ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମିକ୍ସ |
ପ୍ରକୃତି
ଯୋଗାଯୋଗ |
କ୍ରନିକ୍ ଲିମ୍ଫୋସାଇଟିକ୍ ଲ୍ୟୁକେମିଆରେ SF3B1 ମ୍ୟୁଟେସନ୍ ର ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟର ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଚରିତ୍ରକରଣ ରଖାଯାଇଥିବା ଇଣ୍ଟ୍ରୋନ୍ର ନିୟନ୍ତ୍ରଣକୁ ପ୍ରକାଶ କରେ |
ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ |ନାନୋପୋର କ୍ରମ |ବିକଳ୍ପ ଆଇସୋଫର୍ମ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ପୃଷ୍ଠଭୂମି
Sସ୍ପ୍ଲିସିଙ୍ଗ୍ ଫ୍ୟାକ୍ଟର୍ SF3B1 ରେ ଓମାଟିକ୍ ମ୍ୟୁଟେସନ୍ କ୍ରୋନିକ୍ ଲିମ୍ଫୋସାଇଟିକ୍ ଲ୍ୟୁକେମିଆ (CLL), ଉଭାଲ୍ ମେଲାନୋମା, ସ୍ତନ କର୍କଟ ଇତ୍ୟାଦି ସହିତ ବିଭିନ୍ନ କର୍କଟ ସହିତ ଜଡିତ ହେବା ପାଇଁ ବ୍ୟାପକ ଭାବରେ ରିପୋର୍ଟ କରାଯାଇଛି |ଅବଶ୍ୟ, ଏହି ବିକଳ୍ପ ବିଭାଜନ s ାଞ୍ଚାଗୁଡ଼ିକ ଉପରେ ଅଧ୍ୟୟନଗୁଡ଼ିକ ଇଭେଣ୍ଟ-ସ୍ତରରେ ସୀମିତ ରହିଆସିଛି ଏବଂ ସ୍ୱଳ୍ପ-ପଠନ ଏକତ୍ରିତ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ଗୁଡ଼ିକର ସୀମିତତା ହେତୁ ଆଇସୋଫର୍ମ ସ୍ତରରେ ଜ୍ଞାନର ଅଭାବ |ଏଠାରେ, ନାନୋପୋର ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପ୍ଲାଟଫର୍ମ ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟର ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ସୃଷ୍ଟି କରିବାକୁ ପରିଚିତ ହୋଇଥିଲା, ଯାହା AS ଆଇସୋଫର୍ମରେ ଇନଭର୍ଷ୍ଟେସନକୁ ସଶକ୍ତ କରିଥିଲା |
ପରୀକ୍ଷାମୂଳକ ଡିଜାଇନ୍ |
ପରୀକ୍ଷଣ |
ଗୋଷ୍ଠୀକରଣ:1. CLL-SF3B1 (WT) 2. CLL-SF3B1 (K700E ପରିବର୍ତ୍ତନ);3. ସାଧାରଣ ବି-କକ୍ଷଗୁଡ଼ିକ |
କ୍ରମ କ strategy ଶଳ:MinION 2D ଲାଇବ୍ରେରୀ କ୍ରମ, PromethION 1D ଲାଇବ୍ରେରୀ କ୍ରମ;ସମାନ ନମୁନାରୁ ସ୍ୱଳ୍ପ-ପଠନ ତଥ୍ୟ |
ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପ୍ଲାଟଫର୍ମ:ONT MinION;ONT PromethION;
ବାୟୋନ୍ଫର୍ମାଟିକ୍ ଆନାଲିସିସ୍ |
ଫଳାଫଳ
କ6 ଟି CLL ନମୁନା ଏବଂ 3 ବି-କୋଷରୁ ସମୁଦାୟ 257 ନିୟୁତ ପଠନ ସୃଷ୍ଟି କରାଯାଇଥିଲା |ହାରାହାରି 30.5% ଏହି ପଠନଗୁଡିକ ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟର ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଭାବରେ ଚିହ୍ନଟ ହେଲା |
Fଉଚ୍ଚ-ଆତ୍ମବିଶ୍ୱାସର ଆଇସୋଫର୍ମର ଏକ ସେଟ୍ ସୃଷ୍ଟି କରିବାକୁ RNA (FLAIR) ର ull-length ବିକଳ୍ପ ଆଇସୋଫର୍ମ ବିଶ୍ଳେଷଣକୁ ବିକଶିତ କରାଯାଇଥିଲା |FLAIR କୁ ସଂକ୍ଷିପ୍ତ କରାଯାଇପାରେ:
Nଆନାପୋର ଆଲାଇନ୍ମେଣ୍ଟ ପ read ଼େ: ରେଫରେନ୍ସ ଜିନୋମ ଉପରେ ଆଧାର କରି ସାଧାରଣ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପ୍ଟ ଗଠନ ଚିହ୍ନଟ କର |
Sପ୍ଲାଇସ୍ ଜଙ୍କସନ ସଂଶୋଧନ: ସଠିକ୍ କ୍ରମାନ୍ୱୟରେ ତ୍ରୁଟି (ନାଲି) ସ୍ପ୍ଲାଇସ୍ ସାଇଟ୍ ସହିତ ଟିପ୍ପଣୀ ଇଣ୍ଟ୍ରୋନ୍ସ, ସ୍ୱଳ୍ପ ପ read ଼ା ତଥ୍ୟରୁ ଇଣ୍ଟ୍ରନ୍ କିମ୍ବା ଉଭୟ;
Collapse: ସ୍ପ୍ଲାଇସ୍ ଜଙ୍କସନ୍ ଶୃଙ୍ଖଳା (ପ୍ରଥମ ପାସ୍ ସେଟ୍) ଉପରେ ଆଧାର କରି ପ୍ରତିନିଧୀ ଆଇସୋଫର୍ମଗୁଡ଼ିକୁ ସଂକ୍ଷିପ୍ତ କର |ସଂଖ୍ୟା କିମ୍ବା ପ୍ରତୀକ ସହିତ ଅକ୍ଷର ମଧ୍ଯ ବ୍ୟବହାର କରି।
ଚିତ୍ର 1. CLL ରେ SF3B1 ମ୍ୟୁଟେସନ୍ ସହିତ ଜଡିତ ପୂର୍ଣ୍ଣ-ଲେନ୍ଥ ଆଇସୋଫର୍ମଗୁଡ଼ିକୁ ଚିହ୍ନିବା ପାଇଁ FLAIR ବିଶ୍ଳେଷଣ |
FLAIR ଚିହ୍ନିତ 326,699 ଉଚ୍ଚ-ଆତ୍ମବିଶ୍ୱାସ ବିଭାଜିତ ଆଇସୋଫର୍ମ, ଯାହାର 90% ଉପନ୍ୟାସ ଆଇସୋଫର୍ମ ଅଟେ |ଏହି ଅଜ୍ଞାତ ଆଇସୋଫର୍ମଗୁଡିକ ମଧ୍ୟରୁ ଅଧିକାଂଶ ଜଣାଶୁଣା ସ୍ପ୍ଲାଇସ୍ ଜଣ୍ଟିନ୍ସ (142,971) ର ଉପନ୍ୟାସ ମିଶ୍ରଣ ହୋଇଥିବାବେଳେ ବାକି ଉପନ୍ୟାସ ଆଇସୋଫର୍ମଗୁଡ଼ିକରେ ରଖାଯାଇଥିବା ଇଣ୍ଟ୍ରନ୍ (21,700) କିମ୍ବା ଉପନ୍ୟାସ ଏକ୍ସନ୍ (3594) ରହିଥିଲା |
Long-read କ୍ରମଗୁଡିକ ଆଇସୋଫର୍ମ ସ୍ତରରେ ମ୍ୟୁଟାଣ୍ଟ SF3B1-K700E- ପରିବର୍ତ୍ତିତ ସ୍ପ୍ଲାଇସ୍ ସାଇଟଗୁଡିକର ଚିହ୍ନଟକୁ ସଶକ୍ତ କରିଥାଏ |35 ବିକଳ୍ପ 3'SS ଏବଂ 10 ବିକଳ୍ପ 5'SS ଗୁଡିକ SF3B1-K700E ଏବଂ SF3B1-WT ମଧ୍ୟରେ ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ ଭାବରେ ବିଭାଜିତ ହୋଇଥିବା ଜଣାପଡିଛି |35 ଟି ପରିବର୍ତ୍ତନ ମଧ୍ୟରୁ 33 ଟି ଦୀର୍ଘ-ପଠନ କ୍ରମ ଦ୍ୱାରା ନୂତନ ଭାବରେ ଆବିଷ୍କୃତ ହୋଇଥିଲା |ନାନୋପୋର ତଥ୍ୟରେ, SF3B1-K700E- ପରିବର୍ତ୍ତିତ 3'SS ମଧ୍ୟରେ କାନୋନିକାଲ୍ ସାଇଟ୍ ଶିଖର ମଧ୍ୟରେ ଦୂରତା ବଣ୍ଟନ ହେଉଛି -20 ବିପି, ଯାହା ଏକ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ବଣ୍ଟନଠାରୁ ଯଥେଷ୍ଟ ଭିନ୍ନ, CLL ସର୍ଟ-ରିଡ୍ କ୍ରମରେ ରିପୋର୍ଟ ହୋଇଥିବା ପରି |ERGIC3 ଜିନ୍ ର ଆଇସୋଫର୍ମଗୁଡିକ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରାଯାଇଥିଲା, ଯେଉଁଠାରେ ପ୍ରକ୍ସିମାଲ୍ ସ୍ପ୍ଲାଇସ୍ ସାଇଟ୍ ଧାରଣ କରିଥିବା ଏକ ଉପନ୍ୟାସ ଆଇସୋଫର୍ମ SF3B1-K700E ରେ ଅଧିକ ମାତ୍ରାରେ ମିଳିଥିଲା |ଉଭୟ ପ୍ରକ୍ସିମାଲ୍ ଏବଂ ଡିଷ୍ଟାଲ୍ 3'SS ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ AS s ାଞ୍ଚା ସହିତ ଜଡିତ ଥିଲା ଯାହା ଏକାଧିକ ଆଇସୋଫର୍ମ ସୃଷ୍ଟି କରେ |
ଚିତ୍ର 2. ନାନୋପୋର କ୍ରମିକ ତଥ୍ୟ ସହିତ ଚିହ୍ନିତ ବିକଳ୍ପ 3 ′ ବିଭାଜନ s ାଞ୍ଚା |
ଆଇଆର ଚିହ୍ନଟ ଏବଂ ପରିମାଣ ଉପରେ ଆତ୍ମବିଶ୍ୱାସ ହେତୁ ସ୍ୱଳ୍ପ ପଠନ ଭିତ୍ତିକ ବିଶ୍ଳେଷଣରେ ଆଇଆର ଇଭେଣ୍ଟ ବ୍ୟବହାର ବିଶ୍ଳେଷଣ ଦୀର୍ଘ ସମୟ ମଧ୍ୟରେ ସୀମିତ ରହିଆସିଛି |SF3B1-K700E ଏବଂ SF3B1-WT ରେ IR isoforms ର ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ନାନୋପୋର କ୍ରମ ଉପରେ ଆଧାର କରି ପରିମାଣ କରାଯାଇଥିଲା, SF3B1-K700E ରେ IR ଆଇସୋଫର୍ମର ଏକ ବିଶ୍ୱସ୍ତରୀୟ ନିୟନ୍ତ୍ରଣକୁ ପ୍ରକାଶ କଲା |
ଚିତ୍ର 4. ତିନୋଟି କୃଷି ପ୍ରଣାଳୀରେ କୃଷିର ତୀବ୍ରତା ଏବଂ ନେଟୱର୍କ ସଂଯୋଗ (A ଏବଂ B);ଅନିୟମିତ ଜଙ୍ଗଲ ବିଶ୍ଳେଷଣ (C) ଏବଂ କୃଷି ତୀବ୍ରତା ଏବଂ AMF ଉପନିବେଶ (D) ମଧ୍ୟରେ ସମ୍ପର୍କ |
ଚିତ୍ର 3. CLL SF3B1-K700E ରେ ଇଣ୍ଟ୍ରନ୍ ଭଡା ଇଭେଣ୍ଟଗୁଡିକ ଅଧିକ ଦୃ strongly ଭାବରେ ନିୟନ୍ତ୍ରିତ |
ଟେକ୍ନୋଲୋଜି |
ନାନୋପୋର ଲଙ୍ଗ-ପ read ଼ା କ୍ରମ |
Nଆନାପୋର ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ ହେଉଛି ଏକ ଅଣୁ, ରିଅଲ-ଟାଇମ ଇଲେକ୍ଟ୍ରିକାଲ ସିଗନାଲ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ଟେକ୍ନୋଲୋଜି |
Dଓବଲ୍-ଷ୍ଟ୍ରାଣ୍ଡେଡ୍ DNA କିମ୍ବା RNA ବାୟୋଫିଲ୍ମରେ ସନ୍ନିବେଶିତ ନାନୋପୋରସ୍ ପ୍ରୋଟିନ୍ ସହିତ ବାନ୍ଧିବ ଏବଂ ମୋଟର ପ୍ରୋଟିନ୍ ଅଧୀନରେ ଅଗ୍ରସର ହେବ |
DNA / RNA ଷ୍ଟ୍ରାଣ୍ଡଗୁଡିକ ଭୋଲଟେଜ୍ ପାର୍ଥକ୍ୟର କ୍ରିୟା ଅନୁଯାୟୀ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ହାରରେ ନାନୋପୋର ଚ୍ୟାନେଲ ପ୍ରୋଟିନ୍ ଦେଇ ଗତି କରେ |
Mରାସାୟନିକ ଗଠନ ଅନୁଯାୟୀ ଅଣୁଗୁଡ଼ିକ ବିଭିନ୍ନ ବ electrical ଦୁତିକ ସଙ୍କେତ ସୃଷ୍ଟି କରନ୍ତି |
Rବେସ୍ କଲିଂ ଦ୍ୱାରା କ୍ରମର eal-time ଚିହ୍ନଟ ହାସଲ ହୁଏ |
ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ କ୍ରମର କାର୍ଯ୍ୟଦକ୍ଷତା |
√ ଡାଟା ସାଚୁଚରେସନ୍ |
ତୁଳନାତ୍ମକ ତଥ୍ୟ ସାଚୁଚରେସନ୍ ପାଇଁ 7 ଗୁଣା କମ୍ ପଠନ ଆବଶ୍ୟକ |
√ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପ୍ଟ ସଂରଚନା ପରିଚୟ |
ପ୍ରତ୍ୟେକ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପ୍ଟର ସହମତି ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ ପଠନ ସହିତ ବିଭିନ୍ନ ଗଠନମୂଳକ ପ୍ରକାରର ଚିହ୍ନଟ |
√ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପ୍ଟ-ସ୍ତରୀୟ ଡିଫେରିଏଲ୍ ଆନାଲିସିସ୍ - ସର୍ଟ-ରିଡ୍ ଦ୍ୱାରା ପରିବର୍ତ୍ତନ ପରିବର୍ତ୍ତନ ହୁଏ |
ସନ୍ଦର୍ଭ
ଟାଙ୍ଗ୍ ଏଡି, ସୋଲେଟ୍ ସିଏମ୍, ବାରେନ୍ ଏମଜେଭି, ଇତ୍ୟାଦି |କ୍ରନିକ୍ ଲିମ୍ଫୋସାଇଟିକ୍ ଲ୍ୟୁକେମିଆରେ SF3B1 ମ୍ୟୁଟେସନ୍ ର ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟର ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଚରିତ୍ରକରଣ ରଖାଯାଇଥିବା ଇଣ୍ଟ୍ରନ୍ଗୁଡ଼ିକର ନିୟନ୍ତ୍ରଣକୁ ପ୍ରକାଶ କରେ |ପ୍ରକୃତି ଯୋଗାଯୋଗ |
ଟେକ୍ ଏବଂ ହାଇଲାଇଟ୍ | ବିଭିନ୍ନ ରିଜାଚ୍ ମ ena ଦାନରେ ବିଭିନ୍ନ ହାଇ-ଥ୍ରୋପଟ୍ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ ଟେକ୍ନୋଲୋଜିର ସଦ୍ୟତମ ସଫଳ ପ୍ରୟୋଗ ବାଣ୍ଟିବା ଏବଂ ପରୀକ୍ଷାମୂଳକ ଡିଜାଇନ୍ ଏବଂ ଡାଟା ଖଣିରେ ଉଜ୍ଜ୍ୱଳ ଧାରଣା ବାଣ୍ଟିବାକୁ ଲକ୍ଷ୍ୟ ରଖିଛି |
ପୋଷ୍ଟ ସମୟ: ଜାନ -08-2022 |