Sekwencjonowanie amplikonów 16S/18S/ITS-NGS
Funkcje usługi
● Platforma sekwencjonowania: Illumina NovaSeq.
● Amplifikacja krótkich regionów 16S, 18S i ITS, wśród innych celów amplifikacji.
● Elastyczny wybór amplikonu.
● Poprzednie doświadczenie w projektach z wieloma celami wzmacniającymi.
Zalety usługi
●Bez izolacji:Szybka identyfikacja składu mikrobiologicznego w próbkach środowiskowych.
●Wysoka rozdzielczość:W składnikach występujących w małych ilościach w próbkach środowiskowych.
●Szeroko stosowane:Badania nad różnorodną społecznością mikroorganizmów.
●Kompleksowa analiza bioinformatyczna:Najnowszy pakiet QIIME2 (ilościowy wgląd w ekologię mikroorganizmów) z różnorodnymi analizami pod kątem bazy danych, adnotacji, OTU/ASV.
●Szeroka wiedza specjalistyczna:BMKGENE realizuje rocznie 150 tysięcy projektów sekwencjonowania amplikonów, co oznacza ponad dekadę doświadczenia, wysoko wykwalifikowany zespół analityków, wszechstronne treści i doskonałe wsparcie posprzedażowe.
Specyfikacje usług
| Biblioteka | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane |
| Amplikon | Illumina PE250 | Tagi 50/100/300 tys. (pary odczytu) |
Wymagania dotyczące usługi
| Stężenie (ng/µl) | Całkowita ilość (ng) | Objętość (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Gleba/osad: 1-2 g
● Zawartość w jelitach – zwierzę: 0,5-2 g
● Treść jelitowa – owad: 0,1-0,25 g
● Powierzchnia rośliny (wzbogacony osad): 0,1-0,5 g
● Osad wzbogacony w bulion fermentacyjny): 0,1-0,5 g
● Kał (duże zwierzęta): 0,5-2 g
● Kał (mysz): 3-5 ziaren
● Płyn z płukania pęcherzyków płucnych: bibuła filtracyjna
● Wymaz z pochwy: 5-6 wymazów
● Wymaz ze skóry/genitaliów/śliny/tkanek miękkich jamy ustnej/wymazu z gardła/wymazu z odbytu: 2-3 wymazy
● Mikroorganizmy powierzchniowe: bibuła filtracyjna
● Zbiornik wodny/powietrze/biofilm: bibuła filtracyjna
● Endofity: 1-2g
● Płytka nazębna: 0,5-1 g
Przepływ pracy serwisowej
Dostawa próbek
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Zawiera następującą analizę:
- Kontrola jakości danych surowych
- Klastrowanie OTU/De-noise (ASV)
- Adnotacja OTU
- Analiza różnorodności alfa: wiele indeksów, w tym Shannon, Simpson i ACE.
- Analiza różnorodności beta
- Analiza międzygrupowa
- Analiza korelacji: między czynnikami środowiskowymi a składem i różnorodnością OUT
- Predykcja funkcjonalnego genu 16S
Histogram rozmieszczenia taksonomicznego
mapa cieplna klastrowania liczebności taksonomicznej
Analiza różnorodności alfa: krzywa rozrzedzenia
analiza różnorodności beta: NMDS
Analiza międzygrupowa: odkrycie biomarkera LEFSE
Zapoznaj się z postępem technicznym, jaki osiągnięto dzięki usługom sekwencjonowania amplikonów BMKGene we współpracy z Illumina, przeglądając starannie dobrany zbiór publikacji.
Dong, C. i in. (2022) „Złożenie, mikrobiota rdzeniowa oraz funkcja mikrobioty glebowej i korowej ryzosfery u Eucommia ulmoides”, Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. i in. (2023) „Transplantacja syntetycznych konsorcjów bakteryjnych w leczeniu bakteryjnego zapalenia pochwy wywołanego przez Gardnerella vaginalis u myszy”, Microbiome, 11(1), s. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. i Liu, H. (2022) „Mikrobiomy pyłu powietrznego zebranego podczas naziemnego zamkniętego eksperymentu bioregeneracyjnego podtrzymywania życia „Lunar Palace 365””, Environmental Microbiomes, 17(1), s. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. i in. (2022) „Zależna od surowca obfitość genów funkcjonalnych związanych z kontrolowaną utratą azotu podczas kompostowania poprzez transformację azotu”, Bioresource Technology, 361, s. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
