Plante/dyr hele genomsekvensering
Servicefunksjoner
● Forberedelse av biblioteker kan være standard eller PCR-fri
● Tilgjengelig i 4 sekvenseringsplattformer: Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 eller Pacbio Revio.
● Bioinformatisk analyse fokusert på påvisning av varianter: SNP, Indel, SV og CNV
Tjenestefordeler
●Omfattende kompetanse- og publikasjonsoppføringer: Akkumulert erfaring med genomsekvensering for over 1000 arter har resultert i over 1000 publiserte tilfeller med en kumulativ påvirkningsfaktor på over 5000.
●Omfattende bioinformatikkanalyse: Inkludert variasjonsanrop og funksjonsnotering.
● Støtte etter salg:Vår forpliktelse strekker seg utover prosjektets fullføring med en 3-måneders serviceperiode etter salg. I løpet av denne tiden tilbyr vi prosjektoppfølging, feilsøkingshjelp og spørsmål og spørsmål for å adressere spørsmål relatert til resultatene.
●Omfattende merknad: Vi bruker flere databaser for å funksjonelt kommentere genene med identifiserte variasjoner og utføre den tilsvarende berikelsesanalysen, og gir innsikt i flere forskningsprosjekter.
Servicespesifikasjoner
| Varianter som skal identifiseres | Sekvenseringsstrategi | Anbefalt dybde |
| SNP og INDEL | Illumina Novaseq PE150 eller MGI T7 | 10x |
| SV og CNV (mindre nøyaktig) | 30x | |
| SV og CNV (mer nøyaktig) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indels, SV og CNV | Pacbio Revio | 10x |
Prøvekrav
| Vev eller ekstraherte nukleinsyrer | Illumina/MGI | Nanopore | Pacbio
| ||
| Animal Viscera | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Dyremuskel | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Pattedyrblod | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Fjærkre/fiskeblod | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Plant- Ferskt blad | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Dyrkede celler |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Insekt bløtvev/individ | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Ekstrahert DNA
| Konsentrasjon: ≥ 1 ng/ ull Beløp: ≥ 30 ng Begrenset eller ingen nedbrytning eller forurensning
| Konsentrasjon Beløp
OD260/280
OD260/230
Begrenset eller ingen nedbrytning eller forurensning
| ≥ 40 ng/ ull 4 ug/strømningscelle/prøve
1.7-2.2
≥1,5 | Konsentrasjon Beløp
OD260/280
OD260/230
Begrenset eller ingen nedbrytning eller forurensning | ≥ 50 ng/ ull 10 ug/strømningscelle/prøve
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| PCR-fritt bibliotekforberedelse: Konsentrasjon ≥ 40 ng/ ull Beløp ≥ 500 ng | |||||
Servicearbeidsflyt
Eksempellevering
DNA -ekstraksjon
Bibliotekskonstruksjon
Sekvensering
Dataanalyse
Dataelevering
Inkluderer følgende analyse:
- Rå data kvalitetskontroll
- Statistikk over tilpasning for å referere til genom
- Variantidentifikasjon: SNP, Indel, SV og CNV
- Funksjonell merknad av varianter
Statistikk over justering til referansegenom - Sekvenseringsdybdefordeling
SNP som ringer mellom flere prøver
INDEL IDENTIFIKASJON-Statistikk over indelengden i CDS-regionen og den genomomfattende regionen
Variantfordeling over genomet - Circos Plot
Funksjonell merknad av gener med identifiserte varianter - Gene ontologi
Chai, Q. et al. (2023) 'A Glutathione S - Transferase GHTT19 bestemmer blomsterbladpigmentering via regulering av anthocyaninakkumulering i bomull', Plant Biotechnology Journal, 21 (2), p. 433. Doi: 10.1111/pbi.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Kromosomnivå Wild Hevea brasiliensis-genom gir nye verktøy for genomisk assistert avl og verdifulle loci for å heve gummiutbytte', Plant Biotechnology Journal, 21 (5), s. 1058–1072. doi: 10.1111/pbi.14018.
Li, A. et al. (2021) 'Genom of the Estuarine Oyster gir innsikt i klimaffekt og adaptiv plastisitet', Communications Biology 2021 4: 1, 4 (1), s. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'Analyse av endringer i genom og metylering i kinesiske urfolks kyllinger over tid gir innsikt i artsbevaring', kommunikasjonsbiologi, 5 (1), s. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
