Proteomikk
Funksjoner
● Kvalitativ proteomikk: Bruker LC-MS/MS for å identifisere proteinsammensetning i komplekse prøver (SDS-PAGE gelstrimler, IP, Co-IP, Pull-down). Fordeler: Ingen grense for antall prøver, rask deteksjon, enkel prøvebehandling, høy gjennomstrømning og evne til å oppdage proteiner med lav forekomst.
● Merkefri kvantitativ proteomikk: Ikke-merket teknologi med individuell prøvedeteksjon. Kvantifiserer proteiner ved å sammenligne peptidsignalintensiteter i massespektrometridata. Fordeler: Enkel betjening, høy gjennomstrømning (ingen prøvetallsgrense) og bred anvendelse (egnet for differensiell proteinsammenligning med "tilstedeværelse/fravær" på tvers av arter).
● DIA-kvantitativ proteomikk: Bruker datauavhengig akkvisisjonsmodus (DIA), og skanner alle ioner i segmenterte vinduer for å fange opp fullstendig ioninformasjon. Fordeler: Bedre repeterbarhet, høyere proteindekning og mer nøyaktig kvantifisering enn DDA-modus (TMT/Label Free), ideell for studier av store prøver.
● 4D-merkingsfri kvantitativ proteomikk/4D-DIA kvantitativ proteomikk: Basert på Bruker timsTOF massespektrometer, som legger til ionmobilitet (kollisjonstverrsnitt) til tradisjonell 3D-separasjon. Fordeler: Forbedret ionutnyttelse og nøyaktighet, omfattende forbedring i dekningsdybde, følsomhet og gjennomstrømning; høyere identifikasjonsdybde enn tradisjonell 3D-metode.
● Astral Label Free Quantitative Proteomics/Astral DIA Quantitative Proteomics: Basert på OrbitrapTM AstralTM høyoppløselig massespektrometer. Fordeler: Høyere gjennomstrømning (100+ prøver/dag med 8-minutters gradient), dypere dekning (8000+ proteiner påvist i Hela-celler på 8 min) og høyere følsomhet (mindre prøve kreves).
● TMT kvantitativ proteomikk: Bruker 18 isotoptagger for å merke peptider for samtidig deteksjon av 18 prøver. Fordeler: Høy stabilitet (minimal instrumentstabilitetsforstyrrelse, liten systemfeil) og høy følsomhet (fraksjonering reduserer prøvekompleksiteten og forbedrer deteksjon av protein i lav forekomst).
● PRM-målrettet proteomikk: Høyoppløselig målrettet teknologi for selektiv deteksjon av målproteiner/peptider. Fordeler: Muliggjør relativ/absolutt kvantifisering og verifisering av kvantitative proteomikkresultater; ingen antistoffbegrensning, bredere anvendelighet enn Western Blot og ELISA.
Fordeler
● Avansert utstyr: Utstyrt med både konvensjonelle proteomikkplattformer og avanserte dybdespektrometre (f.eks. 4D, Astral).
● Stabil deteksjon: Strenge kvalitetskontrollsystemer sikrer konsistente og stabile testprosesser.
● Pålitelige resultater: Samtidig kvalitativ og kvantitativ analyse gir relativ ekspresjon, molekylvekt, forekomst og andre viktige data for hver gruppe.
● Høy automatisering: Automatiserte LC-MS-systemer muliggjør rask analyse og utmerket separasjonsytelse.
Tjenestespesifikasjoner
| Sammenligning av ikke-målrettede proteomikkteknikker | ||||
| Etikettfri | DIA | TMT | ||
| Merking | NO | NO | JA | |
| Dataskanningsmodus | DDA | DDA | DIA | DDA |
| Reproduserbarhet | Senke | Høy | Høy | |
| Følsomhet | Senke | Høy | Høy | |
| Multipleksing | NO | JA | NO | JA |
| Søknad | Sammenligning av proteintilstedeværelse/fravær | Storskala prøver | Analyse av ulike partier med prøver | Sammenligning av differensiell proteinuttrykk i samme art og vev |
| Nøyaktighet | ★ | ★★(4D/Astral DlA ★★★) | ★★ | |
| Antall deteksjoner | ★ | ★★(4D/Astral D|A★★★) | ★★ | |
Krav til prøveeksempler
Lurer du på om prøvene dine oppfyller kriteriene våre? Klikk her for å få vårenyeste prøvekrav.
Tjenestens arbeidsflyt
Prøvesamling
Proteinutvinning
Enzymatisk fordøyelse
Atskillelse
Datainnsamling
Dataanalyse
Datalevering
Kvalitativ proteomikk
1. Proteinløsning/gel: tabell over kvalitative resultater
2. Søkeresultater i databasen
2.1 Liste over peptidsegmenter som ble funnet i databasesøket
2.2 Liste over proteiner som ble funnet i databasesøket
2.3 Liste over modifikasjoner som ble funnet i databasesøket (fosforylering, ubiquitinering osv.)
3. Rådata
Kvantitativ proteomikk(Merkelappfri/DIA/TMT)
1. Forbehandling av data
1.1 Søk i proteindatabasen
2. Analyse av proteinuttrykk
2.1 Hovedkomponentanalyse (PCA)
2.2 Relativt standardavvik (RSD)
2,3 K-gjennomsnittlig trendfordeling
2.4 Evaluering av reproduserbarhet
2.5 Proteinuttrykksvarmekart
3. Funksjonell annotasjon
3.1 GO funksjonell annotasjon
3.2 KEGG funksjonell annotasjon
3.3 COG funksjonell annotasjon
3.4 GOslim funksjonell annotasjon
3.5 Annotasjon av Pfam-proteinstrukturdomene
4. Proteindifferensialanalyse (biologiske replikater ≥ 3)
4.1 Resultater av proteindifferensialanalyse
4.2 Fordeling av differensielle proteinfold-endringer (FC)
4.3 Statistisk analyse av differensiell proteinmengde
4.4 Differensialproteinvulkanplott
4.5 Differensiell proteinklyngingsvarmekart
4.6 Differensiell protein GO funksjonell annotasjon og berikelsesanalyse
4.7 Differensiell protein KEGG funksjonell annotasjon og berikelsesanalyse
4.8 Funksjonell annotasjon av differensialprotein-COG
4.9 Differensiell protein GOslim-annotasjon og berikelsesanalyse
4.10 Differensiell proteinstrukturdomeneannotasjon og berikelsesanalyse
5. Analyse av proteinnettverksinteraksjon
6. Annotasjon av proteinreaktomveien
7. Signalpeptidprediksjon
8. Subcellulær lokalisering av proteiner
Kvantitativ proteomikk(PRM)
1. Resultater av PRM-proteinkvantifisering
1.1 Oversikt over kvantifiseringsresultater
1.2 Fordeling av fragmentiontoppområder for peptidsegmenter
Kvantitativ proteomikk
1.Proteinekspresjonsanalyse
↑Hovedkomponentanalyse (PCA)↑Relativt standardavvik (RSD)
↑K-betyr trendfordeling ↑KorrelasjonAanalyse avPproteinEuttrykkLnivåer
↑ Proteinuttrykksvarmekart
2. Funksjonell annotasjon
↑GO Funksjonell annotasjon↑KEGG funksjonell annotasjon
↑ COG funksjonell annotasjon ↑ GOslim funksjonell annotasjon
↑ Annotasjon av Pfam-proteinstrukturdomene
3.Analyse av proteinnettverksinteraksjon
↑ Analyse av proteinnettverksinteraksjon
4.Signalpeptidprediksjon
↑ Signalpeptidprediksjon
5. Subcellulær lokalisering av proteiner
↑Subcellulær lokalisering av proteiner
| 2025 | Apoptotiske vesikler avledet fra mesenkymale stamceller lindrer overfølsomhetsresponser via indusering av CD8+ T-celleapoptose med kalsiumoverbelastning og mitokondriell dysfunksjon | Avansert vitenskap |
| 2024 | Integrerte multiomika viser forbedret antitumoreffekt av | Translasjonell onkologi |
| 2024 | Multi-omics-analyse avslører de distinkte trekkene ved metabolismeveier som støtter Fruktstørrelse og fargevariasjon av gigantisk gresskar | Int. J. Mol. Sci. |
| 2024 | Transkriptom- og metabolomprofilering gir ny innsikt i muskelatrofi ved inaktivitet i kylling: Den potensielle rollen til raske muskelfibre | Int. J. Mol. Sci. |
| 2023 | Multiomics-analyse avslører tetracyklins påvirkning på veksten av raigrasrot. | Tidsskrift for farlige materialer |
