Sekwencjonowanie amplikonów 16S/18S/ITS-PacBio
Funkcje usługi
● Platforma sekwencjonowania: PacBio Revio
● Tryb sekwencjonowania: CCS (odczyt HiFi)
● Amplifikacja regionu docelowego, a następnie tandemowe łączenie amplikonów przed przygotowaniem biblioteki dzwonków HiFi SMRT
Zalety usługi
●Wyższa rozdzielczość taksonomiczna: Tsekwencjonowanie krótkich amplikonów Han,umożliwiając wyższe wskaźniki klasyfikacji OTU na poziomie gatunku.
●Bardzo dokładne wywoływanie baz:Sekwencjonowanie w trybie CCS PacBio (odczyt HiFi).
●Bez izolacji:Szybka identyfikacja składu mikrobiologicznego w próbkach środowiskowych.
●Szeroko stosowane:Badania nad różnorodną społecznością mikroorganizmów.
●Kompleksowa analiza bioinformatyczna:Najnowszy pakiet QIIME2 (ilościowy wgląd w ekologię mikroorganizmów) z różnorodnymi analizami pod kątem bazy danych, adnotacji, OTU/ASV.
●Szeroka wiedza specjalistyczna:BMKGENE, realizując co roku tysiące projektów sekwencjonowania amplikonów, może pochwalić się ponad dziesięcioletnim doświadczeniem, wysoko wykwalifikowanym zespołem analityków, kompleksową ofertą usług i doskonałym wsparciem posprzedażowym.
Specyfikacje usług
| Biblioteka | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane |
| Amplikon | PacBio Revio | 10/30/50 tys. znaczników (CCS) |
Przykładowe wymagania
| Stężenie (ng/µl) | Całkowita ilość (µg) | Objętość (µL) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Zalecana dostawa próbek
Zamrozić próbki w ciekłym azocie na 3-4 godziny i przechowywać w ciekłym azocie lub w temperaturze -80 stopni Celsjusza w celu długoterminowego przechowywania. Wymagany jest transport próbek z suchym lodem.
Przepływ pracy serwisowej
Dostawa próbek
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Zawiera następującą analizę:
●Kontrola jakości danych surowych
●Klastrowanie/odszumianie OTU (ASV)
●Adnotacja OTU
●Analiza różnorodności alfa: wiele indeksów, w tym Shannon, Simpson i ACE.
●Analiza różnorodności beta
●Analiza międzygrupowa
●Analiza korelacji: między czynnikami środowiskowymi a składem i różnorodnością OUT
●Prognozowanie funkcjonalnego genu 16S
Histogram rozmieszczenia taksonomicznego
Drzewo filogenetyczne dystrybucji społeczności
Analiza różnorodności alfa: ACE
indeks
Analiza różnorodności beta: PCoA
Analiza międzygrupowa: ANOVA
Zapoznaj się z postępem technicznym, jaki osiągnięto dzięki usługom sekwencjonowania amplikonów BMKGene we współpracy z PacBio, przeglądając starannie dobrany zbiór publikacji.
Gao, X. i Wang, H. (2023) „Analiza porównawcza profili i funkcji bakterii żwacza podczas adaptacji do odmiennej fenologii (zielona vs. trawiasta) u owiec merynosów alpejskich w dwóch fazach wzrostu na alpejskiej łące”, Fermentation, 9(1), s. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. i in. (2023) „Wychwytywanie ciemnej materii mikrobiologicznej w glebach pustynnych z wykorzystaniem metagenomiki opartej na kulturomice i analizie o wysokiej rozdzielczości”, npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), s. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. i in. (2022) „Wpływ soli kwasów tłuszczowych na charakterystykę fermentacji, różnorodność bakterii i stabilność tlenową mieszanej kiszonki przygotowanej z lucerny, słomy ryżowej i otrębów pszennych”, Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), s. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. i in. (2023) „Interakcja między biomarkerami stresu oksydacyjnego a mikrobiotą jelitową w efektach antyoksydacyjnych ekstraktów z Sonchus brachyotus DC. w stresie oksydacyjnym jelit wywołanym oksazolonem u dorosłych danio pręgowanego”, Antioxidants 2023, tom 12, strona 192, 12(1), s. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
