PacBio 2+3 mRNA-løsning i full lengde
Funksjoner
● Studiedesign:
Samlet prøve sekvensert med PacBio for å identifisere transkripsjonsisoformer
Separate prøver (replikater og forhold som skal testes) sekvensert medNGS for å kvantifisere transkripsjonsuttrykk
● PacBio-sekvensering i CCS-modus, genererer HiFi-avlesninger
● Sekvensering av transkripsjonene i full lengde
● Analyse krever ikke et referansegenom; den kan imidlertid brukes
● Bioinformatisk analyse inkluderer ikke bare ekspresjon på gen- og isoformnivå, men også analyse av lncRNA, genfusjoner, polyadenylering og genstruktur
Fordeler
● Høy nøyaktighet: HiFi leser med nøyaktighet >99,9 % (Q30), sammenlignbar med NGS
● Alternativ skjøteanalyse: sekvensering av alle transkripsjoner muliggjør isoformidentifikasjon og karakterisering.
● Kombinasjon av PacBio og NGS styrker: muliggjør kvantifisering av uttrykk på isoformnivå, avduking av endring som kan maskeres når man analyserer hele genuttrykket
● Omfattende kompetanse: Med en merittliste med å fullføre over 1100 PacBio full-lengde transkriptomprosjekter og behandle over 2300 prøver, bringer teamet vårt et vell av erfaring til hvert prosjekt.
● Støtte etter salg: vår forpliktelse strekker seg utover prosjektfullføring med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar for å løse eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
Prøvekrav og levering
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data anbefales | Kvalitetskontroll |
| PolyA-anriket mRNA CCS-bibliotek | PacBio oppfølger II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85 % |
| Poly A beriket | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85 % |
Nukleotider
|
| Kons.(ng/μl) | Mengde (μg) | Renhet | Integritet |
| Illumina bibliotek | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begrenset eller ingen protein- eller DNA-kontaminering vist på gel. | For planter: RIN≥4,0; For dyr: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begrenset eller ingen grunnlinjehøyde |
| PacBio bibliotek | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begrenset eller ingen protein- eller DNA-kontaminering vist på gel. | Planter: RIN≥7,5 Dyr: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; begrenset eller ingen grunnlinjehøyde |
Anbefalt prøvelevering
Beholder: 2 ml sentrifugerør (tinnfolie anbefales ikke)
Prøvemerking: Gruppe+replikat f.eks. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Forsendelse:
1. Tørris:Prøver må pakkes i poser og begraves i tørris.
2. RNAstabile rør: RNA-prøver kan tørkes i RNA-stabiliseringsrør (f.eks. RNAstable®) og sendes i romtemperatur.
Inkluderer følgende analyse:
Kvalitetskontroll av rådata
Alternativ polyadenyleringsanalyse (APA)
Fusjonstranskripsjonsanalyse
Alternativ skjøteanalyse
Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) analyse
Ny transkripsjonsanalyse: prediksjon av kodende sekvenser (CDS) og funksjonell merknad
lncRNA-analyse: prediksjon av lncRNA og mål
MicroSatelite Identification (SSR)
Differensielt uttrykte transkripsjoner (DETs) analyse
Differensielt uttrykte gener (DEGs) analyse
Funksjonell merknad av DEG-er og DET-er
BUSCO analyse
Alternativ skjøteanalyse
Alternativ polyadenyleringsanalyse (APA)
Differensielt uttrykte gener (DEGs) og transkripsjoner (DETs9 analyse
Protein-protein-interaksjonsnettverk av DET-er og DEG-er
Utforsk fremskritt tilrettelagt av BMKGenes PacBio 2+3 full-lengde mRNA-sekvensering gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Chao, Q. et al. (2019) 'The developmental dynamics of the Populus stem transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17(1), s. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Dynamiske endringer i askorbinsyreinnhold under fruktutvikling og modning av Actinidia latifolia (en askorbatrik fruktavling) og de assosierte molekylære mekanismene', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), s. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Effektiv prediksjon av biosyntetiske banegener involvert i bioaktive polyfylliner i Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), s. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Kombinert PacBio Iso-Seq og Illumina RNA-Seq analyse av Tuta absoluta (Meyrick) transkriptom og cytokrom P450 gener', Insects, 14(4), s. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'En undersøkelse av transkriptomkompleksitet ved bruk av PacBio enkeltmolekyls sanntidsanalyse kombinert med Illumina RNA-sekvensering for en bedre forståelse av ricinolsyrebiosyntese i Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURE/7.
