ਮੈਟਾਜੇਨੋਮਿਕ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ (NGS)
ਸੇਵਾ ਦੇ ਫਾਇਦੇ
Øਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਕਮਿਊਨਿਟੀ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲਿੰਗ ਲਈ ਅਲੱਗ-ਥਲੱਗ ਅਤੇ ਕਾਸ਼ਤ-ਮੁਕਤ
Øਵਾਤਾਵਰਣ ਦੇ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਘੱਟ-ਭਰਪੂਰ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦਾ ਪਤਾ ਲਗਾਉਣ ਵਿੱਚ ਉੱਚ ਰੈਜ਼ੋਲੂਸ਼ਨ
Ø"ਮੈਟਾ-" ਦਾ ਵਿਚਾਰ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਪੱਧਰ, ਸਪੀਸੀਜ਼ ਪੱਧਰ ਅਤੇ ਜੀਨ ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਸਾਰੀਆਂ ਜੈਵਿਕ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਨੂੰ ਏਕੀਕ੍ਰਿਤ ਕਰਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਇੱਕ ਗਤੀਸ਼ੀਲ ਦ੍ਰਿਸ਼ਟੀਕੋਣ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਜੋ ਅਸਲੀਅਤ ਦੇ ਨੇੜੇ ਹੈ।
ØBMK 10,000 ਤੋਂ ਵੱਧ ਨਮੂਨਿਆਂ ਦੀ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਦੇ ਨਾਲ ਵਿਭਿੰਨ ਨਮੂਨੇ ਕਿਸਮਾਂ ਵਿੱਚ ਵਿਸ਼ਾਲ ਤਜ਼ਰਬਾ ਇਕੱਠਾ ਕਰਦਾ ਹੈ।
ਸੇਵਾ ਨਿਰਧਾਰਨ
| ਕ੍ਰਮਬੱਧਪਲੇਟਫਾਰਮ | ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ | ਸਿਫ਼ਾਰਸ਼ੀ ਡਾਟਾ ਉਪਜ | ਅਨੁਮਾਨਿਤ ਵਾਰੀ-ਵਾਰੀ ਸਮਾਂ |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K ਟੈਗਸ | 30 ਦਿਨ |
ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
üਕੱਚਾ ਡਾਟਾ ਗੁਣਵੱਤਾ ਕੰਟਰੋਲ
üMetagenome ਅਸੈਂਬਲੀ
üਗੈਰ-ਰਿਡੰਡੈਂਟ ਜੀਨ ਸੈੱਟ ਅਤੇ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ
üਸਪੀਸੀਜ਼ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
üਜੈਨੇਟਿਕ ਫੰਕਸ਼ਨ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
üਅੰਤਰ-ਸਮੂਹ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
üਪ੍ਰਯੋਗਾਤਮਕ ਕਾਰਕਾਂ ਦੇ ਵਿਰੁੱਧ ਐਸੋਸੀਏਸ਼ਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ ਅਤੇ ਡਿਲਿਵਰੀ
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ:
ਲਈਡੀਐਨਏ ਕੱਡਣ:
| ਨਮੂਨਾ ਦੀ ਕਿਸਮ | ਦੀ ਰਕਮ | ਧਿਆਨ ਟਿਕਾਉਣਾ | ਸ਼ੁੱਧਤਾ |
| ਡੀਐਨਏ ਕੱਡਣ | > 30 ਐਨ.ਜੀ | 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ਵਾਤਾਵਰਣ ਦੇ ਨਮੂਨੇ ਲਈ:
| ਨਮੂਨਾ ਕਿਸਮ | ਸਿਫ਼ਾਰਿਸ਼ ਕੀਤੀ ਨਮੂਨਾ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ |
| ਮਿੱਟੀ | ਨਮੂਨੇ ਦੀ ਮਾਤਰਾ: ਲਗਭਗ.5 g;ਬਾਕੀ ਬਚੇ ਸੁੱਕੇ ਪਦਾਰਥ ਨੂੰ ਸਤ੍ਹਾ ਤੋਂ ਹਟਾਉਣ ਦੀ ਲੋੜ ਹੈ;ਵੱਡੇ ਟੁਕੜਿਆਂ ਨੂੰ ਪੀਸ ਲਓ ਅਤੇ 2 ਮਿਲੀਮੀਟਰ ਫਿਲਟਰ ਵਿੱਚੋਂ ਲੰਘੋ;ਰਿਜ਼ਰਵੇਸ਼ਨ ਲਈ ਨਿਰਜੀਵ EP-ਟਿਊਬ ਜਾਂ cyrotube ਵਿੱਚ ਅਲੀਕੋਟ ਨਮੂਨੇ। |
| ਮਲ | ਨਮੂਨੇ ਦੀ ਮਾਤਰਾ: ਲਗਭਗ.5 g;ਰਿਜ਼ਰਵੇਸ਼ਨ ਲਈ ਨਿਰਜੀਵ EP-ਟਿਊਬ ਜਾਂ ਕ੍ਰਾਇਓਟਿਊਬ ਵਿੱਚ ਅਲੀਕੋਟ ਨਮੂਨੇ ਇਕੱਠੇ ਕਰੋ। |
| ਅੰਤੜੀ ਸਮੱਗਰੀ | ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ ਐਸੇਪਟਿਕ ਸਥਿਤੀ ਦੇ ਅਧੀਨ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਕਰਨ ਦੀ ਜ਼ਰੂਰਤ ਹੁੰਦੀ ਹੈ।ਪੀਬੀਐਸ ਨਾਲ ਇਕੱਠੇ ਕੀਤੇ ਟਿਸ਼ੂ ਨੂੰ ਧੋਵੋ;ਪੀ.ਬੀ.ਐੱਸ. ਨੂੰ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਕਰੋ ਅਤੇ EP-ਟਿਊਬਾਂ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰਿਪੇਟੈਂਟ ਨੂੰ ਇਕੱਠਾ ਕਰੋ। |
| ਸਲੱਜ | ਨਮੂਨੇ ਦੀ ਮਾਤਰਾ: ਲਗਭਗ.5 g;ਰਿਜ਼ਰਵੇਸ਼ਨ ਲਈ ਨਿਰਜੀਵ EP-ਟਿਊਬ ਜਾਂ ਕ੍ਰਾਇਓਟਿਊਬ ਵਿੱਚ ਅਲੀਕੋਟ ਸਲੱਜ ਦਾ ਨਮੂਨਾ ਇਕੱਠਾ ਕਰੋ |
| ਵਾਟਰਬਾਡੀ | ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਦੀ ਸੀਮਤ ਮਾਤਰਾ ਵਾਲੇ ਨਮੂਨੇ ਲਈ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਟੂਟੀ ਦਾ ਪਾਣੀ, ਖੂਹ ਦਾ ਪਾਣੀ, ਆਦਿ, ਘੱਟੋ-ਘੱਟ 1 ਲੀਟਰ ਪਾਣੀ ਇਕੱਠਾ ਕਰੋ ਅਤੇ ਝਿੱਲੀ 'ਤੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਨੂੰ ਭਰਪੂਰ ਬਣਾਉਣ ਲਈ 0.22 μm ਫਿਲਟਰ ਵਿੱਚੋਂ ਲੰਘੋ।ਝਿੱਲੀ ਨੂੰ ਨਿਰਜੀਵ ਟਿਊਬ ਵਿੱਚ ਸਟੋਰ ਕਰੋ। |
| ਚਮੜੀ | ਨਿਰਜੀਵ ਕਪਾਹ ਦੇ ਫੰਬੇ ਜਾਂ ਸਰਜੀਕਲ ਬਲੇਡ ਨਾਲ ਚਮੜੀ ਦੀ ਸਤ੍ਹਾ ਨੂੰ ਧਿਆਨ ਨਾਲ ਖੁਰਚੋ ਅਤੇ ਇਸਨੂੰ ਨਿਰਜੀਵ ਟਿਊਬ ਵਿੱਚ ਰੱਖੋ। |
ਸਿਫਾਰਸ਼ੀ ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ ਤਰਲ ਨਾਈਟ੍ਰੋਜਨ ਵਿੱਚ 3-4 ਘੰਟਿਆਂ ਲਈ ਫ੍ਰੀਜ਼ ਕਰੋ ਅਤੇ ਤਰਲ ਨਾਈਟ੍ਰੋਜਨ ਜਾਂ -80 ਡਿਗਰੀ ਤੱਕ ਲੰਬੇ ਸਮੇਂ ਲਈ ਰਿਜ਼ਰਵੇਸ਼ਨ ਵਿੱਚ ਸਟੋਰ ਕਰੋ।ਸੁੱਕੀ ਬਰਫ਼ ਨਾਲ ਨਮੂਨਾ ਸ਼ਿਪਿੰਗ ਦੀ ਲੋੜ ਹੈ।
ਸੇਵਾ ਕਾਰਜ ਪ੍ਰਵਾਹ
ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦੀ ਉਸਾਰੀ
ਕ੍ਰਮਬੱਧ
ਡਾਟਾ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਵਿਕਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਦੀਆਂ ਸੇਵਾਵਾਂ
1. ਹਿਸਟੋਗ੍ਰਾਮ: ਸਪੀਸੀਜ਼ ਡਿਸਟ੍ਰੀਬਿਊਸ਼ਨ
2. ਕੇਈਜੀਜੀ ਮੈਟਾਬੋਲਿਕ ਮਾਰਗਾਂ ਨੂੰ ਐਨੋਟੇਟ ਕੀਤੇ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਜੀਨ
3. ਹੀਟ ਮੈਪ: ਸਾਪੇਖਿਕ ਜੀਨ ਦੀ ਭਰਪੂਰਤਾ ਦੇ ਅਧਾਰ ਤੇ ਵਿਭਿੰਨ ਕਾਰਜ
4. CARD ਐਂਟੀਬਾਇਓਟਿਕ ਪ੍ਰਤੀਰੋਧੀ ਜੀਨਾਂ ਦਾ ਸਰਕੋਸ
BMK ਕੇਸ
ਮਿੱਟੀ-ਮੈਂਗਰੋਵ ਰੂਟ ਨਿਰੰਤਰਤਾ ਦੇ ਨਾਲ ਐਂਟੀਬਾਇਓਟਿਕ ਪ੍ਰਤੀਰੋਧੀ ਜੀਨਾਂ ਅਤੇ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਦੇ ਰੋਗਾਣੂਆਂ ਦਾ ਪ੍ਰਸਾਰ
ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ:ਖਤਰਨਾਕ ਪਦਾਰਥਾਂ ਦਾ ਜਰਨਲ, 2021
ਲੜੀਬੱਧ ਰਣਨੀਤੀ:
ਸਮੱਗਰੀ: ਮੈਂਗਰੋਵ ਜੜ੍ਹਾਂ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਨਮੂਨਿਆਂ ਦੇ ਚਾਰ ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੇ ਡੀਐਨਏ ਐਬਸਟਰੈਕਟ: ਅਣਪਲਾਂਟਡ ਮਿੱਟੀ, ਰਾਈਜ਼ੋਸਫੀਅਰ, ਐਪੀਸਫੀਅਰ ਅਤੇ ਐਂਡੋਸਫੀਅਰ ਕੰਪਾਰਟਮੈਂਟ
ਪਲੇਟਫਾਰਮ: Illumina HiSeq 2500
ਟੀਚੇ: Metagenome
16S rRNA ਜੀਨ V3-V4 ਖੇਤਰ
ਮੁੱਖ ਨਤੀਜੇ
ਮਿੱਟੀ ਤੋਂ ਪੌਦਿਆਂ ਵਿੱਚ ਐਂਟੀਬਾਇਓਟਿਕ ਪ੍ਰਤੀਰੋਧੀ ਜੀਨਾਂ (ARGs) ਦੇ ਪ੍ਰਸਾਰ ਦਾ ਅਧਿਐਨ ਕਰਨ ਲਈ ਮੈਂਗਰੋਵ ਦੇ ਬੂਟੇ ਦੀ ਮਿੱਟੀ-ਜੜ੍ਹ ਨਿਰੰਤਰਤਾ 'ਤੇ ਮੈਟਾਜੇਨੋਮਿਕ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਅਤੇ ਮੈਟਾਬਾਰਕੋਡਿੰਗ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲਿੰਗ ਦੀ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।ਮੈਟਾਜੇਨੋਮਿਕ ਡੇਟਾ ਨੇ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾ ਕਿ ਉੱਪਰ ਦੱਸੇ ਗਏ ਸਾਰੇ ਚਾਰ ਮਿੱਟੀ ਦੇ ਡੱਬਿਆਂ ਵਿੱਚ 91.4% ਐਂਟੀਬਾਇਓਟਿਕ ਪ੍ਰਤੀਰੋਧੀ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪਛਾਣ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ, ਜੋ ਇੱਕ ਨਿਰੰਤਰ ਫੈਸ਼ਨ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹਨ।16S rRNA ਐਂਪਲੀਕਨ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਨੇ 29,285 ਕ੍ਰਮ ਤਿਆਰ ਕੀਤੇ, 346 ਸਪੀਸੀਜ਼ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੇ ਹੋਏ।ਐਂਪਲੀਕਨ ਕ੍ਰਮ ਦੁਆਰਾ ਸਪੀਸੀਜ਼ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲਿੰਗ ਦੇ ਨਾਲ ਜੋੜ ਕੇ, ਇਹ ਪ੍ਰਸਾਰ ਰੂਟ-ਸਬੰਧਤ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਟਾ ਤੋਂ ਸੁਤੰਤਰ ਪਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ, ਹਾਲਾਂਕਿ, ਇਸ ਨੂੰ ਜੈਨੇਟਿਕ ਤੱਤਾਂ ਦੇ ਮੋਬਾਈਲ ਦੁਆਰਾ ਸਹੂਲਤ ਦਿੱਤੀ ਜਾ ਸਕਦੀ ਹੈ।ਇਸ ਅਧਿਐਨ ਨੇ ਮਿੱਟੀ ਤੋਂ ਪੌਦਿਆਂ ਵਿੱਚ ARGs ਅਤੇ ਜਰਾਸੀਮ ਦੇ ਪ੍ਰਵਾਹ ਨੂੰ ਆਪਸ ਵਿੱਚ ਜੁੜੇ ਮਿੱਟੀ-ਜੜ੍ਹ ਨਿਰੰਤਰਤਾ ਦੁਆਰਾ ਪਛਾਣਿਆ।
ਹਵਾਲਾ
ਵੈਂਗ, ਸੀ. , ਹੂ, ਆਰ. , ਸਟ੍ਰੋਂਗ, ਪੀਜੇ , ਜ਼ੁਆਂਗ, ਡਬਲਯੂ. , ਅਤੇ ਸ਼ੂ, ਐਲ.(2020)।ਮਿੱਟੀ ਦੇ ਨਾਲ-ਨਾਲ ਐਂਟੀਬਾਇਓਟਿਕ ਪ੍ਰਤੀਰੋਧੀ ਜੀਨਾਂ ਅਤੇ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਦੇ ਰੋਗਾਣੂਆਂ ਦਾ ਪ੍ਰਚਲਨ-ਮੈਂਗਰੋਵ ਰੂਟ ਨਿਰੰਤਰਤਾ।ਖਤਰਨਾਕ ਸਮੱਗਰੀਆਂ ਦਾ ਜਰਨਲ, 408, 124985 ਹੈ।
