Badanie chromatyny dostępnej dla transpozazy z wykorzystaniem sekwencjonowania o wysokiej przepustowości (ATAC-seq)
Funkcje usługi
● Do wykonania usługi potrzebne są próbki tkanek, a nie wyekstrahowane kwasy nukleinowe, aby zachować interakcje DNA-białko.
● Metoda ATAC obejmuje dysocjację tkanki, a następnie izolację jąder, obróbkę i oczyszczanie Tn5, amplifikację PCR, selekcję wielkości i sekwencjonowanie.
● Sekwencjonowanie w Illumina NovaSeq
Zalety usługi
●Wysoka czułość:niewielka liczba komórek wyjściowych jest wystarczająca do przygotowania biblioteki i sekwencjonowania.
●Wysoce informacyjna technika:jednocześnie ujawnia genomiczne lokalizacje otwartej chromatyny i aktywnych elementów regulacyjnych, takich jak miejsca wiązania czynników transkrypcyjnych.
●Dobra powtarzalność eksperymentalna:repliki techniczne charakteryzują się doskonałą powtarzalnością.
●Szeroka wiedza specjalistyczna:BMKGENE może pochwalić się setkami pomyślnie zrealizowanych projektów sekwencjonowania ATAC, ponad dziesięcioletnim doświadczeniem, wysoko wykwalifikowanym zespołem analityków, kompleksową ofertą usług i doskonałym wsparciem posprzedażowym.
●Możliwość połączenia z analizą transkryptomiczną:umożliwiając zintegrowaną analizę sekwencji ATAC z innymi danymi omics, takimi jak sekwencja RNA.
● Kompleksowa analiza bioinformatyczna:umożliwia nie tylko identyfikację otwartych regionów chromatyny i odpowiadającej im funkcjonalności (promotory, UT, eksony, introny), ale także analizę różnic pomiędzy otwartymi regionami chromatyny w różnych próbkach.
Specyfikacje usług
| Biblioteka | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane wyjściowe | Kontrola jakości |
| ATAC-sekwencja | Illumina PE150 | > 20 mln odczytów W zależności od rozmiaru genomu (człowiek: 50 M odczytów) | Q30≥85% |
Przykładowe wymagania
Typ próbek: tkanki, komórki żywe lub mrożone, krew
● Liczba komórek: ≥ 106komórki
● Masa tkanki: ≥ 200 mg świeżej tkanki
● Krew: ≥ 4 ml
Przepływ pracy serwisowej
Projekt eksperymentu
Dostawa próbek
Ekstrakcja DNA
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Zawiera następującą analizę:
● Kontrola jakości danych surowych;
● Szczytowe wywołanie na podstawie mapowania na genom referencyjny;
● Adnotacja genu dotycząca położenia szczytu;
● Analiza motywów: identyfikacja miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych (TFBS);
● Analiza różnicowych szczytów i adnotacje.
1. Mapa cieplna rozkładu odczytów ATAC w TSS i regionach sąsiednich (±3 kb)
2. Dystrybucja otwartego regionu chromatyny w różnych składnikach genomu
3.Różnica szczytowych połączeń między grupami
Zapoznaj się z postępem badań naukowych, jakie umożliwiły usługi sekwencjonowania ATAC firmy BMKGene, za pośrednictwem starannie dobranego zbioru publikacji.
Fu, A.i wsp.(2023) „Złożenie genomu telomer-telomer gorzkiego melona (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) ujawnia genetyczne cechy rozwoju, składu i dojrzewania owoców”,Badania ogrodnicze, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Gong, B.i wsp.(2023) „Aktywacja epigenetyczna i transkrypcyjna kinazy wydzielniczej FAM20C jako onkogenu w glejaku”,Czasopismo Genetyki i Genomiki, 50(6), s. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Hej.i wsp.(2023) „Maślan odwraca oporność na ferroptozę w raku jelita grubego poprzez indukowanie zależnej od c-Fos supresji xCT”,Biologia redoks, 65, s. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
