Spesifikt-locus amplifisert fragmentsekvensering (SLAF-Seq)
Arbeidsflyt
Tjenesten har noe forhåndsdesign in silico for å garantere optimalt enzymvalg ved fremstilling av biblioteket.
Teknisk ordning
Tjenestefunksjoner
● Sekvensering på NovaSeq med PE150.
● Biblioteksforberedelse med dobbel strekkoding, som muliggjør samling av over 1000 prøver.
● Uavhengig av referansegenomet:
Med referansegenom: SNP- og InDel-oppdagelse
Uten referansegenom: prøveklynging og SNP-oppdagelse
● Iin-silicoFør designfasen screenes flere restriksjonsenzymkombinasjoner for å finne de som genererer en jevn fordeling av SLAF-tagger langs genomet.
● Under foreksperimentet testes tre enzymkombinasjoner i 3 prøver for å generere 9 SLAF-biblioteker, og denne informasjonen brukes til å velge den optimale restriksjonsenzymkombinasjonen for prosjektet.
Servicefordeler
●Høy genetisk markøroppdagelseVi integrerer et høykapasitets dobbelt strekkodesystem som muliggjør samtidig sekvensering av store populasjoner og lokusspesifikk amplifisering som forbedrer effektiviteten, noe som sikrer at taggnumrene oppfyller de ulike kravene i ulike forskningsspørsmål.
● Lav avhengighet av genometDen kan brukes på arter med eller uten et referansegenom.
●Fleksibelt ordningsdesignEnkeltenzym-, dobbeltenzym-, multienzymfordøyelse og ulike typer enzymer kan alle velges for å imøtekomme ulike forskningsmål eller arter.
● Høy effektivitet i enzymatisk fordøyelseGjennomføringen av enin-silicoForhåndsdesign og et foreksperiment sikrer optimal design med jevn fordeling av SLAF-tagger på kromosomet (1 SLAF-tagg/4 Kb) og redusert repeterende sekvens (<5 %).
●Omfattende ekspertiseVi bringer med oss en rik erfaring til hvert prosjekt, med en merittliste på å ha avsluttet over 5000 SLAF-Seq-prosjekter på hundrevis av arter, inkludert planter, pattedyr, fugler, insekter og vannlevende organismer.
● Selvutviklet bioinformatisk arbeidsflytVi utviklet en integrert bioinformatisk arbeidsflyt for SLAF-Seq for å sikre påliteligheten og nøyaktigheten til det endelige resultatet.
Tjenestespesifikasjoner
| Type analyse | Anbefalt populasjonsskala | Sekvenseringsstrategi | |
| Dybde av tagsekvensering | Taggnummer | ||
| Genetiske kart | 2 foreldre og >150 avkom | Foreldre: 20x WGS Avspark: 10x | Genomstørrelse: <400 Mb: WGS anbefales <1 GB: 100 000 tagger 1–2 Gb: 200 000 tagger >2 GB: 300 000 tagger Maks 500 000 tagger |
| Genomomfattende assosiasjonsstudier (GWAS) | ≥200 prøver | 10 ganger | |
| Genetisk evolusjon | ≥30 prøver, med >10 prøver fra hver undergruppe | 10 ganger | |
Krav til tjenesten
Konsentrasjon ≥ 5 ng/µL
Totalmengde ≥ 80 ng
Nanodråpe OD260/280=1,6–2,5
Agarosegel: ingen eller begrenset nedbrytning eller kontaminering
Anbefalt prøvelevering
Beholder: 2 ml sentrifugerør
(For de fleste prøvene anbefaler vi å ikke oppbevare dem i etanol)
Merking av prøver: Prøvene må være tydelig merket og identiske med det innsendte informasjonsskjemaet for prøver.
Forsendelse: Tørris: Prøver må først pakkes i poser og begraves i tørris.
Tjenestens arbeidsflyt
Prøvekvalitetskontroll
Piloteksperiment
SLAF-eksperimentet
Biblioteksforberedelse
Sekvensering
Dataanalyse
Ettersalgstjenester
Vår bioinformatiske analyse omfatter:
Datakvalitetskontroll og datatrimming for å fjerne N-rike avlesninger, adapteravlesninger eller avlesninger av lav kvalitet.
En andre kvalitetskontroll av de rene avlesningene for å sjekke basefordeling, sekvenskvalitet og en datavurdering, men også for å kontrollere fordøyelseseffektiviteten og de oppnådde innsatsene.
Når avlesningene er sjekket, er det to alternativer:
- Kartlegging til referansegenom
- Uten et referansegenom: klynging
Etter dette brukes analysen av SLAF-tagger til å utføre noen variantkall for å hjelpe med markøroppdagelsen: SNP, InDel, SNV, CV-kall og annotering.
Fordeling av SLAF-tagger på kromosomer:
Fordeling av SNP-er på kromosomer:
SNP-annotering
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X og Shi C (2023) QTL-kartlegging og transkriptomanalyse av sukkerinnhold under fruktmodning avPyrus pyrifolia.Foran. Plantevitenskap.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., og Sun, L. (2022). Identifisering av st1 avslører et utvalg som involverer haiking av frømorfologi og oljeinnhold under domestisering av soyabønner.Tidsskrift for plantebioteknologi, 20(6), 1110–1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.m.fl.Genomsekvens og genetisk mangfold hos vanlig karpe,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.m.fl.Genomet til dyrket peanøtt gir innsikt i belgfruktkaryotyper, polyploid evolusjon og domestisering av avlinger.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| År | Tidsskrift | IF | Tittel | Bruksområder |
| 2022 | Naturkommunikasjon | 17.694 | Genomisk grunnlag for giga-kromosomene og giga-genomet til trepeon Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Ny fytolog | 7,433 | Domestiseringsfotavtrykk forankrer genomiske regioner av agronomisk betydning i soyabønner | SLAF-GWAS |
| 2022 | Tidsskrift for avansert forskning | 12,822 | Genomomfattende kunstige introgresjoner av Gossypium barbadense i G. hirsutum avslører overlegne loki for samtidig forbedring av bomullsfiberkvalitet og -utbytte egenskaper | SLAF-Evolusjonær genetikk |
| 2019 | Molekylær plante | 10,81 | Populasjonsgenomisk analyse og De Novo-samling avslører Weedys opprinnelse Ris som et evolusjonært spill | SLAF-Evolusjonær genetikk |
| 2019 | Naturgenetikk | 31,616 | Genomsekvens og genetisk mangfold hos vanlig karpe, Cyprinus carpio | SLAF-koblingskart |
| 2014 | Naturgenetikk | 25.455 | Genomet til dyrket peanøtt gir innsikt i belgfruktkaryotyper, polyploid evolusjon og domestisering av avlinger. | SLAF-koblingskart |
| 2022 | Tidsskrift for plantebioteknologi | 9,803 | Identifisering av ST1 avslører et utvalg som involverer haiking av frømorfologi og oljeinnhold under soyabønnedyrking | SLAF-markørutvikling |
| 2022 | Internasjonalt tidsskrift for molekylære vitenskaper | 6.208 | Identifisering og DNA-markørutvikling for en hvete-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomisk kromosomsubstitusjon | SLAF-markørutvikling |
| År | Tidsskrift | IF | Tittel | Bruksområder |
| 2023 | Grenser innen plantevitenskap | 6,735 | QTL-kartlegging og transkriptomanalyse av sukkerinnhold under fruktmodning av Pyrus pyrifolia | Genetisk kart |
| 2022 | Tidsskrift for plantebioteknologi | 8.154 | Identifisering av ST1 avslører et utvalg som involverer haiking av frømorfologi og oljeinnhold under soyabønnedomestisering
| SNP-anrop |
| 2022 | Grenser innen plantevitenskap | 6,623 | Genomomfattende assosiasjonskartlegging av Hulless Barely-fenotyper i tørkemiljø.
| GWAS |
