Zgromadzenie genomu bakteryjnego de novo
Oferujemy kompleksową usługę montażu genomu bakteryjnego, gwarantując brak luk. Jest to możliwe dzięki integracji technologii sekwencjonowania długich odczytów, takich jak Nanopore i PacBio do montażu i sekwencjonowania krótkich odczytów, z Illumina do walidacji montażu i korekcji błędów odczytów ONT. Nasza usługa zapewnia kompletny proces bioinformatyczny, od montażu, przez adnotację funkcjonalną, po zaawansowaną analizę bioinformatyczną, spełniając konkretne cele badawcze. Usługa ta umożliwia opracowanie precyzyjnych genomów referencyjnych do różnych badań genetycznych i genomicznych. Ponadto stanowi ona podstawę dla takich zastosowań, jak optymalizacja szczepów, inżynieria genetyczna i rozwój technologii mikrobiologicznych, zapewniając wiarygodne i pozbawione luk dane genomiczne, kluczowe dla rozwoju wiedzy naukowej i innowacji biotechnologicznych.
Funkcje usługi
● Do wyboru są dwie opcje, w zależności od pożądanego stopnia kompletności genomu.
● Opcja wersji roboczej genomu: Sekwencjonowanie krótkich odczytów przy użyciu Illumina NovaSeq PE150.
● Kompletny genom bez przerw.
● Sekwencjonowanie długich odczytów na Nanopore PromethION 48 lub PacBio Revio w celu złożenia genomu.
● Sekwencjonowanie krótkich odczytów na Illumina NovaSeq w celu walidacji genomu i korekcji błędów (Nanopore) lub wygenerowania projektu genomu.
Zalety usługi
●Gwarancja genomu bez luk:Dzieje się tak dzięki połączeniu sekwencjonowania Illumina z sekwencjonowaniem długich odczytów (Nanopore lub PacBio).
●Kompletny obieg pracy bioinformatycznej:Obejmuje to składanie genomu i przewidywanie wielu elementów genomowych, funkcjonalną adnotację genów i wizualizację genomu, np. na wykresie Circos.
●Szeroka wiedza specjalistyczna: Firma BMKGENE dysponuje ponad dziesięcioletnim doświadczeniem, wysoko wykwalifikowanym zespołem analityków, kompleksową ofertą usług i doskonałym wsparciem posprzedażowym, dzięki czemu zgromadziła ponad 20 000 genomów mikrobiologicznych.
●Wsparcie posprzedażowe:Nasze zaangażowanie wykracza poza ukończenie projektu i obejmuje 3-miesięczny okres obsługi posprzedażowej. W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania dotyczące wyników.
●Dostępne są różne strategie sekwencjonowania:Dla różnych celów badawczych i wymagań kompletności genomu.
Specyfikacje usług
| Praca | Strategia sekwencjonowania |
| Projekt genomu | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genome | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (opcjonalnie) |
Przykładowe wymagania:
| Stężenie (ng/µl) | Całkowita ilość (µg) | Objętość (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1,0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bakterie: ≥3,5x1010 komórki
Przepływ pracy serwisowej
Dostawa próbek
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Zawiera następującą analizę:
● Kontrola jakości danych sekwencjonowania
● Montaż genomu
● Analiza składników genomu: przewidywanie CDS i wielu elementów genomowych
● Adnotacja funkcjonalna z wieloma ogólnymi bazami danych (GO, KEGG itp.) i zaawansowanymi bazami danych (CARD, CAZy itp.)
● Wizualizacja genomu
Udostępniamy genom w łatwo dostępnym formacie fasta oraz plik adnotacji genomu (gff).
Adnotacja genu – GO
Adnotacja genu – węglowodany CAZY
Wizualizacja genomu – wykres Circos
Zapoznaj się z postępem technicznym, jaki osiągnęły usługi BMKGene w zakresie składania genomu bakterii, przeglądając starannie dobrany zbiór publikacji.
Dai, W. i in. (2023) „Odkrycie bakterii Bacteroides uniformis F18-22 jako bezpiecznej i nowej bakterii probiotycznej do leczenia wrzodziejącego zapalenia jelita grubego w zdrowym jelicie grubym człowieka”,Międzynarodowe czasopismo nauk molekularnych, 24(19), s. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. i in. (2021) „Wielooporne izolaty Proteus mirabilis przenoszące blaOXA-1 i blaNDM-1 pochodzące od dzikich zwierząt w Chinach: rosnące ryzyko dla zdrowia publicznego”,Zoologia integracyjna, 16(6), s. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT i in. (2017) „Pełna sekwencja genomu endofitu Bacillus flexus KLBMP 4941 ujawnia mechanizm wspomagania wzrostu roślin i genetyczną podstawę tolerancji na sól”,Czasopismo Biotechnologii, 260, s. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. i in. (2021) „Plazmidy oporności wieloreplikonowej Klebsiella pośredniczą w rozległym rozprzestrzenianiu genów przeciwdrobnoustrojowych”,Granice mikrobiologii, 12, s. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
