Nanopore fulllengde transkriptom

Nanopore transkriptomsekvensering er en kraftig metode for sekvensering av fulllengde cDNAer, og nøyaktig identifisering og kvantifisering av transkriptisoformer. BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline er utviklet for å analysere RNA-Seq-data generert på Nanopore-plattformen mot et høykvalitets, godt annotert referansegenom, og gir kvalitativ og kvantitativ analyse på både gen- og transkriptnivå. Etter kvalitetskontroll oppnås fulllengde ikke-kimære (FLNC) sekvenser, og konsensussekvenser kartlegges til referansegenomet for å fjerne overflødige transkripter. Fra dette transkriptsettet kvantifiseres uttrykk, og differensielt uttrykte gener og transkripter identifiseres og funksjonelt annoteres. Pipeline inkluderer også alternativ polyadenyleringsanalyse (APA), alternativ spleisinganalyse, enkel sekvensrepetisjonsanalyse (SSR), prediksjon av lncRNA og tilsvarende mål, prediksjon av kodende sekvenser (CDS), genfamilieanalyse, transkripsjonsfaktoranalyse, prediksjon av nye gener og funksjonell annotering av transkripter.