mRNA-sekvensering (NGS) – De novo

mRNA-sekvensering tillater profilering av alle mRNA-transkripter i celler under spesifikke forhold og er en mye brukt teknologi innen ulike forskningsområder. BMKCloud De novo mRNA-seq-pipelinen er utviklet for å analysere poly-A-berikede sekvenseringsbiblioteker når ingen referansegenom er tilgjengelig. Pipelinen starter med kvalitetskontroll, etterfulgt avpå nytttranskriptsamling og valg av unikensett. Unigenstrukturanalysen predikerer kodende sekvens (CDS) og enkle sekvensrepetisjoner (SSR). Deretter finner differensialekspresjonsanalysen differensielt uttrykte gener (DEG-er) blant de testede forholdene, etterfulgt av funksjonell annotering og anriking av DEG-er for å utvinne biologisk innsikt.