Pacbio fullengdes transkriptom

PacBio fulllengde-transkriptomsekvensering, Isoseq, muliggjør nøyaktig identifisering av transkriptisoformer, kaster lys over alternativ polyadenylering og spleising, og fører til mer nøyaktig genuttrykksanalyse. BMKCloud PacBio fulllengde-transkriptom-pipelinen er utviklet for å analysere cDNA-biblioteker sekvensert i Circular Consensus Sequencing (CCS)-modus og identifiserer fulllengde ikke-kimære (FLNC)-sekvenser, som deretter grupperes i ikke-redundante transkripter. En påfølgende BUSCO-analyse vurderer fullstendigheten av transkriptom-sammenstillingen. Fra det sammensatte transkriptomet utføres flere analyser: alternativ spleising, enkel sekvensrepetisjon (SSR), prediksjon av lncRNA og tilsvarende målgener, prediksjon av nye gener, genfamilieanalyse, transkripsjonsfaktoranalyse og funksjonell annotering av transkripter.