ଉଦ୍ଭିଦ / ପଶୁ ଡି ନୋଭୋ ଜେନୋମ କ୍ରମ |
ସେବା ସୁବିଧା
ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପ୍ଲାଟଫର୍ମ ଏବଂ ବାୟୋ ଇନଫର୍ମାଟିକ୍ସର ବିକାଶ |ଡି ନୋଭୋ |ଜେନୋମ ସଭା |
(Amarasinghe SL et al।,ଜେନୋମ ବାୟୋଲୋଜି |, 2020)
Øଉପନ୍ୟାସ ଜେନୋମ ଗଠନ ଏବଂ ଆଗ୍ରହର ପ୍ରଜାତି ପାଇଁ ବିଦ୍ୟମାନ ରେଫରେନ୍ସ ଜିନୋମକୁ ଉନ୍ନତ କରିବା |
Øସଭାରେ ଉଚ୍ଚ ସଠିକତା, ନିରନ୍ତରତା ଏବଂ ସଂପୂର୍ଣ୍ଣତା |
Øକ୍ରମାଗତ ପଲିମର୍ଫିଜିମ୍, QTL, ଜିନ୍ ଏଡିଟିଂ, ପ୍ରଜନନ ଇତ୍ୟାଦିରେ ଅନୁସନ୍ଧାନ ପାଇଁ ମ fundamental ଳିକ ଉତ୍ସ ଗଠନ |
Øତୃତୀୟ ପି generation ଼ିର କ୍ରମିକ ପ୍ଲାଟଫର୍ମଗୁଡ଼ିକର ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ସ୍ପେକ୍ଟ୍ରମ୍ ଦ୍ୱାରା ସଜ୍ଜିତ: ଏକ-ଷ୍ଟପ୍ ଜେନୋମ ସଭା ସମାଧାନ |
Øବିଭିନ୍ନ ବ features ଶିଷ୍ଟ୍ୟ ସହିତ ବିବିଧ ଜିନୋମ ପୂରଣ କରୁଥିବା ନମନୀୟ କ୍ରମ ଏବଂ ଏକତ୍ରିକରଣ ରଣନୀତି |
Øପଲିପ୍ଲଏଡ୍, ବିଶାଳ ଜେନୋମ ଇତ୍ୟାଦି ସହିତ ଜଟିଳ ଜିନୋମ ଆସେମ୍ବଲିରେ ମହାନ ଅଭିଜ୍ଞତା ସହିତ ଉଚ୍ଚ କୁଶଳୀ ବାୟୋ ଇନଫର୍ମାଟିସିଆନ୍ ଦଳ |
Ø900 ରୁ ଅଧିକ ସଂଗୃହିତ ପ୍ରକାଶିତ ପ୍ରଭାବ ଫ୍ୟାକ୍ଟର୍ ସହିତ 100 ରୁ ଅଧିକ ସଫଳ ମାମଲା |
Øକ୍ରୋମୋଜୋମ ସ୍ତରର ଜିନୋମ ଆସେମ୍ବଲି ପାଇଁ 3 ମାସ ପରି ଶୀଘ୍ର ଟର୍ନ-ଟାଇମ୍ |
Øଉଭୟ ପରୀକ୍ଷାମୂଳକ ପାର୍ଶ୍ୱରେ ଏବଂ ବାୟୋ ଇନଫର୍ମାଟିକ୍ସରେ ପେଟେଣ୍ଟ ଏବଂ ସଫ୍ଟୱେର୍ କପିରାଇଟ୍ ସହିତ ଏକ କଠିନ ବ technical ଷୟିକ ସହାୟତା |
ସେବା ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟକରଣ |
| କ୍ରମ ଧାରା | | ଲାଇବ୍ରେରୀ | | ସୁପାରିଶ କରାଯାଇଥିବା ଗଭୀରତା | | ଆନୁମାନିକ ଟର୍ନ-ଟର୍ନ ସମୟ | | ବିଧାନସଭା |
| PacBio HiFi | | 15 ରୁ 30 kb | ସରଳ ଜିନୋମ ≥ 30 X | ଜଟିଳ ଜେନୋମ ≥ 60 X | ସମାବେଶ ଏବଂ ଜିନୋମ ଟିପ୍ପଣୀ ପାଇଁ 3 -6 ମାସ (ପ୍ରଜାତି ଉପରେ ନିର୍ଭର କରି) | Contig N50 ≥ 2 Mb (ପ୍ରଜାତି ଉପରେ ନିର୍ଭର କରି) |
| PacBio CLR | | 20 kb, 30 kb | ସରଳ ଜିନୋମ ≥ 100 X | ଜଟିଳ ଜିନୋମ ≥ 150 X | | ||
| ନାନୋପୋର | | 20-50 kb |
ବାୟୋନ୍ଫର୍ମାଟିକ୍ସ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରେ |
üଜିନୋମ ପୁନ qu ସଂରକ୍ଷଣ |
üବେସ୍ କଲିଂ |
üଗୁଣବତ୍ତା ନିୟନ୍ତ୍ରଣ ଏବଂ ତ୍ରୁଟି ସଂଶୋଧନ |
üଡି ନୋଭୋ ଆସେମ୍ବଲି |
üବିଧାନସଭା ପରିଶୋଧନ |
üଜିନ୍ ଭବିଷ୍ୟବାଣୀ |
üଜେନୋମ ଟିପ୍ପଣୀ |
üଡାଉନ୍ଷ୍ଟ୍ରିମ୍ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା ଏବଂ ବିତରଣ |
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା:
| ପ୍ରଜାତିଗୁଡିକ | | ଟିସୁ | | PacBio ପାଇଁ | | ନାନୋପୋର ପାଇଁ | |
| ପଶୁମାନେ | ଭିସେରାଲ୍ ଅଙ୍ଗ (ଯକୃତ, କଫ, ଇତ୍ୟାଦି) | ≥ 1.0 g | ≥ 3.5 ଗ୍ରାମ |
| ମାଂସପେଶୀ | ≥ 1.5 ଗ୍ରାମ | ≥ 5.0 ଗ୍ରାମ | |
| ସ୍ତନ୍ୟପାୟୀ ପ୍ରାଣୀମାନଙ୍କର ରକ୍ତ | | ≥ 1.5 ମି | ≥ 5.0 mL | |
| ମାଛ କିମ୍ବା ପକ୍ଷୀମାନଙ୍କର ରକ୍ତ | | ≥ 0.2 mL | ≥ 0.5 ମି.ଲି. | |
| ଉଦ୍ଭିଦ | | ସତେଜ ପତ୍ର | | ≥ 1.5 ଗ୍ରାମ | ≥ 5.0 ଗ୍ରାମ |
| ପେଟପତ୍ର ବା ଷ୍ଟେମ୍ | | ≥ 3.5 ଗ୍ରାମ | .0 10.0 g | |
| ମୂଳ କିମ୍ବା ମଞ୍ଜି | | ≥ 7.0 ଗ୍ରାମ | .0 20.0 g | |
| କକ୍ଷଗୁଡ଼ିକ | କୋଷ ସଂସ୍କୃତି | | ≥ 3 × 107 | ≥ 1 × 108 |
ସୁପାରିଶ କରାଯାଇଥିବା ନମୁନା ବିତରଣ |
ପାତ୍ର: 2 ମିଲି ସେଣ୍ଟ୍ରିଫୁଗ୍ ଟ୍ୟୁବ୍ (ଟିଫିନ୍ ଫଏଲ୍ ସୁପାରିଶ କରାଯାଏ ନାହିଁ)
ଅଧିକାଂଶ ନମୁନା ପାଇଁ, ଆମେ ଇଥାନଲରେ ସଂରକ୍ଷଣ ନକରିବାକୁ ସୁପାରିଶ କରୁ |
ନମୁନା ଲେବେଲିଂ: ନମୁନାଗୁଡିକ ସୂକ୍ଷ୍ମ ଭାବରେ ଲେବଲ୍ ହେବା ଆବଶ୍ୟକ ଏବଂ ଦାଖଲ ହୋଇଥିବା ନମୁନା ସୂଚନା ଫର୍ମ ପାଇଁ ସମାନ |
ପଠାଇବା: ଶୁଖିଲା ବରଫ: ନମୁନାଗୁଡ଼ିକୁ ପ୍ରଥମେ ବ୍ୟାଗରେ ପ୍ୟାକ୍ କରି ଶୁଖିଲା ବରଫରେ ପୋତି ଦିଆଯିବା ଆବଶ୍ୟକ |
ସେବା କାର୍ଯ୍ୟ ପ୍ରବାହ |
ପରୀକ୍ଷଣ ଡିଜାଇନ୍ |
ନମୁନା ବିତରଣ |
DNA ନିଷ୍କାସନ |
ଲାଇବ୍ରେରୀ ନିର୍ମାଣ
କ୍ରମ
ତଥ୍ୟ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ବିକ୍ରୟ ପରେ ସେବା |
* ଏଠାରେ ପ୍ରଦର୍ଶିତ ଡେମୋ ଫଳାଫଳଗୁଡିକ ବାୟୋମାର୍କର ଟେକ୍ନୋଲୋଜି ସହିତ ପ୍ରକାଶିତ ଜେନୋମରୁ |
1. କ୍ରୋମୋଜୋମ୍ ସ୍ତରୀୟ ଜିନୋମ୍ ଆସେମ୍ବଲିରେ ସିର୍କୋସ୍ |G. rotundifoliumନାନୋପୋର ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପ୍ଲାଟଫର୍ମ ଦ୍ୱାରା |
ୱାଙ୍ଗ୍ ଏମ୍ ଏବଂ।,ମଲିକୁଲାର ବାୟୋଲୋଜି ଏବଂ ବିବର୍ତ୍ତନ |, 2021
2. ୱାଇନ୍ ରାଇ ଜେନୋମ୍ ଆସେମ୍ବଲି ଏବଂ ଟିପ୍ପଣୀର ପରିସଂଖ୍ୟାନ |
Li G et al।,ପ୍ରକୃତି ଜେନେଟିକ୍ସ |, 2021
3. ଜେନେ ଭବିଷ୍ୟବାଣୀସେଚିୟମ୍ ଏଡୁଲ୍ |ଜିନୋମ, ତିନୋଟି ଭବିଷ୍ୟବାଣୀ ପ୍ରଣାଳୀରୁ ଉତ୍ପନ୍ନ:ଡି ନୋଭୋ |ଭବିଷ୍ୟବାଣୀ, ହୋମୋଲୋଜି-ଆଧାରିତ ପୂର୍ବାନୁମାନ ଏବଂ RNA-Seq ତଥ୍ୟ ଆଧାରିତ ପୂର୍ବାନୁମାନ |
Fu A et al।,ଉଦ୍ୟାନ କୃଷି ଅନୁସନ୍ଧାନ |, 2021
ତିନୋଟି ସୂତା ଜେନୋମରେ ଅକ୍ଷୁର୍ଣ୍ଣ ଲମ୍ବା ଟର୍ମିନାଲ୍ ପୁନରାବୃତ୍ତିର ପରିଚୟ |
ୱାଙ୍ଗ୍ ଏମ୍ ଏବଂ।,ମଲିକୁଲାର ବାୟୋଲୋଜି ଏବଂ ବିବର୍ତ୍ତନ |, 2021
5. ହାଇ-ସି ଉତ୍ତାପ ମାନଚିତ୍ରC. acuminataଜେନୋମ-ଜ୍ୟୋତି-ସର୍ବ-ସମସ୍ତ-ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟା ଦେଖାଏ |ହାଇ-ସି ପାରସ୍ପରିକ କ୍ରିୟାଗୁଡ଼ିକର ତୀବ୍ରତା କଣ୍ଟିଗ୍ସ ମଧ୍ୟରେ ର ar ଖ୍ୟ ଦୂରତା ସହିତ ଆନୁପାତିକ |ଏହି ଉତ୍ତାପ ମାନଚିତ୍ରରେ ଏକ ସଫା ସିଧା ଲାଇନ କ୍ରୋମୋଜୋମ୍ ଉପରେ କଣ୍ଟିଗ୍ସର ଏକ ସଠିକ୍ ଆଙ୍କୋରିଙ୍ଗକୁ ସୂଚିତ କରେ |(କଣ୍ଟିଗ୍ ଆଙ୍କରିଂ ଅନୁପାତ: 96.03%)
kang M et al।,ପ୍ରକୃତି ଯୋଗାଯୋଗ,2021
BMK କେସ୍ |
ଏକ ଉଚ୍ଚ-ଗୁଣାତ୍ମକ ଜିନୋମ ଆସେମ୍ବଲି ରାଇ ଜେନୋମିକ୍ ବ characteristics ଶିଷ୍ଟ୍ୟ ଏବଂ କୃଷିଗତ ଭାବରେ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ଜିନ୍ଗୁଡ଼ିକୁ ଆଲୋକିତ କରେ |
ପ୍ରକାଶିତ: ପ୍ରକୃତି ଜେନେଟିକ୍ସ |, 2021
କ୍ରମ କ strategy ଶଳ:
ଜେନୋମ ସଭା: 20 kb ଲାଇବ୍ରେରୀ ସହିତ PacBio CLR ମୋଡ୍ (497 Gb, ପାଖାପାଖି 63 ×)
କ୍ରମ ସଂଶୋଧନ: 270 bp DNA ଲାଇବ୍ରେରୀ ସହିତ NGS (430 Gb, ପାଖାପାଖି 54 ×) ଇଲୁମିନା ପ୍ଲାଟଫର୍ମରେ |
କଣ୍ଟିଗ୍ ଆଙ୍କରିଙ୍ଗ୍: ଇଲୁମିନା ପ୍ଲାଟଫର୍ମରେ ହାଇ-ସି ଲାଇବ୍ରେରୀ (560 Gb, ପାଖାପାଖି 71 ×) |
ଅପ୍ଟିକାଲ୍ ମାନଚିତ୍ର: (779.55 Gb, ପାଖାପାଖି 99 ×) Bionano Irys ଉପରେ |
ମୁଖ୍ୟ ଫଳାଫଳଗୁଡିକ
1. ୱେନିଙ୍ଗ୍ ରାଇ ଜିନୋମର ଏକ ସମାବେଶ 7.74 Gb (ଫ୍ଲୋ ସାଇଟୋମେଟ୍ରୀ ଦ୍ estimated ାରା ଆନୁମାନିକ ଜିନୋମ ଆକାରର 98.74%) ସହିତ ପ୍ରକାଶିତ ହୋଇଥିଲା |ଏହି ସଭାର ସ୍କାଫୋଲ୍ଡ N50 1.04 Gb ହାସଲ କରିଛି |93.67% କଣ୍ଟିଗ୍ସ 7 ଟି ସିଉଡୋ-କ୍ରୋମୋଜୋମ୍ ଉପରେ ସଫଳତାର ସହିତ ଲଙ୍କାଗୁଣ୍ଡିତ |ଏହି ସଭାକୁ ଲିଙ୍କେଜ୍ ମାନଚିତ୍ର, LAI ଏବଂ BUSCO ଦ୍ୱାରା ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନ କରାଯାଇଥିଲା, ଯାହା ସମସ୍ତ ମୂଲ୍ୟାଙ୍କନରେ ଉଚ୍ଚ ସ୍କୋର କରିଥିଲା |
2. ତୁଳନାତ୍ମକ ଜେନୋମିକ୍ସ ଉପରେ ଅଧିକ ଅଧ୍ୟୟନ, ଜେନେଟିକ୍ ଲିଙ୍କେଜ୍ ମାନଚିତ୍ର, ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମିକ୍ସ ଅଧ୍ୟୟନ ଏହି ଜିନୋମର ଆଧାରରେ କରାଯାଇଥିଲା |ଜିନୋମ-ୱାଇଡ୍ ଜିନ୍ ନକଲ ଏବଂ ଷ୍ଟାର୍ ବାୟୋସାଇନ୍ଥେସିସ୍ ଜିନ୍ ଉପରେ ଏହାର ପ୍ରଭାବ ସହିତ ଜଡିତ ଜେନୋମିକ୍ ବ features ଶିଷ୍ଟ୍ୟଗୁଡିକର ଏକ ସିରିଜ୍ ପ୍ରକାଶ ପାଇଲା |ଜଟିଳ ପ୍ରୋଲାମିନ୍ ଲୋକିର ଶାରୀରିକ ସଂଗଠନ, ଜିନ୍ ଏକ୍ସପ୍ରେସନ୍ ବ features ଶିଷ୍ଟ୍ୟଗୁଡିକ ପ୍ରାରମ୍ଭିକ ହେଡିଙ୍ଗ୍ ଗୁଣ ଏବଂ ପୁଟିଭ୍ ଡୋମେଷ୍ଟିକେସନ୍-ଜଡିତ କ୍ରୋମୋଜୋମାଲ୍ ଅଞ୍ଚଳ ଏବଂ ରାଇରେ ଲୋକି |
 ୱେନିଂ ରାଇ ଜିନୋମର ଜେନୋମିକ୍ ବ features ଶିଷ୍ଟ୍ୟ ଉପରେ ସର୍କସ୍ ଚିତ୍ର | |  ରାଇ ଜିନୋମର ବିବର୍ତ୍ତନ ଏବଂ କ୍ରୋମୋଜୋମ୍ ସିନ୍ଥେନି ବିଶ୍ଳେଷଣ | |
ଲି, ଜି, ୱାଙ୍ଗ, ଏଲ୍, ୟାଙ୍ଗ, ଜେ।ଇତ୍ୟାଦିଏକ ଉଚ୍ଚ-ଗୁଣାତ୍ମକ ଜିନୋମ ଆସେମ୍ବଲି ରାଇ ଜେନୋମିକ୍ ବ characteristics ଶିଷ୍ଟ୍ୟ ଏବଂ କୃଷି ସମ୍ବନ୍ଧୀୟ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ଜିନ୍ଗୁଡ଼ିକୁ ଆଲୋକିତ କରେ |ନାଟ୍ ଜେନେଟ୍ | 53,574–584 (2021)
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
