ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ mRNA ਕ੍ਰਮ -PacBio
ਸੇਵਾ ਦੇ ਫਾਇਦੇ
● 3'- ਅੰਤ ਤੋਂ 5'- ਅੰਤ ਤੱਕ ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਵਾਲੇ cDNA ਅਣੂ ਦਾ ਸਿੱਧਾ ਰੀਡ-ਆਊਟ
● ਕ੍ਰਮ ਬਣਤਰ ਵਿੱਚ ਆਈਐਸਓ-ਫਾਰਮ ਪੱਧਰ ਦਾ ਰੈਜ਼ੋਲਿਊਸ਼ਨ
● ਉੱਚ ਸ਼ੁੱਧਤਾ ਅਤੇ ਇਕਸਾਰਤਾ ਨਾਲ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀਆਂ
● vaours ਸਪੀਸੀਜ਼ ਲਈ ਬਹੁਤ ਹੀ ਅਨੁਕੂਲ
● 4 PacBio ਸੀਕਵਲ II ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਪਲੇਟਫਾਰਮਾਂ ਨਾਲ ਲੈਸ ਵੱਡੀ ਕ੍ਰਮ ਸਮਰੱਥਾ
● 700 ਤੋਂ ਵੱਧ Pacbio-ਆਧਾਰਿਤ RNA ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟਾਂ ਦੇ ਨਾਲ ਬਹੁਤ ਅਨੁਭਵੀ
● BMKCloud-ਆਧਾਰਿਤ ਨਤੀਜਾ ਡਿਲੀਵਰੀ: ਪਲੇਟਫਾਰਮ 'ਤੇ ਕਸਟਮਾਈਜ਼ਡ ਡਾਟਾ ਮਾਈਨਿੰਗ ਉਪਲਬਧ ਹੈ।
● ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਪੂਰਾ ਹੋਣ 'ਤੇ 3 ਮਹੀਨਿਆਂ ਲਈ ਵਿਕਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਦੀਆਂ ਸੇਵਾਵਾਂ ਵੈਧ ਹੁੰਦੀਆਂ ਹਨ
ਸੇਵਾ ਨਿਰਧਾਰਨ
ਪਲੇਟਫਾਰਮ: PacBio ਸੀਕਵਲ II
ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ: ਪੌਲੀ ਏ- ਐਨਰਿਚਡ mRNA ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ
ਸਿਫ਼ਾਰਸ਼ੀ ਡਾਟਾ ਉਪਜ: 20 Gb/ਨਮੂਨਾ (ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ 'ਤੇ ਨਿਰਭਰ ਕਰਦਾ ਹੈ)
FLNC（%）： ≥75%
*FLNC: ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਦੇ ਗੈਰ-ਚਾਇਮੇਰਿਕ ਟ੍ਰਾਂਸਸਿਪਟਸ
ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
● ਕੱਚਾ ਡਾਟਾ ਪ੍ਰੋਸੈਸਿੰਗ
● ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਪਛਾਣ
● ਕ੍ਰਮ ਬਣਤਰ
● ਸਮੀਕਰਨ ਮਾਤਰਾ
● ਫੰਕਸ਼ਨ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ ਅਤੇ ਡਿਲਿਵਰੀ
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ:
ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡਸ:
| Conc.(ng/μl) | ਮਾਤਰਾ (μg) | ਸ਼ੁੱਧਤਾ | ਇਮਾਨਦਾਰੀ |
| ≥ 120 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ਜੈੱਲ 'ਤੇ ਦਿਖਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀਮਤ ਜਾਂ ਕੋਈ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਜਾਂ ਡੀਐਨਏ ਗੰਦਗੀ ਨਹੀਂ ਹੈ। | ਪੌਦਿਆਂ ਲਈ: RIN≥7.5; ਜਾਨਵਰਾਂ ਲਈ: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; ਸੀਮਤ ਜਾਂ ਕੋਈ ਬੇਸਲਾਈਨ ਉਚਾਈ ਨਹੀਂ |
ਟਿਸ਼ੂ: ਭਾਰ (ਸੁੱਕਾ):≥1 ਗ੍ਰਾਮ
*5 ਮਿਲੀਗ੍ਰਾਮ ਤੋਂ ਛੋਟੇ ਟਿਸ਼ੂ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਫਲੈਸ਼ ਫਰੋਜ਼ਨ (ਤਰਲ ਨਾਈਟ੍ਰੋਜਨ ਵਿੱਚ) ਟਿਸ਼ੂ ਨਮੂਨੇ ਭੇਜਣ ਦੀ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਕਰਦੇ ਹਾਂ।
ਸੈੱਲ ਮੁਅੱਤਲ:ਸੈੱਲ ਗਿਣਤੀ = 3×106- 1×107
*ਅਸੀਂ ਜੰਮੇ ਹੋਏ ਸੈੱਲ ਲਾਈਸੇਟ ਨੂੰ ਭੇਜਣ ਦੀ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਕਰਦੇ ਹਾਂ।ਜੇਕਰ ਸੈੱਲ 5×10 ਤੋਂ ਘੱਟ ਗਿਣਦਾ ਹੈ5, ਤਰਲ ਨਾਈਟ੍ਰੋਜਨ ਵਿੱਚ ਫਲੈਸ਼ ਫ੍ਰੀਜ਼ ਕਰਨ ਦੀ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਮਾਈਕ੍ਰੋ ਐਕਸਟਰੈਕਸ਼ਨ ਲਈ ਤਰਜੀਹੀ ਹੈ।
ਖੂਨ ਦੇ ਨਮੂਨੇ:ਵਾਲੀਅਮ≥1 ਮਿ.ਲੀ
ਸੂਖਮ ਜੀਵ:ਪੁੰਜ ≥ 1 ਜੀ
ਸਿਫਾਰਸ਼ੀ ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਕੰਟੇਨਰ:
2 ਮਿਲੀਲੀਟਰ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਟਿਊਬ (ਟਿਨ ਫੁਆਇਲ ਦੀ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਨਹੀਂ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ)
ਨਮੂਨਾ ਲੇਬਲਿੰਗ: ਸਮੂਹ + ਨਕਲ ਜਿਵੇਂ ਕਿ A1, A2, A3;B1, B2, B3...
ਸ਼ਿਪਮੈਂਟ:
1. ਸੁੱਕੀ ਬਰਫ਼: ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ ਬੈਗਾਂ ਵਿੱਚ ਪੈਕ ਕਰਨ ਅਤੇ ਸੁੱਕੀ ਬਰਫ਼ ਵਿੱਚ ਦਫ਼ਨਾਉਣ ਦੀ ਲੋੜ ਹੁੰਦੀ ਹੈ।
2. RNAstable ਟਿਊਬ: RNA ਨਮੂਨੇ RNA ਸਥਿਰਤਾ ਟਿਊਬ (ਜਿਵੇਂ ਕਿ RNAstable®) ਵਿੱਚ ਸੁਕਾਏ ਜਾ ਸਕਦੇ ਹਨ ਅਤੇ ਕਮਰੇ ਦੇ ਤਾਪਮਾਨ ਵਿੱਚ ਭੇਜੇ ਜਾ ਸਕਦੇ ਹਨ।
ਸੇਵਾ ਕਾਰਜ ਪ੍ਰਵਾਹ
ਪ੍ਰਯੋਗ ਡਿਜ਼ਾਈਨ
ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਆਰਐਨਏ ਕੱਢਣ
ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦੀ ਉਸਾਰੀ
ਕ੍ਰਮਬੱਧ
ਡਾਟਾ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਵਿਕਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਦੀਆਂ ਸੇਵਾਵਾਂ
1.FLNC ਲੰਬਾਈ ਦੀ ਵੰਡ
ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਗੈਰ-ਚਾਇਮੇਰਿਕ ਰੀਡ (FLNC) ਦੀ ਲੰਬਾਈ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਨਿਰਮਾਣ ਵਿੱਚ cDNA ਦੀ ਲੰਬਾਈ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀ ਹੈ।ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਨਿਰਮਾਣ ਦੀ ਗੁਣਵੱਤਾ ਦਾ ਮੁਲਾਂਕਣ ਕਰਨ ਲਈ FLNC ਲੰਬਾਈ ਦੀ ਵੰਡ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਸੂਚਕ ਹੈ।
FLNC ਪੜ੍ਹਨ ਦੀ ਲੰਬਾਈ ਦੀ ਵੰਡ
2. ORF ਖੇਤਰ ਦੀ ਲੰਬਾਈ ਦੀ ਵੰਡ ਨੂੰ ਪੂਰਾ ਕਰੋ
ਅਸੀਂ ਯੂਨੀਜੀਨ ਸੈੱਟ ਬਣਾਉਣ ਲਈ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਕੋਡਿੰਗ ਖੇਤਰਾਂ ਅਤੇ ਸੰਬੰਧਿਤ ਅਮੀਨੋ ਐਸਿਡ ਕ੍ਰਮਾਂ ਦੀ ਭਵਿੱਖਬਾਣੀ ਕਰਨ ਲਈ ਟਰਾਂਸਡੀਕੋਡਰ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹਾਂ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਸਾਰੇ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਪੂਰੀ ਗੈਰ-ਰਿਡੰਡੈਂਟ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟ ਜਾਣਕਾਰੀ ਹੁੰਦੀ ਹੈ।
ORF ਖੇਤਰ ਦੀ ਲੰਬਾਈ ਦੀ ਵੰਡ ਨੂੰ ਪੂਰਾ ਕਰੋ
3.KEGG ਮਾਰਗ ਸੰਸ਼ੋਧਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਵੱਖਰੇ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤੇ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਾਂ (DETs) ਨੂੰ PacBio ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਡੇਟਾ ਦੁਆਰਾ ਤਿਆਰ ਕੀਤੇ ਗਏ ਪੂਰੇ-ਲੰਬਾਈ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟ ਸੈੱਟਾਂ 'ਤੇ NGS-ਅਧਾਰਿਤ ਆਰਐਨਏ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਡੇਟਾ ਨੂੰ ਇਕਸਾਰ ਕਰਕੇ ਪਛਾਣਿਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ।ਇਹ ਡੀਈਟੀ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣਾਂ ਲਈ ਅੱਗੇ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਕਰ ਸਕਦੇ ਹਨ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਕੇਈਜੀਜੀ ਪਾਥਵੇਅ ਐਨਰੀਚਮੈਂਟ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ।
ਡੀਈਟੀ ਕੇਈਜੀਜੀ ਪਾਥਵੇਅ ਇਨਰਿਚਮੈਂਟ - ਡੌਟ ਪਲਾਟ
BMK ਕੇਸ
ਪੋਪੁਲਸ ਸਟੈਮ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਦੀ ਵਿਕਾਸਸ਼ੀਲ ਗਤੀਸ਼ੀਲਤਾ
ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ: ਪਲਾਂਟ ਬਾਇਓਟੈਕਨਾਲੋਜੀ ਜਰਨਲ, 2019
ਲੜੀਬੱਧ ਰਣਨੀਤੀ:
ਨਮੂਨਾ ਸੰਗ੍ਰਹਿ:ਸਟੈਮ ਖੇਤਰ: ਨੈਨਲਿਨ 895 ਤੋਂ ਸਿਖਰ, ਪਹਿਲਾ ਇੰਟਰਨੋਡ (IN1), ਦੂਜਾ ਇੰਟਰਨੋਡ (IN2), ਤੀਜਾ ਇੰਟਰਨੋਡ (IN3), ਇੰਟਰਨੋਡ (IN4) ਅਤੇ ਇੰਟਰਨੋਡ (IN5)
NGS-ਕ੍ਰਮ:15 ਵਿਅਕਤੀਆਂ ਦੇ ਆਰਐਨਏ ਨੂੰ ਇੱਕ ਜੈਵਿਕ ਨਮੂਨੇ ਵਜੋਂ ਪੂਲ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।NGS ਕ੍ਰਮ ਲਈ ਹਰੇਕ ਬਿੰਦੂ ਦੇ ਤਿੰਨ ਜੈਵਿਕ ਪ੍ਰਤੀਕ੍ਰਿਤੀਆਂ ਦੀ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ
TGS-ਕ੍ਰਮ:ਸਟੈਮ ਖੇਤਰਾਂ ਨੂੰ ਤਿੰਨ ਖੇਤਰਾਂ ਵਿੱਚ ਵੰਡਿਆ ਗਿਆ ਸੀ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਸਿਖਰ, IN1-IN3 ਅਤੇ IN4-IN5।ਹਰੇਕ ਖੇਤਰ ਨੂੰ ਚਾਰ ਕਿਸਮਾਂ ਦੀਆਂ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀਆਂ ਦੇ ਨਾਲ PacBio ਕ੍ਰਮ ਲਈ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb ਅਤੇ 3-10 kb।
ਮੁੱਖ ਨਤੀਜੇ
1. ਕੁੱਲ 87150 ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਦੀਆਂ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀਆਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ, 2081 ਨਾਵਲ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਅਤੇ 62058 ਨਾਵਲ ਵਿਕਲਪਕ ਸਪਲਾਈਡ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।
2.1187 lncRNA ਅਤੇ 356 ਫਿਊਜ਼ਨ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।
3. ਪ੍ਰਾਇਮਰੀ ਵਿਕਾਸ ਤੋਂ ਸੈਕੰਡਰੀ ਵਿਕਾਸ ਤੱਕ, 995 ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਵਾਲੇ ਜੀਨਾਂ ਵਿੱਚੋਂ 15838 ਵੱਖਰੇ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤੇ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀਆਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।ਸਾਰੇ ਡੀਈਜੀ ਵਿੱਚ, 1216 ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨ ਕਾਰਕ ਸਨ, ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਵਿੱਚੋਂ ਜ਼ਿਆਦਾਤਰ ਦੀ ਅਜੇ ਤੱਕ ਰਿਪੋਰਟ ਨਹੀਂ ਕੀਤੀ ਗਈ ਹੈ।
4.GO ਸੰਸ਼ੋਧਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਪ੍ਰਾਇਮਰੀ ਅਤੇ ਸੈਕੰਡਰੀ ਵਿਕਾਸ ਵਿੱਚ ਸੈੱਲ ਡਿਵੀਜ਼ਨ ਅਤੇ ਆਕਸੀਕਰਨ-ਘਟਾਉਣ ਦੀ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਦੇ ਮਹੱਤਵ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤਾ।
ਵਿਕਲਪਕ ਵੰਡਣ ਦੀਆਂ ਘਟਨਾਵਾਂ ਅਤੇ ਵੱਖੋ-ਵੱਖਰੇ ਆਈਸੋਫਾਰਮ
ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨ ਕਾਰਕਾਂ 'ਤੇ WGCNA ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਹਵਾਲਾ
ਚਾਓ Q, ਗਾਓ ZF, Zhang D, et al.ਪੋਪੁਲਸ ਸਟੈਮ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਦੀ ਵਿਕਾਸਸ਼ੀਲ ਗਤੀਸ਼ੀਲਤਾ।ਪਲਾਂਟ ਬਾਇਓਟੈਕਨੌਲ ਜੇ. 2019;17(1):206-219।doi:10.1111/pbi.12958
