-
Full-lengde mRNA-sekvensering-Nanopore
RNA-sekvensering har vært et uvurderlig verktøy for omfattende transkriptomanalyse.Utvilsomt oppnådde tradisjonell kortlest sekvensering en rekke viktige utviklinger her.Ikke desto mindre møter den ofte begrensninger i isoformidentifikasjoner i full lengde, kvantifisering, PCR-skjevhet.
Nanopore-sekvensering skiller seg fra andre sekvenseringsplattformer ved at nukleotidene leses direkte uten DNA-syntese og genererer lang avlesning ved titalls kilobaser.Dette gir direkte lesing som krysser full-lengde transkripsjoner og takler utfordringene i studier på isoformnivå.
Plattform:Nanopore PromethION
Bibliotek:cDNA-PCR
-
De novo Transkriptomsekvensering i full lengde -PacBio
De novofull-lengde transkriptomsekvensering, også kjent somDe novoIso-Seq tar fordelene med PacBio-sequencer i leselengde, som muliggjør sekvensering av cDNA-molekyler i full lengde uten pauser.Dette unngår fullstendig feil generert i transkripsjonsmonteringstrinn og konstruerer unigen sett med isoform-nivå oppløsning.Disse unigensettene gir kraftig genetisk informasjon som "referansegenom" på transkriptomnivå.I tillegg, i kombinasjon med neste generasjons sekvenseringsdata, gir denne tjenesten en nøyaktig kvantifisering av uttrykk på isoformnivå.
Plattform: PacBio Sequel IIBibliotek: SMRT klokkebibliotek -
Eukaryot mRNA-sekvensering-Illumina
mRNA-sekvensering muliggjør profilering av alle mRNA-er transkribert fra celler under spesifikke forhold.Det er en kraftig teknologi for å avsløre genekspresjonsprofil, genstrukturer og molekylære mekanismer for visse biologiske prosesser.Til dags dato har mRNA-sekvensering vært mye brukt i grunnleggende forskning, klinisk diagnostikk, medikamentutvikling, etc.
Plattform: Illumina NovaSeq 6000
-
Ikke-referansebasert mRNA-sekvensering-Illumina
mRNA-sekvensering tar i bruk neste generasjons sekvenseringsteknikk (NGS) for å fange opp messenger-RNA (mRNA) fra eukaryot i en bestemt periode som noen spesielle funksjoner aktiveres.Det lengste transkriptet som ble spleiset ble kalt 'Unigene' og ble brukt som referansesekvens for påfølgende analyse, som er et effektivt middel for å studere den molekylære mekanismen og det regulatoriske nettverket til arten uten referanse.
Etter transskriptomdatasamling og unigen funksjonell merknad
(1)SNP-analyse, SSR-analyse, CDS-prediksjon og genstruktur vil bli utført.
(2) Kvantifisering av unigen uttrykk i hver prøve vil bli utført.
(3) Differensielt uttrykte unigener mellom prøver (eller grupper) vil bli oppdaget basert på unigen uttrykk
(4) Clustering, funksjonell annotering og berikelsesanalyse av differensielt uttrykte unigener vil bli utført
-
Lang ikke-kodende sekvensering-Illumina
Lange ikke-kodende RNA-er (lncRNA-er) er en type RNA-molekyler med lengde over 200 nt, som karakteriseres av ekstremt lavt kodepotensial.LncRNA, som et nøkkelmedlem i ikke-kodende RNA-er, finnes hovedsakelig i kjerne og plasma.Utviklingen innen sekvenseringsteknologi og bioinformtikk muliggjør identifisering av en rekke nye lncRNA-er og assosierer de med biologiske funksjoner.Akkumulative bevis tyder på at lncRNA er mye involvert i epigenetisk regulering, transkripsjonsregulering og post-transkripsjonsregulering.
-
Liten RNA-sekvensering-Illumina
Lite RNA refererer til en klasse av ikke-kodende RNA-molekyler som vanligvis er mindre enn 200 nt i lengde, inkludert mikro-RNA (miRNA), lite interferens-RNA (siRNA) og piwi-interagerende RNA (piRNA).
MikroRNA (miRNA) er en klasse av endogene små RNA med en lengde på omtrent 20-24nt, som spiller en rekke viktige regulatoriske roller i celler.miRNA involvert i mange livsprosesser som avslører vev – spesifikt og stadium – spesifikt uttrykk og sterkt bevart i forskjellige arter.
-
circRNA-sekvensering-Illumina
Hele transkriptomsekvensering er designet for å profilere alle typer RNA-molekyler, inkludert kodende (mRNA) og ikke-kodende RNA (inkludert lncRNA, circRNA og miRNA) som transkriberes av spesifikke celler på et bestemt tidspunkt.Hele transkriptomsekvensering, også kjent som "total RNA-sekvensering" tar sikte på å avsløre omfattende regulatoriske nettverk på transkriptomnivå.Ved å utnytte NGS-teknologien er sekvenser av hele transkriptomprodukter tilgjengelige for ceRNA-analyse og felles RNA-analyse, som gir det første skrittet mot funksjonell karakterisering.Avslørende regulatorisk nettverk av circRNA-miRNA-mRNA-basert ceRNA.
-
Hel transkriptomsekvensering – Illumina
Hele transkriptomsekvensering er designet for å profilere alle typer RNA-molekyler, inkludert kodende (mRNA) og ikke-kodende RNA (inkludert lncRNA, circRNA og miRNA) som transkriberes av spesifikke celler på et bestemt tidspunkt.Hele transkriptomsekvensering, også kjent som "total RNA-sekvensering" tar sikte på å avsløre omfattende regulatoriske nettverk på transkriptomnivå.Ved å utnytte NGS-teknologien er sekvenser av hele transkriptomprodukter tilgjengelige for ceRNA-analyse og felles RNA-analyse, som gir det første skrittet mot funksjonell karakterisering.Avslørende regulatorisk nettverk av circRNA-miRNA-mRNA-basert ceRNA.
-
Prokaryotisk RNA-sekvensering
Prokaryot RNA-sekvensering bruker neste generasjons sekvensering (NGS) for å avsløre tilstedeværelsen og mengden av RNA i et gitt øyeblikk, ved å analysere det skiftende cellulære transkriptomet.Vårt firmas prokaryote RNA-sekvensering retter seg spesifikt mot prokaryoter med referansegenomer, og gir deg transkriptomprofilering, genstrukturanalyse, etc. Den har blitt mye brukt på grunnleggende vitenskapelig forskning, medikamentforskning og -utvikling og mer.
Plattform: Illumina NovaSeq 6000
-
Metatranskriptom-sekvensering
Metatranskriptomsekvensering identifiserer genuttrykk av mikrober (både eukaryoter og prokaryoter) i naturlige omgivelser (dvs. jord, vann, hav, avføring og tarm). Spesifikt lar disse tjenestene deg oppnå fullstendig genuttrykksprofilering av komplekse mikrobielle samfunn, taksonomisk analyse av arter, funksjonell berikelsesanalyse av ulikt uttrykte gener, med mer.
Plattform: Illumina NovaSeq 6000
