rom

Genomomfattende distribusjon av kromatinsløyfer

Visualisering av TAD-er

Utforsk forskningsfremskritt tilrettelagt av BMKGenes Hi-C-sekvenseringstjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner.

Meng, T. et al. (2021) 'En komparativ integrert multi-omics-analyse identifiserer CA2 som et nytt mål for chordoma',Nevro-onkologi, 23(10), s. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.

Xu, L. et al. (2021) '3D-desorganisering og omorganisering av genom gir innsikt i patogenesen til NAFLD ved integrert Hi-C, Nanopore og RNA-sekvensering',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), s. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.