Ikke-referansebasert mRNA-sekvensering-NGS
Funksjoner
● Innfanging av poly mRNA før bibliotekpreparering
● Uavhengig av referansegenom: basert på de novo-samling av transkripter, genererer en liste over unigener som er annotert med flere databaser (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Omfattende bioinformatisk analyse av genuttrykk og transkriptstruktur
Servicefordeler
●Omfattende ekspertiseMed en merittliste på over 600 000 prøver hos BMKGENE, som spenner over ulike prøvetyper som cellekulturer, vev og kroppsvæsker, bringer teamet vårt et vell av erfaring til hvert prosjekt. Vi har fullført over 100 000 mRNA-Seq-prosjekter innen ulike forskningsområder.
●Streng kvalitetskontrollVi implementerer sentrale kontrollpunkter på tvers av alle stadier, fra prøve- og bibliotekforberedelse til sekvensering og bioinformatikk. Denne grundige overvåkingen sikrer levering av resultater av gjennomgående høy kvalitet.
● Omfattende annoteringVi bruker flere databaser for å funksjonelt annotere de differensielt uttrykte genene (DEG-ene) og utføre den tilsvarende anrikningsanalysen, noe som gir innsikt i de cellulære og molekylære prosessene som ligger til grunn for transkriptomresponsen.
●Støtte etter salgVår forpliktelse strekker seg utover prosjektets ferdigstillelse, med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-sesjoner for å svare på eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Anbefalte data | Kvalitetskontroll |
| Poly A-beriket | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6–10 GB | Q30≥85% |
Eksempelkrav:
Nukleotider:
| Kons. (ng/μl) | Mengde (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7–2,5 OD260/230=0,5–2,5 Begrenset eller ingen protein- eller DNA-kontaminering vist på gelen. | For planter: RIN≥4,0; For dyr: RIN ≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrenset eller ingen grunnlinjehøyde |
● Planter:
Rot, stilk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frø: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Dyr:
Hjerte eller tarm: 300 mg
Innvoller eller hjerne: 240 mg
Muskel: 450 mg
Bein, hår eller hud: 1 g
● Leddyr:
Insekter: 6 g
Krepsdyr: 300 mg
● Fullblod1 rør
● Celler: 106 celler
Anbefalt prøvelevering
Beholder: 2 ml sentrifugerør (folie anbefales ikke)
Eksempelmerking: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Tørris: Prøvene må pakkes i poser og begraves i tørris.
2. RNAstable-rør: RNA-prøver kan tørkes i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i romtemperatur.
Tjenestens arbeidsflyt
Eksperimentdesign
Prøvelevering
RNA-ekstraksjon
bibliotekbygging
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Bioinformatikk
Transkriptommontering og unikenseleksjon
Unigene-annotering
Prøvekorrelasjon og vurdering av biologiske replikater
Differensielt uttrykte gener (DEG-er)
Funksjonell annotasjon av DEG-er
Funksjonell berikelse av DEG-er
Utforsk fremskrittene som er muliggjort av BMKGenes eukaryote NGS mRNA-sekvenseringstjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Shen, F. et al. (2020) «De novo transkriptomsamling og kjønnsskjev genuttrykk i gonadene til amurmalle (Silurus asotus)», Genomics, 112(3), s. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) «Transkriptomanalyse av sukrosemetabolisme under løkesvelling og -utvikling hos løk (Allium cepa L.)», Frontiers in Plant Science, 7 (september), s. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) «De novo-montering, karakterisering og annotering for transkriptomet til Sarcocheilichthys sinensis», PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) «De novo transkriptomanalyse gir innsikt i salttoleransen til Podocarpus macrophyllus under saltholdig stress», BMC Plant Biology, 21(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
