Ikke-referansebasert mRNA-sekvensering-NGS
Funksjoner
● Innfanging av poly mRNA før bibliotekpreparering
● Uavhengig av ethvert referansegenom: basert på de novo-sammenstilling av transkripsjoner, genererer en liste over unigener som er annotert med flere databaser (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Omfattende bioinformatisk analyse av genuttrykk og transkripsjonsstruktur
Tjenestefordeler
●Omfattende kompetanse: Med en merittliste med å behandle over 600 000 prøver hos BMKGENE, som spenner over ulike prøvetyper som cellekulturer, vev og kroppsvæsker, bringer teamet vårt et vell av erfaring til hvert prosjekt. Vi har avsluttet over 100 000 mRNA-Seq-prosjekter i ulike forskningsdomener.
●Streng kvalitetskontroll: Vi implementerer kjernekontrollpunkter på tvers av alle stadier, fra prøve- og bibliotekforberedelse til sekvensering og bioinformatikk. Denne grundige overvåkingen sikrer levering av konsekvent høykvalitetsresultater.
● Omfattende merknad: vi bruker flere databaser for funksjonelt å kommentere de differensielt uttrykte genene (DEGs) og utføre den tilsvarende berikelsesanalysen, og gir innsikt i de cellulære og molekylære prosessene som ligger til grunn for transkriptomresponsen.
●Support etter salg: vår forpliktelse strekker seg utover prosjektfullføring med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-økter for å løse eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data anbefales | Kvalitetskontroll |
| Poly A beriket | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85 % |
Eksempelkrav:
Nukleotider:
| Kons.(ng/μl) | Mengde (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begrenset eller ingen protein- eller DNA-kontaminering vist på gel. | For planter: RIN≥4,0; For dyr: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrenset eller ingen grunnlinjehøyde |
● Planter:
Rot, stilk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frø: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Dyr:
Hjerte eller tarm: 300 mg
Innvoller eller hjerne: 240 mg
Muskel: 450 mg
Bein, hår eller hud: 1g
● Leddyr:
Insekter: 6g
Krepsdyr: 300 mg
● Fullblod: 1 rør
● Celler: 106 celler
Anbefalt prøvelevering
Beholder: 2 ml sentrifugerør (tinnfolie anbefales ikke)
Prøvemerking: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Tørris: Prøver må pakkes i poser og begraves i tørris.
2. RNAstabile rør: RNA-prøver kan tørkes i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i romtemperatur.
Servicearbeidsflyt
Eksperimentdesign
Prøvelevering
RNA-ekstraksjon
Bygging av bibliotek
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Bioinformatikk
Transkriptomsammenstilling og unigen seleksjon
Unigene-anmerkning
Prøvekorrelasjon og vurdering av biologiske replikater
Differensielt uttrykte gener (DEGs)
Funksjonell merknad av DEG
Funksjonell berikelse av DEG
Utforsk fremskritt tilrettelagt av BMKGenes eukaryote NGS mRNA-sekvenseringstjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Shen, F. et al. (2020) 'De novo transkriptomsammenstilling og kjønnsorientert genuttrykk i gonadene til Amur steinbit (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), s. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Transkriptomanalyse av sukrosemetabolisme under bulbhevelse og utvikling i løk (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (september), s. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'De novo montering, karakterisering og merknad for transkriptomet til Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'De novo transkriptomanalyse gir innsikt i salttoleransen til Podocarpus macrophyllus under saltholdighetsstress', BMC Plant Biology, 21(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURE/9.
