-
ପୂର୍ଣ୍ଣ-ଲମ୍ବ mRNA କ୍ରମ-ନାନୋପୋର |
ବିସ୍ତୃତ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ ବିଶ୍ଳେଷଣ ପାଇଁ RNA କ୍ରମ ଏକ ଅମୂଲ୍ୟ ଉପକରଣ |ସନ୍ଦେହ ନାହିଁ, ପାରମ୍ପାରିକ କ୍ଷୁଦ୍ର-ପଠନ କ୍ରମ ଏଠାରେ ଅନେକ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ବିକାଶ ହାସଲ କରିଛି |ତଥାପି, ଏହା ପ୍ରାୟତ full ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟର ଆଇସୋଫର୍ମ ପରିଚୟ, ପରିମାଣ, PCR ପକ୍ଷପାତରେ ସୀମିତତାର ସମ୍ମୁଖୀନ ହୁଏ |
ନାନୋପୋର ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ ଅନ୍ୟ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପ୍ଲାଟଫର୍ମଗୁଡିକ ଠାରୁ ନିଜକୁ ପୃଥକ କରେ, ଯେଉଁଥିରେ ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓଟାଇଡ୍ ଗୁଡିକ ସିଧାସଳଖ DNA ସିନ୍ଥେସିସ୍ ବିନା ପ read ାଯାଏ ଏବଂ ଦଶ କିଲୋବାସରେ ଲମ୍ବା ପ read ଼ା ସୃଷ୍ଟି କରେ |ଏହା ସିଧାସଳଖ ପଠନ-ଆଉଟ କ୍ରସିଂ ଫୁଲ୍ ଲମ୍ trans ା ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଏବଂ ଆଇସୋଫର୍ମ ସ୍ତରୀୟ ଅଧ୍ୟୟନରେ ଚ୍ୟାଲେଞ୍ଜଗୁଡ଼ିକର ମୁକାବିଲା କରିବାକୁ ସଶକ୍ତ କରେ |
ପ୍ଲାଟଫର୍ମ |：Nanopore PromethION |
ଲାଇବ୍ରେରୀ:cDNA-PCR |
-
ଡି ନୋଭୋ ଫୁଲ୍ ଲମ୍ବ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ କ୍ରମ-ପ୍ୟାକ୍ବିଓ |
ଡି ନୋଭୋ |ପୂର୍ଣ୍ଣ ଦ length ର୍ଘ୍ୟ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ କ୍ରମ, ଯାହାକି ମଧ୍ୟ ଜଣାଶୁଣା |ଡି ନୋଭୋ |Iso-Seq ପ read ଼ା ଦ length ର୍ଘ୍ୟରେ PacBio ସିକ୍ୱେନ୍ସର ସୁବିଧା ନେଇଥାଏ, ଯାହାକି କ break ଣସି ବିରତି ବିନା ପୂର୍ଣ୍ଣ-ଲମ୍ବ cDNA ଅଣୁଗୁଡ଼ିକର କ୍ରମକୁ ସକ୍ଷମ କରିଥାଏ |ଏହା ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପ୍ଟ ଆସେମ୍ବଲି ଷ୍ଟେପଗୁଡିକରେ ସୃଷ୍ଟି ହୋଇଥିବା କ er ଣସି ତ୍ରୁଟିକୁ ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣରୂପେ ଏଡାଇଥାଏ ଏବଂ ଆଇସୋଫର୍ମ ସ୍ତରୀୟ ରେଜୋଲୁସନ ସହିତ ୟୁନିଜେନ୍ ସେଟ୍ ଗଠନ କରେ |ଏହି ୟୁନିଜେନ୍ ସେଟ୍ ଗୁଡିକ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ ସ୍ତରରେ “ରେଫରେନ୍ସ ଜିନୋମ” ଭାବରେ ଶକ୍ତିଶାଳୀ ଜେନେଟିକ୍ ସୂଚନା ପ୍ରଦାନ କରେ |ଏହା ସହିତ, ପରବର୍ତ୍ତୀ ପି generation ଼ିର କ୍ରମିକ ତଥ୍ୟ ସହିତ ମିଶି, ଏହି ସେବା ଆଇସୋଫର୍ମ ସ୍ତରୀୟ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତିର ସଠିକ ପରିମାଣକୁ ସଶକ୍ତ କରେ |
ପ୍ଲାଟଫର୍ମ ： PacBio Sequel II |ଲାଇବ୍ରେରୀ: SMRT ଘଣ୍ଟି ଲାଇବ୍ରେରୀ | -
ଇଉକାରିଓଟିକ୍ mRNA କ୍ରମ-ଇଲୁମିନା |
mRNA ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଅବସ୍ଥାରେ କୋଷରୁ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ହୋଇଥିବା ସମସ୍ତ mRNA ର ପ୍ରୋଫାଇଲ୍ ସକ୍ଷମ କରେ |ଜିନ୍ ଏକ୍ସପ୍ରେସନ୍ ପ୍ରୋଫାଇଲ୍, ଜିନ୍ ଗଠନ ଏବଂ କେତେକ ଜ ological ବିକ ପ୍ରକ୍ରିୟାର ମଲିକୁଲାର ପ୍ରଣାଳୀକୁ ପ୍ରକାଶ କରିବା ପାଇଁ ଏହା ଏକ ଶକ୍ତିଶାଳୀ ପ୍ରଯୁକ୍ତିବିଦ୍ୟା |ଆଜି ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ, ମ fundamental ଳିକ ଅନୁସନ୍ଧାନ, କ୍ଲିନିକାଲ୍ ଡାଇଗ୍ନୋଷ୍ଟିକ୍, drug ଷଧ ବିକାଶ ଇତ୍ୟାଦିରେ mRNA କ୍ରମକୁ ବହୁଳ ଭାବରେ ନିୟୋଜିତ କରାଯାଇଛି |
ପ୍ଲାଟଫର୍ମ: ଇଲୁମିନା ନୋଭା ସେକ୍ 6000 |
-
ଅଣ-ରେଫରେନ୍ସ ଆଧାରିତ mRNA କ୍ରମ-ଇଲୁମିନା |
ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଅବଧିରେ ମେସେଞ୍ଜର RNA (mRNA) ଫର୍ମ ଇଉକାରିଓଟକୁ କ୍ୟାପଚର କରିବା ପାଇଁ mRNA ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ପରବର୍ତ୍ତୀ ପି generation ଼ିର ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ କ techni ଶଳ (NGS) ଗ୍ରହଣ କରେ ଯାହା କିଛି ବିଶେଷ କାର୍ଯ୍ୟ ସକ୍ରିୟ କରିଥାଏ |ଦୀର୍ଘତମ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପ୍ଟକୁ 'ୟୁନିଜେନ୍' କୁହାଯାଉଥିଲା ଏବଂ ପରବର୍ତ୍ତୀ ବିଶ୍ଳେଷଣ ପାଇଁ ରେଫରେନ୍ସ କ୍ରମ ଭାବରେ ବ୍ୟବହୃତ ହୋଇଥିଲା, ଯାହା ବିନା ରେଫରେନ୍ସରେ ପ୍ରଜାତିର ମଲିକୁଲାର ମେକାନିଜିମ୍ ଏବଂ ନିୟାମକ ନେଟୱାର୍କ ଅଧ୍ୟୟନ କରିବାର ଏକ ପ୍ରଭାବଶାଳୀ ମାଧ୍ୟମ |
ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ ଡାଟା ଆସେମ୍ବଲି ଏବଂ ୟୁନିଜେନ୍ ଫଙ୍କସନାଲ ଟିପ୍ପଣୀ ପରେ |
(1) SNP ବିଶ୍ଳେଷଣ, SSR ବିଶ୍ଳେଷଣ, CDS ଭବିଷ୍ୟବାଣୀ ଏବଂ ଜିନ୍ ଗଠନ ପ୍ରିଫର୍ମ ହେବ |
()) ପ୍ରତ୍ୟେକ ନମୁନାରେ ଏକକ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତିର ପରିମାଣ କାର୍ଯ୍ୟ କରାଯିବ |
()) ନମୁନା (କିମ୍ବା ଗୋଷ୍ଠୀ) ମଧ୍ୟରେ ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ ଭାବରେ ପ୍ରକାଶିତ ସ୍ୱଦେଶୀଗୁଡିକ ଏକକ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ଉପରେ ଆଧାର କରି ଆବିଷ୍କୃତ ହେବ |
(4) ଭିନ୍ନ ଭିନ୍ନ ଭାବରେ ପ୍ରକାଶିତ ସ୍ୱଦେଶୀମାନଙ୍କର କ୍ଲଷ୍ଟରିଂ, କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ଟିପ୍ପଣୀ ଏବଂ ସମୃଦ୍ଧ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରାଯିବ |
-
ଲମ୍ବା ଅଣ-କୋଡିଂ କ୍ରମ-ଇଲୁମିନା |
ଲମ୍ବା ଅଣ-କୋଡିଂ RNA (lncRNAs) ହେଉଛି ଏକ ପ୍ରକାର RNA ଅଣୁ, ଯାହାର ଲମ୍ବ 200 nt ରୁ ଅଧିକ, ଯାହା ଅତ୍ୟଧିକ କମ୍ କୋଡିଂ ସମ୍ଭାବନା ଦ୍ୱାରା ବର୍ଣ୍ଣିତ |LncRNA, ଅଣ-କୋଡିଂ RNA ର ଏକ ପ୍ରମୁଖ ସଦସ୍ୟ ଭାବରେ, ମୁଖ୍ୟତ nuc ନ୍ୟୁକ୍ଲିୟସ୍ ଏବଂ ପ୍ଲାଜାମାରେ ମିଳିଥାଏ |ସିକ୍ୱେନ୍ସିଂ ଟେକ୍ନୋଲୋଜି ଏବଂ ବାୟୋ ଇନଫର୍ମାଟିକ୍ସର ବିକାଶ ଅନେକ ଉପନ୍ୟାସ lncRNA ଗୁଡ଼ିକର ଚିହ୍ନଟକୁ ସକ୍ଷମ କରିଥାଏ ଏବଂ ଜ bi ବିକ କାର୍ଯ୍ୟ ସହିତ ଜଡିତ କରେ |ସଂଗୃହିତ ପ୍ରମାଣ ସୂଚିତ କରେ ଯେ lncRNA epigenetic ନିୟାମକ, ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ରେଗୁଲେସନ୍ ଏବଂ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ପରବର୍ତ୍ତୀ ନିୟାମନରେ ବ୍ୟାପକ ଭାବରେ ଜଡିତ |
-
ଛୋଟ RNA କ୍ରମ-ଇଲୁମିନା |
ଛୋଟ RNA ଅଣ-କୋଡିଂ RNA ଅଣୁଗୁଡ଼ିକର ଏକ ଶ୍ରେଣୀକୁ ବୁ refers ାଏ ଯାହା ସାଧାରଣତ length ଲମ୍ବ 200nt ରୁ କମ୍, ମାଇକ୍ରୋ RNA (miRNA), ଛୋଟ ହସ୍ତକ୍ଷେପ RNA (siRNA), ଏବଂ piwi- ପାରସ୍ପରିକ RNA (piRNA) ଅନ୍ତର୍ଭୁକ୍ତ କରେ |
ମାଇକ୍ରୋ ଆରଏନ୍ଏ (miRNA) ହେଉଛି ପ୍ରାୟ 20-24nt ଲମ୍ବ ବିଶିଷ୍ଟ ଏଣ୍ଡୋଜେନସ୍ ଛୋଟ RNA ର ଏକ ଶ୍ରେଣୀ, ଯାହା କୋଷଗୁଡ଼ିକରେ ବିଭିନ୍ନ ଗୁରୁତ୍ୱପୂର୍ଣ୍ଣ ନିୟାମକ ଭୂମିକା ଗ୍ରହଣ କରିଥାଏ |miRNA ଅନେକ ଜୀବନ ପ୍ରକ୍ରିୟାରେ ଜଡିତ ଯାହାକି ଟିସୁ - ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଏବଂ ପର୍ଯ୍ୟାୟ - ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ଅଭିବ୍ୟକ୍ତି ଏବଂ ବିଭିନ୍ନ ପ୍ରଜାତିରେ ଅତ୍ୟଧିକ ସଂରକ୍ଷିତ |
-
circRNA କ୍ରମ-ଇଲୁମିନା |
ସମସ୍ତ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ ସମସ୍ତ ପ୍ରକାରର RNA ଅଣୁକୁ ପ୍ରୋଫାଇଲ୍ କରିବା ପାଇଁ ଡିଜାଇନ୍ ହୋଇଛି, କୋଡିଂ (mRNA) ଏବଂ ଅଣ-କୋଡିଂ RNA (lncRNA, circRNA ଏବଂ miRNA ଅନ୍ତର୍ଭୂକ୍ତ କରି) ଯାହାକି ଏକ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ସମୟରେ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ କୋଷଗୁଡ଼ିକ ଦ୍ୱାରା ଲିପିବଦ୍ଧ |ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍, ଯାହା “ମୋଟ RNA ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍” ଭାବରେ ମଧ୍ୟ ଜଣାଶୁଣା, ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ ସ୍ତରରେ ବିସ୍ତୃତ ନିୟାମକ ନେଟୱାର୍କ ପ୍ରକାଶ କରିବାକୁ ଲକ୍ଷ୍ୟ ରଖିଛି |NGS ଟେକ୍ନୋଲୋଜିର ଲାଭ ଉଠାଇ, ceRNA ବିଶ୍ଳେଷଣ ଏବଂ ମିଳିତ RNA ବିଶ୍ଳେଷଣ ପାଇଁ ସମଗ୍ର ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ ଉତ୍ପାଦଗୁଡିକର କ୍ରମ ଉପଲବ୍ଧ, ଯାହା କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ଚରିତ୍ରକରଣ ପାଇଁ ପ୍ରଥମ ପଦକ୍ଷେପ ପ୍ରଦାନ କରେ |CircRNA-miRNA-mRNA ଆଧାରିତ ceRNA ର ନିୟାମକ ନେଟୱାର୍କ ପ୍ରକାଶ କରିବା |
-
ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ କ୍ରମ - ଇଲୁମିନା |
ସମସ୍ତ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ ସମସ୍ତ ପ୍ରକାରର RNA ଅଣୁକୁ ପ୍ରୋଫାଇଲ୍ କରିବା ପାଇଁ ଡିଜାଇନ୍ ହୋଇଛି, କୋଡିଂ (mRNA) ଏବଂ ଅଣ-କୋଡିଂ RNA (lncRNA, circRNA ଏବଂ miRNA ଅନ୍ତର୍ଭୂକ୍ତ କରି) ଯାହାକି ଏକ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ସମୟରେ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ କୋଷଗୁଡ଼ିକ ଦ୍ୱାରା ଲିପିବଦ୍ଧ |ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍, ଯାହା “ମୋଟ RNA ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍” ଭାବରେ ମଧ୍ୟ ଜଣାଶୁଣା, ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ ସ୍ତରରେ ବିସ୍ତୃତ ନିୟାମକ ନେଟୱାର୍କ ପ୍ରକାଶ କରିବାକୁ ଲକ୍ଷ୍ୟ ରଖିଛି |NGS ଟେକ୍ନୋଲୋଜିର ଲାଭ ଉଠାଇ, ceRNA ବିଶ୍ଳେଷଣ ଏବଂ ମିଳିତ RNA ବିଶ୍ଳେଷଣ ପାଇଁ ସମଗ୍ର ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ ଉତ୍ପାଦଗୁଡିକର କ୍ରମ ଉପଲବ୍ଧ, ଯାହା କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ଚରିତ୍ରକରଣ ପାଇଁ ପ୍ରଥମ ପଦକ୍ଷେପ ପ୍ରଦାନ କରେ |CircRNA-miRNA-mRNA ଆଧାରିତ ceRNA ର ନିୟାମକ ନେଟୱାର୍କ ପ୍ରକାଶ କରିବା |
-
କ୍ରୋମାଟିନ୍ ଇମ୍ୟୁନୋପ୍ରେସିପିଟେସନ୍ କ୍ରମ (ChIP-seq)
ChIP-Seq ହିଷ୍ଟୋନ୍ ରୂପାନ୍ତର, ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ଫ୍ୟାକ୍ଟର୍ ଏବଂ ଅନ୍ୟାନ୍ୟ DNA- ସମ୍ବନ୍ଧୀୟ ପ୍ରୋଟିନ୍ ପାଇଁ DNA ଟାର୍ଗେଟର ଜିନୋମ-ୱାଇଡ୍ ପ୍ରୋଫାଇଲ୍ ପ୍ରଦାନ କରେ |ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ପ୍ରୋଟିନ୍-ଡିଏନ୍ଏ କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସଗୁଡିକ ପୁନରୁଦ୍ଧାର ପାଇଁ କ୍ରୋମାଟିନ୍ ଇମ୍ୟୁନୋ-ବୃଷ୍ଟିପାତ (ChIP) ର ଚୟନକର୍ତ୍ତା ପୁନରୁଦ୍ଧାର DNA ର ଉଚ୍ଚ-ଥ୍ରୋପ୍ କ୍ରମ ପାଇଁ ପରବର୍ତ୍ତୀ ପି generation ଼ିର ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ୍ (NGS) ର ଶକ୍ତି ସହିତ ମିଶ୍ରଣ କରେ |ଅତିରିକ୍ତ ଭାବରେ, କାରଣ ପ୍ରୋଟିନ୍-ଡିଏନ୍ଏ କମ୍ପ୍ଲେକ୍ସଗୁଡିକ ଜୀବନ୍ତ କୋଷରୁ ପୁନରୁଦ୍ଧାର ହୋଇଥିବାରୁ, ବାନ୍ଧିବା ସ୍ଥାନଗୁଡିକ ବିଭିନ୍ନ କୋଷ ପ୍ରକାର ଏବଂ ଟିସୁରେ କିମ୍ବା ବିଭିନ୍ନ ଅବସ୍ଥାରେ ତୁଳନା କରାଯାଇପାରେ |ପ୍ରୟୋଗଗୁଡ଼ିକ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପସନ୍ ରେଗୁଲେସନ୍ ଠାରୁ ବିକାଶ ପଥ ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ରୋଗ ଯନ୍ତ୍ରକ and ଶଳ ଏବଂ ଅନ୍ୟାନ୍ୟ ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ |
ପ୍ଲାଟଫର୍ମ: ଇଲୁମିନା ନୋଭା ସେକ୍ 6000 |
-
ମେଟେଜେନୋମିକ୍ କ୍ରମ (NGS)
ମେଟେଜେନୋମ ଜୀବଜନ୍ତୁର ମିଶ୍ରିତ ସମ୍ପ୍ରଦାୟର ସମୁଦାୟ ଜେନେଟିକ ସାମଗ୍ରୀର ସଂଗ୍ରହକୁ ବୁ refers ାଏ, ଯେପରିକି ପରିବେଶ ମେଟେଜେନୋମ, ମାନବ ମେଟେଜେନୋମ ଇତ୍ୟାଦି ଏଥିରେ ଉଭୟ ଚାଷ ଯୋଗ୍ୟ ଏବଂ ଅଣସଂଗଠିତ ମାଇକ୍ରୋଅର୍ଗାନ୍ସର ଜିନୋମ ଧାରଣ କରିଥାଏ |ମେଟେଜେନୋମିକ୍ ସିକ୍ୱେନ୍ସିଙ୍ଗ ହେଉଛି ଏକ ମଲିକୁଲାର ଉପକରଣ ଯାହାକି ପରିବେଶ ନମୁନାରୁ ବାହାର କରାଯାଇଥିବା ମିଶ୍ରିତ ଜେନୋମିକ୍ ସାମଗ୍ରୀକୁ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରିବା ପାଇଁ ବ୍ୟବହୃତ ହୁଏ, ଯାହା ପ୍ରଜାତିର ବିବିଧତା ଏବଂ ପ୍ରଚୁରତା, ଜନସଂଖ୍ୟା ଗଠନ, ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ସମ୍ପର୍କ, କାର୍ଯ୍ୟକ୍ଷମ ଜିନ୍ ଏବଂ ସମ୍ପର୍କ ସମ୍ବନ୍ଧୀୟ ନେଟୱାର୍କରେ ବିସ୍ତୃତ ସୂଚନା ପ୍ରଦାନ କରିଥାଏ |
ପ୍ଲାଟଫର୍ମ ：Illumina NovaSeq6000 |
