Sekvensering av plante-/dyregenomer
Tjenestefunksjoner
De novo
Denne teknikken er spesielt nyttig med utfordrende genomer, som de med høy grad av heterozygositet, repeterende regioner, polypoloide genomer, unormalt CG-innhold osv.
Vår komplette løsning tilbyr integrerte sekvenseringstjenester og bioinformatisk analyse som leverer et de novo-assemblert genom av høy kvalitet. En innledende genomundersøkelse med Illumina gir estimater av genomstørrelse og kompleksitet, og denne informasjonen brukes til å veilede neste trinn med langtidsavlesningssekvensering med PacBio HiFi, etterfulgt avpå nyttmontering av contigs. Den påfølgende bruken av HiC-montering muliggjør forankring av contigs til genomet, noe som gir en montering på kromosomnivå. Til slutt annoteres genomet ved genprediksjon og ved sekvensering av uttrykte gener, ved å ty til transkriptomer med korte og lange avlesninger.
-- Integrering av flere sekvenserings- og bioinformatiske tjenester i én komplett løsningTjeneste egnet for å bygge romanen
-- genomer eller forbedring av eksisterende referansegenomer for arter av interesse.
Resekvensering
-- Biblioteksforberedelse kan være standard eller PCR-fri
-- Tilgjengelig i fire sekvenseringsplattformer: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 eller PacBio Revio.
-- Bioinformatisk analyse fokusert på variantkall: SNP, InDel, SV og CNV
Servicefordeler
●Omfattende ekspertise og publikasjonshistorikkForpå nytttjenester, har vi samlet massiv erfaring med høykvalitets genomsammenstilling av ulike arter, inkludert diploide genomer og svært komplekse genomer av polyploide og allopolyploide arter. Siden 2018 har vi bidratt til over 300 publikasjoner med stor innvirkning, og over 20 av dem er publisert i Nature Genetics. Ved genomresekvensering akkumulerte vi over 1000 arter, noe som resulterte i over 1000 publiserte tilfeller med en kumulativ impact factor på over 5000.
●En komplett løsningPåpå nyttsekvensering, kombinerer vår integrerte tilnærming flere sekvenseringsteknologier og bioinformatiske analyser i en sammenhengende arbeidsflyt, som leverer et satt sammen genom av høy kvalitet.
●Skreddersydd til dine behovVår tjenestearbeidsflyt er tilpassbar, noe som muliggjør tilpasning for genomer med ulike funksjoner og spesifikke forskningsbehov.
●Høyt kvalifisert bioinformatikk- og laboratorieteamEnten det er forpå nyttEnten det gjelder sekvensering eller resekvensering, har teamet vårt et sett med dyktige verktøy og kunnskaper for å garantere prosjektets suksess. Dette kan bekreftes av serien med patenter og programvareopphavsrettigheter de har utviklet.
● Støtte etter salg:Vår forpliktelse strekker seg utover prosjektets ferdigstillelse, med en 3-måneders ettersalgsserviceperiode. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og svar-sesjoner for å svare på eventuelle spørsmål knyttet til resultatene.
●Omfattende bioinformatisk analyseInkludert variasjonskall og funksjonsannotering.
●Omfattende annotering for sekvenseringVi bruker flere databaser for å funksjonelt annotere genene med identifiserte variasjoner og utføre tilsvarende anrikningsanalyse, noe som gir innsikt i forskningsprosjektene dine.
Tjenestespesifikasjoner
| Varianter som skal identifiseres | Sekvenseringsstrategi | Anbefalt dybde |
| SNP og InDel | Illumina NovaSeq PE150 eller MGI T7 | 10 ganger |
| SV og CNV (mindre nøyaktig) | 30 ganger | |
| SV og CNV (mer nøyaktig) | Nanopore Prom P48 | 20 ganger |
| SNP-er, Indel-er, SV og CNV | PacBio Revio | 10 ganger |
Krav til prøveeksempler
| Vev eller ekstraherte nukleinsyrer | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Dyreinnvoller | 0,5–1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Dyremuskel | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Pattedyrblod | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Fjærkre-/fiskeblod | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Plante - friske blader | 1–2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Dyrkede celler |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Insekt bløtvev/individuelt | 0,5–1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Ekstrahert DNA
| Konsentrasjon: ≥ 1 ng/µL Mengde: ≥ 30 ng Begrenset eller ingen nedbrytning eller forurensning
| Konsentrasjon Beløp
OD260/280
OD260/230
Begrenset eller ingen nedbrytning eller forurensning
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/flytcelle/prøve
1,7–2,2
≥1,5 | Konsentrasjon Beløp
OD260/280
OD260/230
Begrenset eller ingen nedbrytning eller forurensning | ≥ 50 ng/µL 10 µg/flytcelle/prøve
1,7–2,2
1,8–2,5 |
| PCR-fri bibliotekforberedelse: Konsentrasjon ≥ 40 ng/µL Mengde ≥ 500 ng | |||||
Tjenestens arbeidsflyt
Prøvelevering
DNA-ekstraksjon
bibliotekbygging
Sekvensering
Dataanalyse
Datalevering
De novobioinformatikkrørledning
Hvis du vil se en oversikt over våre forskjellige rørledninger for montering:
Komplett bioinformatisk analyse, delt inn i fire trinn:
1. Genomundersøkelse, basert på k-mer-analyse med NGS-avlesninger.Den vil gi oss informasjon om:
- Estimering av genomstørrelse
- Estimering av heterozygositet
- Estimat av repeterende regioner
2. Genomsamling med PacBio HiFi.Å bruke lange lesninger vil gi oss:
- De novoforsamling
- Assembly-vurdering: inkludert BUSCO-analyse for genomfullstendighet og kartlegging av NGS- og PacBio HiFi-avlesninger
3. Hi-C-montering.Når vi har satt sammen prosessen, vil informasjon om genomets 3D-struktur utdype kunnskapen og berike referansegenomet vi bygger.
- Hi-C-bibliotekets kvalitetskontroll for å estimere gyldige Hi-C-interaksjoner.
- Hi-C-assembling. Vi vil gruppere contigs i grupper, etterfulgt av contig-rekkefølge innenfor hver gruppe og tildele contig-orientering.
- Hi-C-evaluering
4. Genomannotering:
- Ikke-kodende RNA-prediksjon
- Identifisering av repeterende sekvenser (transposoner og tandemrepetisjoner)
- Genprediksjon
- De novoab initio-algoritmer
- Basert på homologi
- Basert på transkriptom, med lange og korte avlesninger: avlesninger erpå nyttsatt sammen eller kartlagt til utkastgenomet
- Annotering av predikerte gener med flere databaser
Resekvenseringbioinformatikkrørledning
Inkluderer følgende analyse:
- Kvalitetskontroll av rådata
- Statistikk over justering til referansegenom
- Variantidentifikasjon: SNP, InDel, SV og CNV
- Funksjonell annotering av varianter
Statistikk over justering til referansegenom – sekvenseringsdybdefordeling
SNP-kall blant flere prøver
InDel-identifikasjon – statistikk over InDel-lengden i CDS-regionen og den genomomfattende regionen
Variantfordeling over genomet – Circos-plott
Funksjonell annotering av gener med identifiserte varianter – Genontologi
Chai, Q. et al. (2023) «En glutation S-transferase GhTT19 bestemmer pigmentering av blomsterblader via regulering av antocyaninakkumulering i bomull»,Tidsskrift for plantebioteknologi21(2), s. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) «Kromosomnivåbasert vill Hevea brasiliensis-genom gir nye verktøy for genomassistert avl og verdifulle loki for å øke gummiutbyttet»,Tidsskrift for plantebioteknologi, 21(5), s. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. et al. (2021) «Genomsekvenser avslører globale spredningsruter og antyder konvergente genetiske tilpasninger i sjøhestenes evolusjon»,Naturkommunikasjon, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) «Storskala kromosomforandringer fører til endringer i uttrykk på genomnivå, miljøtilpasning og artsdannelse hos gayalen (Bos frontalis)»,Molekylærbiologi og evolusjon40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) «Genomsamling og genetisk disseksjon av en fremtredende tørkeresistent mais-kimplasma»,Naturgenetikk 202355:3, 55(3), s. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) «Avslører evolusjonen av tropanalkaloidbiosyntese ved å analysere to genomer i Solanaceae-familien»,Naturkommunikasjon2023 14:1, 14(1), s. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. et al. (2022) «Analyse av genom- og metyleringsendringer hos kinesiske urbefolkninger over tid gir innsikt i artsbeskyttelse»,Kommunikasjonsbiologi, 5(1), s. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Utfordrende casestudier:
Telomer-til-telomer-samling:Fu, A. et al. (2023) «Telomer-til-telomer-genomsamling av bittermelon (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) avslører fruktutvikling, sammensetning og genetiske egenskaper ved modning»,Hagebruksforskning10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Haplotype-samling:Hu, W. et al. (2021) «Alleldefinert genom avslører biallelisk differensiering under kassava-evolusjonen»,Molekylær plante, 14(6), s. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Gigantisk genomsamling:Yuan, J. et al. (2022) «Genomisk grunnlag for giga-kromosomene og giga-genomet til trepeon Paeonia ostii»,Naturkommunikasjon2022 13:1, 13(1), s. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Polyploid genomsamling:Zhang, Q. et al. (2022) «Genomisk innsikt i den nylige kromosomreduksjonen av autopolyploid sukkerrørsart Saccharum spontaneum»,Naturgenetikk 202254:6, 54(6), s. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
