16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-PacBio |
ସେବା ସୁବିଧା
Ø16S / 18S / ITS ର ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ କ୍ରମକୁ ପ୍ରକାଶ କରୁଥିବା ଲମ୍ବା-ପଠନ |
ØPacBio CCS ମୋଡ୍ କ୍ରମ ସହିତ ଉଚ୍ଚ ସଠିକ୍ ବେସ୍ କଲିଂ |
ØOTU / ASV ଟିପ୍ପଣୀରେ ପ୍ରଜାତି-ସ୍ତରୀୟ ବିଭେଦନ |
Øଡାଟାବେସ୍, ଟିପ୍ପଣୀ, OTU / ASV ଦୃଷ୍ଟିରୁ ବିଭିନ୍ନ ବିଶ୍ଳେଷଣ ସହିତ ସର୍ବଶେଷ QIIME2 ପ୍ରବାହକୁ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରେ |
Øବିଭିନ୍ନ ମାଇକ୍ରୋବାୟାଲ୍ ସମ୍ପ୍ରଦାୟ ଅଧ୍ୟୟନ ପାଇଁ ପ୍ରଯୁଜ୍ୟ |
ØBMK 100,000 ରୁ ଅଧିକ ନମୁନା ସହିତ ବର୍ଷକୁ soil ମାଟି, ଜଳ, ଗ୍ୟାସ୍, କାଦୁଅ, ମଳ, ଅନ୍ତନଳୀ, ଚର୍ମ, ଫେମେଣ୍ଟେସନ ବ୍ରଥ, କୀଟପତଙ୍ଗ, ଉଦ୍ଭିଦ ଇତ୍ୟାଦି ସହିତ ବ୍ୟାପକ ଅଭିଜ୍ଞତାର ମାଲିକ |
ØBMKCloud 45 ବ୍ୟକ୍ତିଗତ ବିଶ୍ଳେଷଣ ଉପକରଣ ଧାରଣ କରିଥିବା ତଥ୍ୟ ବ୍ୟାଖ୍ୟାକୁ ସହଜ କରିଥାଏ |
ସେବା ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟକରଣ |
| କ୍ରମପ୍ଲାଟଫର୍ମ | | ଲାଇବ୍ରେରୀ | | ସୁପାରିଶ କରାଯାଇଥିବା ତଥ୍ୟ ଉତ୍ପାଦନ | | ଆନୁମାନିକ ଟର୍ନ-ଟର୍ନ ସମୟ | |
| PacBio Sequel II | | SMRT- ଘଣ୍ଟି | | 5K / 10K / 30K CCS | | 30 ଦିନ |
ବାୟୋନ୍ଫର୍ମାଟିକ୍ସ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରେ |
üକଞ୍ଚା ତଥ୍ୟ ଗୁଣବତ୍ତା ନିୟନ୍ତ୍ରଣ |
üOTU କ୍ଲଷ୍ଟରିଙ୍ଗ / ଡି-ଶବ୍ଦ (ASV)
üOTU ଟିପ୍ପଣୀ |
üଆଲଫା ବିବିଧତା |
üବିଟା ବିବିଧତା |
üଆନ୍ତ group- ଗୋଷ୍ଠୀ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
üପରୀକ୍ଷାମୂଳକ କାରଣଗୁଡିକ ବିରୁଦ୍ଧରେ ଆସୋସିଏସନ୍ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
üକାର୍ଯ୍ୟ ଜିନ୍ ଭବିଷ୍ୟବାଣୀ |
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା ଏବଂ ବିତରଣ |
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା:
ପାଇଁଡିଏନ୍ଏ ନିର୍ବାହ |:
| ନମୁନା ପ୍ରକାର | | ପରିମାଣ | ଏକାଗ୍ରତା | | ଶୁଦ୍ଧତା |
| ଡିଏନ୍ଏ ନିର୍ବାହ | | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng / μl | OD260 / 280 = 1.6-2.5 |
ପରିବେଶ ନମୁନା ପାଇଁ:
| ନମୁନା ପ୍ରକାର | | ସୁପାରିଶ କରାଯାଇଥିବା ନମୁନା ପ୍ରକ୍ରିୟା | |
| ମାଟି | ନମୁନା ପରିମାଣ: ପାଖାପାଖି |5 g;ଅବଶିଷ୍ଟ ଶୁଖିଲା ପଦାର୍ଥକୁ ଭୂପୃଷ୍ଠରୁ ବାହାର କରିବା ଆବଶ୍ୟକ;ବଡ଼ ଖଣ୍ଡଗୁଡ଼ିକୁ ଗ୍ରାଇଣ୍ଡ୍ କରନ୍ତୁ ଏବଂ 2 ମିମି ଫିଲ୍ଟର୍ ଦେଇ ଯାଆନ୍ତୁ;ସଂରକ୍ଷଣ ପାଇଁ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଇପି-ଟ୍ୟୁବ୍ କିମ୍ବା ସାଇରୋଟ୍ୟୁବରେ ଆଲିକଟ୍ ନମୁନା | |
| ମଳ | ନମୁନା ପରିମାଣ: ପାଖାପାଖି |5 g;ସଂରକ୍ଷଣ ପାଇଁ ନିର୍ଜଳ ଇପି-ଟ୍ୟୁବ୍ କିମ୍ବା କ୍ରାଇଟ୍ୟୁବରେ ନମୁନା ସଂଗ୍ରହ କରନ୍ତୁ | |
| ଅନ୍ତନଳୀ ବିଷୟବସ୍ତୁ | | ଆସେପ୍ଟିକ୍ ଅବସ୍ଥାରେ ନମୁନାଗୁଡିକ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରାଯିବା ଆବଶ୍ୟକ |ସଂଗୃହିତ ଟିସୁକୁ PBS ସହିତ ଧୋଇ ଦିଅ;ପିବିଏସ୍ କୁ ସେଣ୍ଟ୍ରିଫୁଗ୍ କରନ୍ତୁ ଏବଂ ଇପି-ଟ୍ୟୁବରେ ପୂର୍ବଜଳ ସଂଗ୍ରହ କରନ୍ତୁ | |
| କାଦୁଅ | | ନମୁନା ପରିମାଣ: ପାଖାପାଖି |5 g;ସଂରକ୍ଷଣ ପାଇଁ ଷ୍ଟେରାଇଲ୍ ଇପି-ଟ୍ୟୁବ୍ କିମ୍ବା କ୍ରାଇଟ୍ୟୁବରେ ସ୍ଲାଇଜ୍ ନମୁନା ସଂଗ୍ରହ କରନ୍ତୁ | |
| ଜଳବାୟୁ | ସୀମିତ ପରିମାଣର ମାଇକ୍ରୋବାୟାଲ୍ ସହିତ ନମୁନା ପାଇଁ, ଯେପରିକି ଟ୍ୟାପ୍ ୱାଟର୍, କୂଅ ପାଣି ଇତ୍ୟାଦି, ଅତି କମରେ 1 L ପାଣି ସଂଗ୍ରହ କରନ୍ତୁ ଏବଂ ମେମ୍ବ୍ରେନ୍ ଉପରେ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ସମୃଦ୍ଧ କରିବା ପାଇଁ 0.22 μm ଫିଲ୍ଟର ଦେଇ ଯାଆନ୍ତୁ |ମେମ୍ବ୍ରାନକୁ ଷ୍ଟେରାଇଲ୍ ଟ୍ୟୁବରେ ରଖନ୍ତୁ | |
| ଚର୍ମ | ଚର୍ମ ପୃଷ୍ଠକୁ ଯତ୍ନର ସହିତ ନିର୍ଜଳ ସୂତା ସ୍ ab ାବ୍ କିମ୍ବା ସର୍ଜିକାଲ୍ ବ୍ଲେଡ୍ ସହିତ ସ୍କ୍ରାପ୍ କରନ୍ତୁ ଏବଂ ଏହାକୁ ନିର୍ଜଳ ଟ୍ୟୁବରେ ରଖନ୍ତୁ | |
ସୁପାରିଶ କରାଯାଇଥିବା ନମୁନା ବିତରଣ |
ତରଳ ନାଇଟ୍ରୋଜେନରେ ନମୁନାକୁ 3-4 ଘଣ୍ଟା ପାଇଁ ଫ୍ରିଜ୍ କରନ୍ତୁ ଏବଂ ତରଳ ନାଇଟ୍ରୋଜେନ୍ କିମ୍ବା -80 ଡିଗ୍ରୀରେ ଦୀର୍ଘକାଳୀନ ସଂରକ୍ଷଣ ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ସଂରକ୍ଷଣ କରନ୍ତୁ |ଶୁଖିଲା ବରଫ ସହିତ ନମୁନା ପରିବହନ ଆବଶ୍ୟକ |
ସେବା କାର୍ଯ୍ୟ ପ୍ରବାହ |
ନମୁନା ବିତରଣ |
ଲାଇବ୍ରେରୀ ନିର୍ମାଣ
କ୍ରମ
ତଥ୍ୟ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ବିକ୍ରୟ ପରେ ସେବା |
1. V3 + V4 (Illumina) ଆଧାରିତ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ସମ୍ପ୍ରଦାୟର ପ୍ରୋଫାଇଲ୍ ବନାମ ଫୁଲ୍ ଲମ୍ବ (PacBio) ଆଧାରିତ ପ୍ରୋଫାଇଲ୍ ର ଟିପ୍ପଣୀ ହାର |
(ପରିସଂଖ୍ୟାନ ପାଇଁ 30 ଟି ଅନିୟମିତ ଭାବରେ ଉଠାଯାଇଥିବା ପ୍ରକଳ୍ପର ତଥ୍ୟ ପ୍ରୟୋଗ କରାଯାଇଥିଲା)
2. ବିଭିନ୍ନ ନମୁନା ପ୍ରକାରରେ ପ୍ରଜାତି ସ୍ତରରେ ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ ଆମ୍ପଲିକନ୍ କ୍ରମର ଟିପ୍ପଣୀ ହାର |
3. ପ୍ରଜାତି ବଣ୍ଟନ |
4. ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ଗଛ |
BMK କେସ୍ |
ଆର୍ସେନିକ୍ ଏକ୍ସପୋଜର ଅନ୍ତନଳୀରେ ବାଧା ନଷ୍ଟ କରିଥାଏ ଏବଂ ଫଳସ୍ୱରୂପ ଯକୃତ-ଯକୃତ ଅକ୍ଷାର ସକ୍ରିୟତା, ଡାକୁମାନଙ୍କରେ ଯକୃତର ପ୍ରଦାହ ଏବଂ ପିରୋପଟୋସିସ୍ ହୋଇଥାଏ |
ପ୍ରକାଶିତ:ସମୁଦାୟ ପରିବେଶର ବିଜ୍ଞାନ,2021
କ୍ରମ କ strategy ଶଳ:
ନମୁନା: ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ବନାମ 8 ମିଗ୍ରା / କେଜି ATO ଉନ୍ମୋଚିତ ଗୋଷ୍ଠୀ |
ତଥ୍ୟ ଉତ୍ପାଦନ କ୍ରମ: ସମୁଦାୟ 102,583 କ raw ୍ଚା CCS କ୍ରମ |
ନିୟନ୍ତ୍ରଣ: 54,518 ± 747 ପ୍ରଭାବଶାଳୀ CCS |
ATO- ପ୍ରକାଶିତ: 45,050 ± 1675 ପ୍ରଭାବଶାଳୀ CCS |
ମୁଖ୍ୟ ଫଳାଫଳଗୁଡିକ
ଆଲଫା ବିବିଧତା:ATO ଏକ୍ସପୋଜର ଅନ୍ତ the ସ୍ଥ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ ସମୃଦ୍ଧତା ଏବଂ ଡାକୁମାନଙ୍କର ବିବିଧତାକୁ ଯଥେଷ୍ଟ ପରିବର୍ତ୍ତନ କରିଥିଲା |
ମେଟାଷ୍ଟାଟସ୍ ବିଶ୍ଳେଷଣ:
ଫିଲମ୍ ସ୍ତରରେ: bacter ଟି ଜୀବାଣୁ ଫାଇଲା କେବଳ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ଗୋଷ୍ଠୀରେ ଚିହ୍ନଟ |
ବଂଶ ସ୍ତରରେ: relative ଟି ଜେନେରା ଆପେକ୍ଷିକ ପ୍ରଚୁର ପରିମାଣରେ ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ ଦେଖାଗଲା |
ପ୍ରଜାତି ସ୍ତରରେ: ସମୁଦାୟ 36 ଟି ପ୍ରଜାତି ଚିହ୍ନଟ କରାଯାଇଥିଲା, ସେଥିମଧ୍ୟରୁ 6 ଟି ପୁନର୍ବାର ପ୍ରଚୁର ପରିମାଣରେ ଭିନ୍ନ |
ସନ୍ଦର୍ଭ
ଥିଙ୍ଗହୋଲମ୍, LB, ଇତ୍ୟାଦି |ଟାଇପ୍-୨ ଡାଇବେଟିସ୍ ସହିତ ଏବଂ ମୋଟାପଣ ବିଶିଷ୍ଟ ବ୍ୟକ୍ତିମାନେ ବିଭିନ୍ନ ଗୁଟ୍ ମାଇକ୍ରୋବାୟଲ୍ କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମତା ଏବଂ ରଚନା ଦେଖାନ୍ତି |ସେଲ୍ ହୋଷ୍ଟ ଏବଂ ମାଇକ୍ରୋବ୍ |26.2 (2019) |
