ପୂର୍ଣ୍ଣ-ଲମ୍ବ mRNA କ୍ରମ-ନାନୋପୋର |
ସେବା ସୁବିଧା
Øନିମ୍ନ କ୍ରମର ପକ୍ଷପାତ |
Øପୂର୍ଣ୍ଣ-ଲମ୍ବ cDNA ମଲିକ୍ୟୁଲଗୁଡ଼ିକୁ ପ୍ରକାଶ କରିବା |
Øସମାନ ସଂଖ୍ୟକ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ କଭର୍ କରିବାକୁ କମ୍ ତଥ୍ୟ ଆବଶ୍ୟକ |
Øଜିନ୍ ପ୍ରତି ଏକାଧିକ ଆଇସୋଫର୍ମର ଚିହ୍ନଟ |
Øଆଇସୋଫର୍ମ ସ୍ତରରେ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ପରିମାଣ |
ସେବା ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟକରଣ |
| ଲାଇବ୍ରେରୀ | | ପ୍ଲାଟଫର୍ମ | | ସୁପାରିଶ କରାଯାଇଥିବା ତଥ୍ୟ ଉତ୍ପାଦନ (Gb) | ଗୁଣବତ୍ତା ନିୟନ୍ତ୍ରଣ |
| cDNA-PCR (ପଲି-ଏ ସମୃଦ୍ଧ) | Nanopore PromethION P48 | | 4 Gb / ନମୁନା (ପ୍ରଜାତି ଉପରେ ନିର୍ଭର କରି) | ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ ଅନୁପାତ ＞ 70% ହାରାହାରି ଗୁଣାତ୍ମକ ସ୍କୋର: Q10 |
|
ବାୟୋନ୍ଫର୍ମାଟିକ୍ସ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରେ |
ü କଞ୍ଚା ତଥ୍ୟ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ |
üଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପ୍ଟ ପରିଚୟ |
üବିକଳ୍ପ ବିଭାଜନ |
üଜିନ୍ ସ୍ତର ଏବଂ ଆଇସୋଫର୍ମ ସ୍ତରରେ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ପରିମାଣ |
üଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ବିଶ୍ଳେଷଣ |
üକାର୍ଯ୍ୟ ଟିପ୍ପଣୀ ଏବଂ ସମୃଦ୍ଧତା (DEGs ଏବଂ DETs)
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା ଏବଂ ବିତରଣ |
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା:
ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓଟାଇଡ୍:
| ଶୁଦ୍ଧତା | ଅଖଣ୍ଡତା | ପରିମାଣ |
| OD260 / 280≥1.8 ； OD260 / 230≥1.0 26 ଶିଖର ଶିଖର 260 nm ସୀମିତ କିମ୍ବା ଜେଲରେ ପ୍ରଦର୍ଶିତ ପ୍ରୋଟିନ୍ କିମ୍ବା DNA ପ୍ରଦୂଷଣ ନାହିଁ | | ଉଦ୍ଭିଦଗୁଡିକ ପାଇଁ: RIN≥7.5; ପଶୁମାନଙ୍କ ପାଇଁ: RIN≥8; 28S / 18S≥1.0; ସୀମିତ କିମ୍ବା କ bas ଣସି ବେସ୍ ଲାଇନ୍ ଉଚ୍ଚତା ନାହିଁ | | କନକ୍।≥40 ng / μl; ସମୁଦାୟ ≥ 1 μg | |
ଟିସୁ: ଓଜନ (ଶୁଖିଲା): ≥1 ଗ୍ରାମ |
* 5 ମିଗ୍ରା ରୁ କମ୍ ଟିସୁ ପାଇଁ, ଆମେ ଫ୍ଲାସ୍ ଫ୍ରିଜ୍ (ତରଳ ନାଇଟ୍ରୋଜେନରେ) ଟିସୁ ନମୁନା ପଠାଇବାକୁ ସୁପାରିଶ କରୁ |
ସେଲ୍ ନିଲମ୍ବନ: ସେଲ୍ ଗଣନା = 3 × 10 |6- 1 × 107
* ଆମେ ଫ୍ରିଜ୍ ହୋଇଥିବା ସେଲ୍ ଲାଇସେଟ୍ ପଠାଇବାକୁ ସୁପାରିଶ କରୁ |ଯଦି ସେହି ସେଲ୍ 5 × 10 ରୁ ଛୋଟ ଗଣନା କରେ |5, ତରଳ ନାଇଟ୍ରୋଜେନରେ ଫ୍ଲାସ୍ ଫ୍ରିଜ୍ ସୁପାରିଶ କରାଯାଏ, ଯାହା ମାଇକ୍ରୋ ନିଷ୍କାସନ ପାଇଁ ଅଧିକ ପସନ୍ଦ |
ରକ୍ତ ନମୁନା: ଭଲ୍ୟୁମ୍ 1 ମିଲି
ସୁପାରିଶ କରାଯାଇଥିବା ନମୁନା ବିତରଣ |
ପାତ୍ର: 2 ମିଲି ସେଣ୍ଟ୍ରିଫୁଗ୍ ଟ୍ୟୁବ୍ (ଟିଫିନ୍ ଫଏଲ୍ ସୁପାରିଶ କରାଯାଏ ନାହିଁ)
ନମୁନା ଲେବେଲିଂ: ଗୋଷ୍ଠୀ + ନକଲ ଯଥା A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
ପଠାଇବା: 1. ଶୁଖିଲା ବରଫ: ନମୁନାଗୁଡ଼ିକୁ ବ୍ୟାଗରେ ପ୍ୟାକ୍ କରି ଶୁଖିଲା ବରଫରେ ପୋତି ଦିଆଯିବା ଆବଶ୍ୟକ |
- RNA ସ୍ଥିର ଟ୍ୟୁବ୍: RNA ନମୁନାଗୁଡିକ RNA ସ୍ଥିରତା ଟ୍ୟୁବରେ ଶୁଖାଯାଇପାରିବ (ଯଥା RNAstable®) ଏବଂ କୋଠରୀ ତାପମାତ୍ରାରେ ପଠାଯାଇପାରିବ |
ସେବା କାର୍ଯ୍ୟ ପ୍ରବାହ |
ନମୁନା ବିତରଣ |
ଲାଇବ୍ରେରୀ ନିର୍ମାଣ
କ୍ରମ
ତଥ୍ୟ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ବିକ୍ରୟ ପରେ ସେବା |
ସେବା କାର୍ଯ୍ୟ ପ୍ରବାହ |
ପରୀକ୍ଷଣ ଡିଜାଇନ୍ |
ନମୁନା ବିତରଣ |
RNA ନିଷ୍କାସନ |
ଲାଇବ୍ରେରୀ ନିର୍ମାଣ
କ୍ରମ
ତଥ୍ୟ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ବିକ୍ରୟ ପରେ ସେବା |
1.ଭିନ୍ନକ୍ଷମ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ବିଶ୍ଳେଷଣ - ଭୋଲକାନୋ ପ୍ଲଟ୍ |
ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ ଭାବରେ ଚିହ୍ନିତ ଜିନ୍ (DEGs) ଏବଂ ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ ଭାବରେ ଚିହ୍ନିବା ପାଇଁ ଆଇସୋଫର୍ମ ସ୍ତରରେ ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ବିଶ୍ଳେଷଣ ଉଭୟ ଜିନ୍ ସ୍ତରରେ ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରାଯାଇପାରେ |
ପ୍ରକାଶିତ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ (DETs)
2.ହାଇରାର୍କିକାଲ୍ କ୍ଲଷ୍ଟରିଙ୍ଗ ହଟମ୍ୟାପ୍ |
3. ଆଲର୍ନେଟିଭ୍ ସ୍ପ୍ଲାଇସିଙ୍ଗ୍ ପରିଚୟ ଏବଂ ବର୍ଗୀକରଣ |
ଆଷ୍ଟାଲାଭିଷ୍ଟା ଦ୍ୱାରା ପାଞ୍ଚ ପ୍ରକାରର ବିକଳ୍ପ ବିଭାଜନ ଇଭେଣ୍ଟଗୁଡିକ ପୂର୍ବାନୁମାନ କରାଯାଇପାରେ |
4.ବିକଳ୍ପ ପଲି-ଆଡେନିଲେସନ୍ (ଏପିଏ) ଇଭେଣ୍ଟ ଚିହ୍ନଟ ଏବଂ ପଲି-ଏ ର 50 ବିପି ଅପଷ୍ଟ୍ରିମରେ ମୋଟିଫ୍ |
BMK କେସ୍ |
ନାନୋପୋର ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ କ୍ରମ ଦ୍ Altern ାରା ବିକଳ୍ପ ବିଭାଜନ ଚିହ୍ନଟ ଏବଂ ଆଇସୋଫର୍ମ ସ୍ତର ପରିମାଣ |
ପ୍ରକାଶିତ:ପ୍ରକୃତି ଯୋଗାଯୋଗ, 2020
କ୍ରମ କ strategy ଶଳ:
ଗୋଷ୍ଠୀକରଣ: 1. CLL-SF3B1 (WT);2. CLL-SF3B1 (K700E ପରିବର୍ତ୍ତନ);3. ସାଧାରଣ ବି-କକ୍ଷଗୁଡ଼ିକ |
ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ରଣନୀତି: MinION 2D ଲାଇବ୍ରେରୀ କ୍ରମ, PromethION 1D ଲାଇବ୍ରେରୀ କ୍ରମ;ସମାନ ନମୁନାରୁ ସ୍ୱଳ୍ପ-ପଠନ ତଥ୍ୟ |
ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପ୍ଲାଟଫର୍ମ: ନାନୋପୋର ମିନିଅନ୍;Nanopore PromethION;
ମୁଖ୍ୟ ଫଳାଫଳଗୁଡିକ
1. ଇସୋଫର୍ମ ସ୍ତରୀୟ ବିକଳ୍ପ ବିଭାଜନ ପରିଚୟ |
ଦୀର୍ଘ-ପ read ଼ାଯାଇଥିବା କ୍ରମଗୁଡ଼ିକ ମ୍ୟୁଟାଣ୍ଟ SF3B1 ର ଚିହ୍ନଟକୁ ସଶକ୍ତ କରେ |K700Eଆଇସୋଫର୍ମ ସ୍ତରରେ ପରିବର୍ତ୍ତନ ହୋଇଥିବା ସ୍ପ୍ଲାଇସ୍ ସାଇଟ୍ |35 ବିକଳ୍ପ 3′SS ଏବଂ 10 ବିକଳ୍ପ 5′SS ଗୁଡିକ SF3B1 ମଧ୍ୟରେ ଯଥେଷ୍ଟ ଭିନ୍ନ ଭାବରେ ବିଭାଜିତ ହୋଇଥିବା ଜଣାପଡିଛି |K700Eଏବଂ SF3B1 |WT।35 ଟି ପରିବର୍ତ୍ତନ ମଧ୍ୟରୁ 33 ଟି ଦୀର୍ଘ-ପଠନ କ୍ରମ ଦ୍ୱାରା ନୂତନ ଭାବରେ ଆବିଷ୍କୃତ ହୋଇଥିଲା |
2. ଇସୋଫର୍ମ ସ୍ତରର ବିକଳ୍ପ ବିଭାଜନ ପରିମାଣ |
SF3B1 ରେ ଇଣ୍ଟ୍ରନ୍ ଧାରଣ (IR) ଆଇସୋଫର୍ମର ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି |K700Eଏବଂ SF3B1 |WTନାନୋପୋର କ୍ରମ ଉପରେ ଆଧାର କରି ପରିମାଣ କରାଯାଇଥିଲା, SF3B1 ରେ IR ଆଇସୋଫର୍ମର ଏକ ବିଶ୍ୱସ୍ତରୀୟ ଡାଉନ୍-ରେଗୁଲେସନ୍ ପ୍ରକାଶ କଲା |K700E.
ସନ୍ଦର୍ଭ
ଟାଙ୍ଗ୍ ଏଡି, ସୋଲେଟ୍ ସିଏମ୍, ବାରେନ୍ ଏମଜେଭି, ଇତ୍ୟାଦି |କ୍ରନିକ୍ ଲିମ୍ଫୋସାଇଟିକ୍ ଲ୍ୟୁକେମିଆରେ SF3B1 ମ୍ୟୁଟେସନ୍ ର ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟର ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଚରିତ୍ରକରଣ ରଖାଯାଇଥିବା ଇଣ୍ଟ୍ରନ୍ଗୁଡ଼ିକର ନିୟନ୍ତ୍ରଣକୁ ପ୍ରକାଶ କରେ |ପ୍ରକୃତି ଯୋଗାଯୋଗ |
