16S/18S/ITS ਐਂਪਲੀਕਨ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ-PacBio
ਸੇਵਾ ਦੇ ਫਾਇਦੇ
● 16S/18S/ITS ਦੀ ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਦੇ ਕ੍ਰਮ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਲੰਬੇ-ਪੜ੍ਹੇ
● PacBio CCS ਮੋਡ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਨਾਲ ਬਹੁਤ ਹੀ ਸਟੀਕ ਬੇਸ ਕਾਲਿੰਗ
● OTU/ASV ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਵਿੱਚ ਸਪੀਸੀਜ਼-ਪੱਧਰ ਦਾ ਰੈਜ਼ੋਲਿਊਸ਼ਨ
● ਡਾਟਾਬੇਸ, ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ, OTU/ASV ਦੇ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਵਿਭਿੰਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣਾਂ ਦੇ ਨਾਲ ਨਵੀਨਤਮ QIIME2 ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਪ੍ਰਵਾਹ।
● ਵਿਭਿੰਨ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਕਮਿਊਨਿਟੀ ਅਧਿਐਨਾਂ ਲਈ ਲਾਗੂ
● BMK ਕੋਲ 100,000 ਤੋਂ ਵੱਧ ਨਮੂਨਿਆਂ/ਸਾਲ, ਮਿੱਟੀ, ਪਾਣੀ, ਗੈਸ, ਸਲੱਜ, ਮਲ, ਅੰਤੜੀਆਂ, ਚਮੜੀ, ਫਰਮੈਂਟੇਸ਼ਨ ਬਰੋਥ, ਕੀੜੇ-ਮਕੌੜੇ, ਪੌਦਿਆਂ ਆਦਿ ਨੂੰ ਢੱਕਣ ਦੇ ਨਾਲ ਵਿਆਪਕ ਅਨੁਭਵ ਹੈ।
● BMKCloud ਸੁਵਿਧਾਜਨਕ ਡੇਟਾ ਵਿਆਖਿਆ ਜਿਸ ਵਿੱਚ 45 ਵਿਅਕਤੀਗਤ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਟੂਲ ਹਨ
ਸੇਵਾ ਨਿਰਧਾਰਨ
| ਕ੍ਰਮਬੱਧਪਲੇਟਫਾਰਮ | ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ | ਸਿਫ਼ਾਰਸ਼ੀ ਡੇਟਾ | ਟਰਨਅਰਾਊਂਡ ਟਾਈਮ |
| PacBio ਸੀਕਵਲ II | SMRT-ਘੰਟੀ | 5K/10K/20K ਟੈਗਸ | 44 ਕੰਮਕਾਜੀ ਦਿਨ |
ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
● ਕੱਚਾ ਡਾਟਾ ਗੁਣਵੱਤਾ ਨਿਯੰਤਰਣ
● OTU ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ/ਡੀ-ਸ਼ੋਰ (ASV)
● OTU ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ
● ਅਲਫ਼ਾ ਵਿਭਿੰਨਤਾ
● ਬੀਟਾ ਵਿਭਿੰਨਤਾ
● ਅੰਤਰ-ਸਮੂਹ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
● ਪ੍ਰਯੋਗਾਤਮਕ ਕਾਰਕਾਂ ਦੇ ਵਿਰੁੱਧ ਐਸੋਸੀਏਸ਼ਨ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
● ਫੰਕਸ਼ਨ ਜੀਨ ਪੂਰਵ-ਅਨੁਮਾਨ
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ ਅਤੇ ਡਿਲਿਵਰੀ
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ:
ਲਈਡੀਐਨਏ ਕੱਡਣ:
| ਨਮੂਨਾ ਦੀ ਕਿਸਮ | ਦੀ ਰਕਮ | ਧਿਆਨ ਟਿਕਾਉਣਾ | ਸ਼ੁੱਧਤਾ |
| ਡੀਐਨਏ ਕੱਡਣ | > 1 μg | 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ਵਾਤਾਵਰਣ ਦੇ ਨਮੂਨੇ ਲਈ:
| ਨਮੂਨਾ ਕਿਸਮ | ਸਿਫ਼ਾਰਿਸ਼ ਕੀਤੀ ਨਮੂਨਾ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ |
| ਮਿੱਟੀ | ਨਮੂਨੇ ਦੀ ਮਾਤਰਾ: ਲਗਭਗ.5 g;ਬਾਕੀ ਬਚੇ ਸੁੱਕੇ ਪਦਾਰਥ ਨੂੰ ਸਤ੍ਹਾ ਤੋਂ ਹਟਾਉਣ ਦੀ ਲੋੜ ਹੈ;ਵੱਡੇ ਟੁਕੜਿਆਂ ਨੂੰ ਪੀਸ ਲਓ ਅਤੇ 2 ਮਿਲੀਮੀਟਰ ਫਿਲਟਰ ਵਿੱਚੋਂ ਲੰਘੋ;ਰਿਜ਼ਰਵੇਸ਼ਨ ਲਈ ਨਿਰਜੀਵ EP-ਟਿਊਬ ਜਾਂ cyrotube ਵਿੱਚ ਅਲੀਕੋਟ ਦੇ ਨਮੂਨੇ। |
| ਮਲ | ਨਮੂਨੇ ਦੀ ਮਾਤਰਾ: ਲਗਭਗ.5 g;ਰਿਜ਼ਰਵੇਸ਼ਨ ਲਈ ਨਿਰਜੀਵ EP-ਟਿਊਬ ਜਾਂ ਕ੍ਰਾਇਓਟਿਊਬ ਵਿੱਚ ਅਲੀਕੋਟ ਨਮੂਨੇ ਇਕੱਠੇ ਕਰੋ। |
| ਅੰਤੜੀ ਸਮੱਗਰੀ | ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ ਐਸੇਪਟਿਕ ਸਥਿਤੀ ਦੇ ਅਧੀਨ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਕਰਨ ਦੀ ਜ਼ਰੂਰਤ ਹੁੰਦੀ ਹੈ।ਪੀਬੀਐਸ ਨਾਲ ਇਕੱਠੇ ਕੀਤੇ ਟਿਸ਼ੂ ਨੂੰ ਧੋਵੋ;ਪੀ.ਬੀ.ਐੱਸ. ਨੂੰ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਕਰੋ ਅਤੇ EP-ਟਿਊਬਾਂ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰੇਸਿਪੀਟੈਂਟ ਨੂੰ ਇਕੱਠਾ ਕਰੋ। |
| ਸਲੱਜ | ਨਮੂਨੇ ਦੀ ਮਾਤਰਾ: ਲਗਭਗ.5 g;ਰਿਜ਼ਰਵੇਸ਼ਨ ਲਈ ਨਿਰਜੀਵ EP-ਟਿਊਬ ਜਾਂ ਕ੍ਰਾਇਓਟਿਊਬ ਵਿੱਚ ਅਲੀਕੋਟ ਸਲੱਜ ਦਾ ਨਮੂਨਾ ਇਕੱਠਾ ਕਰੋ |
| ਵਾਟਰਬਾਡੀ | ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਦੀ ਸੀਮਤ ਮਾਤਰਾ ਵਾਲੇ ਨਮੂਨੇ ਲਈ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਟੂਟੀ ਦਾ ਪਾਣੀ, ਖੂਹ ਦਾ ਪਾਣੀ, ਆਦਿ, ਘੱਟੋ-ਘੱਟ 1 L ਪਾਣੀ ਇਕੱਠਾ ਕਰੋ ਅਤੇ ਝਿੱਲੀ 'ਤੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਨੂੰ ਭਰਪੂਰ ਬਣਾਉਣ ਲਈ 0.22 μm ਫਿਲਟਰ ਵਿੱਚੋਂ ਲੰਘੋ।ਝਿੱਲੀ ਨੂੰ ਨਿਰਜੀਵ ਟਿਊਬ ਵਿੱਚ ਸਟੋਰ ਕਰੋ। |
| ਚਮੜੀ | ਨਿਰਜੀਵ ਕਪਾਹ ਦੇ ਫੰਬੇ ਜਾਂ ਸਰਜੀਕਲ ਬਲੇਡ ਨਾਲ ਚਮੜੀ ਦੀ ਸਤ੍ਹਾ ਨੂੰ ਧਿਆਨ ਨਾਲ ਖੁਰਚੋ ਅਤੇ ਇਸਨੂੰ ਨਿਰਜੀਵ ਟਿਊਬ ਵਿੱਚ ਰੱਖੋ। |
ਸਿਫਾਰਸ਼ੀ ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ ਤਰਲ ਨਾਈਟ੍ਰੋਜਨ ਵਿੱਚ 3-4 ਘੰਟਿਆਂ ਲਈ ਫ੍ਰੀਜ਼ ਕਰੋ ਅਤੇ ਤਰਲ ਨਾਈਟ੍ਰੋਜਨ ਜਾਂ -80 ਡਿਗਰੀ ਤੱਕ ਲੰਬੇ ਸਮੇਂ ਲਈ ਰਿਜ਼ਰਵੇਸ਼ਨ ਵਿੱਚ ਸਟੋਰ ਕਰੋ।ਸੁੱਕੀ ਬਰਫ਼ ਦੇ ਨਾਲ ਨਮੂਨਾ ਸ਼ਿਪਿੰਗ ਦੀ ਲੋੜ ਹੈ.
ਸੇਵਾ ਕਾਰਜ ਪ੍ਰਵਾਹ
ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦੀ ਉਸਾਰੀ
ਕ੍ਰਮਬੱਧ
ਡਾਟਾ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਵਿਕਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਦੀਆਂ ਸੇਵਾਵਾਂ
1. V3+V4(ਇਲੁਮਿਨਾ)-ਅਧਾਰਤ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਕਮਿਊਨਿਟੀ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲਿੰਗ ਬਨਾਮ ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ (PacBio)-ਅਧਾਰਿਤ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲਿੰਗ ਦੀ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਦਰ।
(ਅੰਕੜਿਆਂ ਲਈ ਬੇਤਰਤੀਬੇ ਚੁਣੇ ਗਏ 30 ਪ੍ਰੋਜੈਕਟਾਂ ਦਾ ਡੇਟਾ ਲਾਗੂ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ)
2. ਵੱਖ-ਵੱਖ ਨਮੂਨਾ ਕਿਸਮਾਂ ਵਿੱਚ ਸਪੀਸੀਜ਼-ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਵਾਲੇ ਐਂਪਲੀਕਨ ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਵਿਆਖਿਆ ਦਰ
3. ਸਪੀਸੀਜ਼ ਦੀ ਵੰਡ
4. ਫਾਈਲੋਜੇਨੇਟਿਕ ਰੁੱਖ
BMK ਕੇਸ
ਆਰਸੈਨਿਕ ਐਕਸਪੋਜਰ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਰੁਕਾਵਟ ਨੂੰ ਨੁਕਸਾਨ ਪਹੁੰਚਾਉਂਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਅੰਤੜੀਆਂ-ਜਿਗਰ ਦੇ ਧੁਰੇ ਦੇ ਨਤੀਜੇ ਵਜੋਂ ਸਰਗਰਮ ਹੋ ਜਾਂਦਾ ਹੈ ਜਿਸ ਨਾਲ ਬੱਤਖਾਂ ਵਿੱਚ ਜਿਗਰ ਦੀ ਸੋਜ ਅਤੇ ਪਾਈਰੋਪਟੋਸਿਸ ਹੁੰਦੀ ਹੈ।
ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ:ਕੁੱਲ ਵਾਤਾਵਰਨ ਦਾ ਵਿਗਿਆਨ,2021
ਲੜੀਬੱਧ ਰਣਨੀਤੀ:
ਨਮੂਨੇ: ਨਿਯੰਤਰਣ ਬਨਾਮ 8 ਮਿਲੀਗ੍ਰਾਮ/ਕਿਲੋਗ੍ਰਾਮ ਏਟੀਓ ਐਕਸਪੋਜ਼ਡ ਗਰੁੱਪ
ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਡਾਟਾ ਉਪਜ: ਕੁੱਲ 102,583 ਕੱਚੇ CCS ਕ੍ਰਮ
ਨਿਯੰਤਰਣ: 54,518 ± 747 ਪ੍ਰਭਾਵਸ਼ਾਲੀ ਸੀ.ਸੀ.ਐਸ
ATO-ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤਾ ਗਿਆ: 45,050 ± 1675 ਪ੍ਰਭਾਵਸ਼ਾਲੀ CCS
ਮੁੱਖ ਨਤੀਜੇ
ਅਲਫ਼ਾ ਵਿਭਿੰਨਤਾ:ATO ਐਕਸਪੋਜਰ ਨੇ ਬੱਤਖਾਂ ਵਿੱਚ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕਰੋਬਾਇਲ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਅਤੇ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਨੂੰ ਮਹੱਤਵਪੂਰਣ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਬਦਲ ਦਿੱਤਾ।
ਮੈਟਾਸਟੈਟਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ:
ਫਾਈਲਮ ਪੱਧਰ ਵਿੱਚ: 2 ਬੈਕਟੀਰੀਅਲ ਫਾਈਲਾ ਸਿਰਫ ਨਿਯੰਤਰਣ ਸਮੂਹਾਂ ਵਿੱਚ ਖੋਜਿਆ ਗਿਆ ਹੈ
ਜੀਨਸ ਦੇ ਪੱਧਰ ਵਿੱਚ: 6 ਪੀੜ੍ਹੀਆਂ ਸਾਪੇਖਿਕ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਕਾਫ਼ੀ ਵੱਖਰੀਆਂ ਪਾਈਆਂ ਗਈਆਂ ਸਨ
ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੇ ਪੱਧਰ ਵਿੱਚ: ਕੁੱਲ ਮਿਲਾ ਕੇ 36 ਕਿਸਮਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ, ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਵਿੱਚੋਂ 6 ਰੀਲੇਵੇਵ ਭਰਪੂਰਤਾ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵੱਖਰੀਆਂ ਸਨ
ਹਵਾਲਾ
ਥਿੰਗਹੋਮ, LB , et al."ਟਾਈਪ 2 ਡਾਇਬਟੀਜ਼ ਵਾਲੇ ਅਤੇ ਬਿਨਾਂ ਮੋਟੇ ਵਿਅਕਤੀ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਅੰਤੜੀਆਂ ਦੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਸਮਰੱਥਾ ਅਤੇ ਰਚਨਾ ਦਿਖਾਉਂਦੇ ਹਨ।"ਸੈੱਲ ਹੋਸਟ ਅਤੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬ26.2 (2019)।
