-
Metagenomisk sekvensering (NGS)
Metagenom refererer til en samling av totalt genetisk materiale fra et blandet samfunn av organismer, slik som miljømetagenom, humant metagenom, etc. Det inneholder genomer av både dyrkbare og ukultiverbare mikroorganismer.Metagenomisk sekvensering er et molekylært verktøy som brukes til å analysere de blandede genomiske materialene ekstrahert fra miljøprøver, som gir detaljert informasjon om artsmangfold og overflod, populasjonsstruktur, fylogenetisk forhold, funksjonelle gener og korrelasjonsnettverk med miljøfaktorer.
Plattform:Illumina NovaSeq6000
-
Metagenomisk sekvensering-Nanopore
Metagenomics er et molekylært verktøy som brukes til å analysere de blandede genomiske materialene ekstrahert fra miljøprøver, som gir detaljert informasjon om artsmangfold og overflod, populasjonsstruktur, fylogenetisk forhold, funksjonelle gener og korrelasjonsnettverk med miljøfaktorer, etc. Nanopore-sekvenseringsplattformer har nylig introdusert til metagenomiske studier.Dens enestående ytelse i leselengde forbedret i stor grad nedstrøms metagenomisk analyse, spesielt metagenomsammenstilling.Ved å dra fordeler av leselengde, er Nanopore-basert metagenomisk studie i stand til å oppnå mer kontinuerlig montering sammenlignet med hagle-geværmetagenomikk.Det har blitt publisert at Nanopore-basert metagenomikk med suksess genererte komplette og lukkede bakterielle genomer fra mikrobiomer (Moss, EL, et. al,Natur Biotech, 2020)
Plattform:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Underenheten på 16S og 18S rRNA som inneholder både svært konserverte og hypervariable regioner er et perfekt molekylært fingeravtrykk for identifikasjon av prokaryote og eukaryote organismer.Ved å dra nytte av sekvensering kan disse amplikonene målrettes basert på de konserverte delene og de hypervariable regionene kan karakteriseres fullt ut for mikrobiell identifikasjon, noe som bidrar til studier som dekker mikrobiell mangfoldsanalyse, taksonomi, fylogeni, etc. Enkeltmolekyls sanntid (SMRT) ) sekvensering av PacBio-plattformen gjør det mulig å oppnå svært nøyaktige lange avlesninger, som kan dekke amplikoner i full lengde (ca. 1,5 Kb).Det utvidede synet på genetisk felt forbedret oppløsningen i artskommentarer i bakterie- eller soppsamfunn.
Plattform:PacBio oppfølger II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS amplikonsekvensering tar sikte på å avsløre fylogeni, taksonomi og artsoverflod i et mikrobielt samfunn ved å undersøke PCR-produkter av husholdningsgenetiske markører som inneholder både svært konverserte og hypervariable deler.Introduksjonen av disse perfekte molekylære fingeravtrykkene av Woeses et al, (1977) styrker isolasjonsfri mikrobiomprofilering.Sekvensering av 16S (bakterier), 18S (sopp) og intern transkribert spacer (ITS, sopp) tillater identifikasjon av både rikelig arter så vel som sjeldne og uidentifiserte arter.Denne teknologien har blitt et mye brukt og viktig verktøy for å identifisere differensiell mikrobiell sammensetning i ulike miljøer, som menneskelig munn, tarm, avføring, etc.
Plattform:Illumina NovaSeq6000
-
Re-sekvensering av hele genomet av bakterier og sopp
Re-sekvensering av hele genomet av bakterier og sopp er et kritisk verktøy for å komplettere genomene til kjente bakterier og sopp, samt for å sammenligne flere genomer eller kartlegge genomer til nye organismer.Det er av stor betydning å sekvensere hele genomer av bakterier og sopp for å generere nøyaktige referansegenomer, foreta mikrobiell identifikasjon og andre komparative genomstudier.
Plattform: Illumina NovaSeq 6000
-
Soppgenom
Biomarker Technologies gir genomundersøkelse, fint genom og pene-komplett genom av sopp avhengig av spesifikke forskningsmål.Genomsekvensering, montering og funksjonell merknad kan oppnås ved å kombinere neste generasjons sekvensering + Tredje generasjons sekvensering for å oppnå genomsamling på høyt nivå.Hi-C-teknologi kan også brukes for å lette genomsamling på kromosomnivå.
Plattform:PacBio oppfølger II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Bakterier komplett genom
Biomarker Technologies tilbyr sekvenseringstjenester for å konstruere komplett genom av bakterier med null gap.Hovedarbeidsflyten for bakteriers komplette genomkonstruksjon inkluderer tredjegenerasjons sekvensering, montering, funksjonell merknad og avansert bioinformatisk analyse som oppfyller spesifikke forskningsmål.En mer omfattende profilering av bakteriegenomet styrker avsløringen av grunnleggende mekanismer som ligger til grunn for deres biologiske prosesser, som også kan gi verdifull referanse for genomisk forskning i høyere eukaryote arter
Plattform:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio oppfølger II
