16S/18S/ITS ਐਂਪਲੀਕਨ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ-NGS
ਸੇਵਾ ਦੇ ਫਾਇਦੇ
● ਵਾਤਾਵਰਣ ਦੇ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਰਚਨਾ ਦੀ ਅਲੱਗ-ਥਲੱਗ ਅਤੇ ਤੇਜ਼ੀ ਨਾਲ ਪਛਾਣ
● ਵਾਤਾਵਰਣ ਦੇ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਘੱਟ-ਭਰਪੂਰ ਹਿੱਸਿਆਂ ਵਿੱਚ ਉੱਚ ਰੈਜ਼ੋਲੂਸ਼ਨ
● ਡਾਟਾਬੇਸ, ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ, OTU/ASV ਦੇ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਵਿਭਿੰਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣਾਂ ਦੇ ਨਾਲ ਨਵੀਨਤਮ QIIME2 ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਪ੍ਰਵਾਹ।
● ਉੱਚ-ਥਰੂਪੁਟ, ਉੱਚ ਸ਼ੁੱਧਤਾ
● ਵਿਭਿੰਨ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਕਮਿਊਨਿਟੀ ਅਧਿਐਨਾਂ ਲਈ ਲਾਗੂ
● BMK ਕੋਲ 100,000 ਤੋਂ ਵੱਧ ਨਮੂਨਿਆਂ/ਸਾਲ, ਮਿੱਟੀ, ਪਾਣੀ, ਗੈਸ, ਸਲੱਜ, ਮਲ, ਅੰਤੜੀਆਂ, ਚਮੜੀ, ਫਰਮੈਂਟੇਸ਼ਨ ਬਰੋਥ, ਕੀੜੇ-ਮਕੌੜੇ, ਪੌਦਿਆਂ ਆਦਿ ਨੂੰ ਢੱਕਣ ਦੇ ਨਾਲ ਵਿਆਪਕ ਅਨੁਭਵ ਹੈ।
● BMKCloud ਸੁਵਿਧਾਜਨਕ ਡੇਟਾ ਵਿਆਖਿਆ ਜਿਸ ਵਿੱਚ 45 ਵਿਅਕਤੀਗਤ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਟੂਲ ਹਨ
ਸੇਵਾ ਨਿਰਧਾਰਨ
| ਕ੍ਰਮਬੱਧਪਲੇਟਫਾਰਮ | ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ | ਸਿਫ਼ਾਰਸ਼ੀ ਡਾਟਾ ਉਪਜ | ਅਨੁਮਾਨਿਤ ਵਾਰੀ-ਵਾਰੀ ਸਮਾਂ |
| Illumina NovaSeq ਪਲੇਟਫਾਰਮ | PE250 | 50K/100K/300K ਟੈਗਸ | 30 ਦਿਨ |
ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
● ਕੱਚਾ ਡਾਟਾ ਗੁਣਵੱਤਾ ਨਿਯੰਤਰਣ
● OTU ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ/ਡੀ-ਸ਼ੋਰ (ASV)
● OTU ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ
● ਅਲਫ਼ਾ ਵਿਭਿੰਨਤਾ
● ਬੀਟਾ ਵਿਭਿੰਨਤਾ
● ਅੰਤਰ-ਸਮੂਹ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
● ਪ੍ਰਯੋਗਾਤਮਕ ਕਾਰਕਾਂ ਦੇ ਵਿਰੁੱਧ ਐਸੋਸੀਏਸ਼ਨ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
● ਫੰਕਸ਼ਨ ਜੀਨ ਪੂਰਵ-ਅਨੁਮਾਨ
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ ਅਤੇ ਡਿਲਿਵਰੀ
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ:
ਲਈਡੀਐਨਏ ਕੱਡਣ:
| ਨਮੂਨਾ ਦੀ ਕਿਸਮ | ਦੀ ਰਕਮ | ਧਿਆਨ ਟਿਕਾਉਣਾ | ਸ਼ੁੱਧਤਾ |
| ਡੀਐਨਏ ਕੱਡਣ | > 30 ਐਨ.ਜੀ | 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ਵਾਤਾਵਰਣ ਦੇ ਨਮੂਨੇ ਲਈ:
| ਨਮੂਨਾ ਕਿਸਮ | ਸਿਫ਼ਾਰਿਸ਼ ਕੀਤੀ ਨਮੂਨਾ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ |
| ਮਿੱਟੀ | ਨਮੂਨੇ ਦੀ ਮਾਤਰਾ: ਲਗਭਗ.5 g;ਬਾਕੀ ਬਚੇ ਸੁੱਕੇ ਪਦਾਰਥ ਨੂੰ ਸਤ੍ਹਾ ਤੋਂ ਹਟਾਉਣ ਦੀ ਲੋੜ ਹੈ;ਵੱਡੇ ਟੁਕੜਿਆਂ ਨੂੰ ਪੀਸ ਲਓ ਅਤੇ 2 ਮਿਲੀਮੀਟਰ ਫਿਲਟਰ ਵਿੱਚੋਂ ਲੰਘੋ;ਰਿਜ਼ਰਵੇਸ਼ਨ ਲਈ ਨਿਰਜੀਵ EP-ਟਿਊਬ ਜਾਂ cyrotube ਵਿੱਚ ਅਲੀਕੋਟ ਦੇ ਨਮੂਨੇ। |
| ਮਲ | ਨਮੂਨੇ ਦੀ ਮਾਤਰਾ: ਲਗਭਗ.5 g;ਰਿਜ਼ਰਵੇਸ਼ਨ ਲਈ ਨਿਰਜੀਵ EP-ਟਿਊਬ ਜਾਂ ਕ੍ਰਾਇਓਟਿਊਬ ਵਿੱਚ ਅਲੀਕੋਟ ਨਮੂਨੇ ਇਕੱਠੇ ਕਰੋ। |
| ਅੰਤੜੀ ਸਮੱਗਰੀ | ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ ਐਸੇਪਟਿਕ ਸਥਿਤੀ ਦੇ ਅਧੀਨ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਕਰਨ ਦੀ ਜ਼ਰੂਰਤ ਹੁੰਦੀ ਹੈ।ਪੀਬੀਐਸ ਨਾਲ ਇਕੱਠੇ ਕੀਤੇ ਟਿਸ਼ੂ ਨੂੰ ਧੋਵੋ;ਪੀ.ਬੀ.ਐੱਸ. ਨੂੰ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਕਰੋ ਅਤੇ EP-ਟਿਊਬਾਂ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰੇਸਿਪੀਟੈਂਟ ਨੂੰ ਇਕੱਠਾ ਕਰੋ। |
| ਸਲੱਜ | ਨਮੂਨੇ ਦੀ ਮਾਤਰਾ: ਲਗਭਗ.5 g;ਰਿਜ਼ਰਵੇਸ਼ਨ ਲਈ ਨਿਰਜੀਵ EP-ਟਿਊਬ ਜਾਂ ਕ੍ਰਾਇਓਟਿਊਬ ਵਿੱਚ ਅਲੀਕੋਟ ਸਲੱਜ ਦਾ ਨਮੂਨਾ ਇਕੱਠਾ ਕਰੋ |
| ਵਾਟਰਬਾਡੀ | ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਦੀ ਸੀਮਤ ਮਾਤਰਾ ਵਾਲੇ ਨਮੂਨੇ ਲਈ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਟੂਟੀ ਦਾ ਪਾਣੀ, ਖੂਹ ਦਾ ਪਾਣੀ, ਆਦਿ, ਘੱਟੋ-ਘੱਟ 1 L ਪਾਣੀ ਇਕੱਠਾ ਕਰੋ ਅਤੇ ਝਿੱਲੀ 'ਤੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਨੂੰ ਭਰਪੂਰ ਬਣਾਉਣ ਲਈ 0.22 μm ਫਿਲਟਰ ਵਿੱਚੋਂ ਲੰਘੋ।ਝਿੱਲੀ ਨੂੰ ਨਿਰਜੀਵ ਟਿਊਬ ਵਿੱਚ ਸਟੋਰ ਕਰੋ। |
| ਚਮੜੀ | ਨਿਰਜੀਵ ਕਪਾਹ ਦੇ ਫੰਬੇ ਜਾਂ ਸਰਜੀਕਲ ਬਲੇਡ ਨਾਲ ਚਮੜੀ ਦੀ ਸਤ੍ਹਾ ਨੂੰ ਧਿਆਨ ਨਾਲ ਖੁਰਚੋ ਅਤੇ ਇਸਨੂੰ ਨਿਰਜੀਵ ਟਿਊਬ ਵਿੱਚ ਰੱਖੋ। |
ਸਿਫਾਰਸ਼ੀ ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ ਤਰਲ ਨਾਈਟ੍ਰੋਜਨ ਵਿੱਚ 3-4 ਘੰਟਿਆਂ ਲਈ ਫ੍ਰੀਜ਼ ਕਰੋ ਅਤੇ ਤਰਲ ਨਾਈਟ੍ਰੋਜਨ ਜਾਂ -80 ਡਿਗਰੀ ਤੱਕ ਲੰਬੇ ਸਮੇਂ ਲਈ ਰਿਜ਼ਰਵੇਸ਼ਨ ਵਿੱਚ ਸਟੋਰ ਕਰੋ।ਸੁੱਕੀ ਬਰਫ਼ ਦੇ ਨਾਲ ਨਮੂਨਾ ਸ਼ਿਪਿੰਗ ਦੀ ਲੋੜ ਹੈ.
ਸੇਵਾ ਕਾਰਜ ਪ੍ਰਵਾਹ
ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦੀ ਉਸਾਰੀ
ਕ੍ਰਮਬੱਧ
ਡਾਟਾ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਵਿਕਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਦੀਆਂ ਸੇਵਾਵਾਂ
1. ਸਪੀਸੀਜ਼ ਦੀ ਵੰਡ
2. ਹੀਟ ਮੈਪ: ਸਪੀਸੀਜ਼ ਰਿਚਨੇਸ ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ
3. ਦੁਰਲੱਭ ਧੜੇ ਦੀ ਵਕਰ
4.NMDS ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
5.Lefse ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
BMK ਕੇਸ
ਟਾਈਪ 2 ਡਾਇਬਟੀਜ਼ ਵਾਲੇ ਅਤੇ ਬਿਨਾਂ ਮੋਟੇ ਵਿਅਕਤੀ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਸਮਰੱਥਾ ਅਤੇ ਰਚਨਾ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ
ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ:ਸੈੱਲ ਹੋਸਟ ਅਤੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬ, 2019
ਲੜੀਬੱਧ ਰਣਨੀਤੀ:
ਕਮਜ਼ੋਰ ਗੈਰ-ਸ਼ੂਗਰ (n=633);ਮੋਟਾਪਾ ਗੈਰ-ਸ਼ੂਗਰ (n=494);ਮੋਟਾਪਾ-ਟਾਈਪ 2 ਸ਼ੂਗਰ (n=153);
ਟੀਚਾ ਖੇਤਰ: 16S rDNA V1-V2
ਪਲੇਟਫਾਰਮ: ਇਲੂਮਿਨਾ ਮਿਸੇਕ (ਐਨਜੀਐਸ-ਅਧਾਰਤ ਐਂਪਲੀਕਨ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ)
ਡੀਐਨਏ ਐਬਸਟਰੈਕਟਸ ਦੇ ਸਬਸੈੱਟ ਨੂੰ ਇਲੂਮਿਨਾ ਹਿਸੇਕ 'ਤੇ ਮੇਟਾਗੇਨੋਮਿਕ ਕ੍ਰਮ ਦੇ ਅਧੀਨ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ
ਮੁੱਖ ਨਤੀਜੇ
ਇਹਨਾਂ ਪਾਚਕ ਰੋਗਾਂ ਦੇ ਮਾਈਕਰੋਬਾਇਲ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲਿੰਗ ਨੂੰ ਸਫਲਤਾਪੂਰਵਕ ਵੱਖ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।
16S ਕ੍ਰਮ ਦੁਆਰਾ ਉਤਪੰਨ ਮਾਈਕਰੋਬਾਇਲ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਦੀ ਤੁਲਨਾ ਕਰਕੇ, ਮੋਟਾਪਾ ਮਾਈਕਰੋਬਾਇਲ ਰਚਨਾ ਵਿੱਚ ਤਬਦੀਲੀਆਂ, ਵਿਅਕਤੀਗਤ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ, ਖਾਸ ਤੌਰ 'ਤੇ ਅਕਰਮੈਨਸੀਆ, ਫੇਕੈਲੀਬੈਕਟੀਰੀਅਮ, ਓਸਿਲਿਬੈਕਟਰ, ਅਲਿਸਟਾਈਪਸ, ਆਦਿ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਕਮੀ ਨਾਲ ਸੰਬੰਧਿਤ ਪਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ। .
ਹਵਾਲਾ
ਥਿੰਗਹੋਮ, LB , et al."ਟਾਈਪ 2 ਡਾਇਬਟੀਜ਼ ਵਾਲੇ ਅਤੇ ਬਿਨਾਂ ਮੋਟੇ ਵਿਅਕਤੀ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਸਮਰੱਥਾ ਅਤੇ ਰਚਨਾ ਦਿਖਾਉਂਦੇ ਹਨ।"ਸੈੱਲ ਹੋਸਟ ਅਤੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬ26.2 (2019)।
