Sekwencjonowanie CircRNA-Illumina
Cechy
● usuwanie rRNA z następującym po nim kierunkowym przygotowaniem biblioteki, umożliwiającym sekwencjonowanie danych specyficznych dla nici.
● Bioinformatyczny przepływ pracy umożliwia przewidywanie circRNA i ilościowe określenie ekspresji.
Zalety usługi
●Szeroka wiedza specjalistyczna:Przetworzyliśmy ponad 20 000 próbek o zróżnicowanym charakterze. Do każdego projektu wnosimy bogactwo naszej wiedzy specjalistycznej.
●Rygorystyczna kontrola jakościWdrażamy kluczowe punkty kontroli na wszystkich etapach, od przygotowania próbek, przez przygotowanie biblioteki, sekwencjonowanie, po bioinformatykę. Nasz skrupulatny monitoring gwarantuje dostarczanie wyników o niezmiennie wysokiej jakości.
●Bardziej kompleksowe biblioteki RNA:W naszych przygotowaniach przedbibliotecznych stosujemy usuwanie rRNA zamiast liniowego usuwania RNA, co gwarantuje, że dane sekwencjonowania obejmują nie tylko circRNA, ale także mRNA i lncRNA, co umożliwia wspólną analizę tych zestawów danych.
●Opcjonalna analiza konkurencyjnych sieci endogennego RNA (ceRNA): Zapewniając głębszy wgląd w mechanizmy regulacyjne komórek.
● Wsparcie posprzedażoweRozumiemy, jak ważna jest obecność na miejscu, dlatego nasze zaangażowanie wykracza poza etap końcowy projektu, oferując 3-miesięczny okres obsługi posprzedażowej. W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania dotyczące wyników.
Wymagania dotyczące próbek i dostawa
| Biblioteka | Platforma | Zalecane dane | Kontrola jakości danych |
| Biblioteka kierunkowa wyczerpana z rRNA | Illumina PE150 | 16-20 GB | Q30≥85% |
Przykładowe wymagania:
Nukleotydy:
| Stężenie (ng/μl) | Ilość (μg) | Czystość | Uczciwość |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na żelu widoczne jest ograniczone lub żadne zanieczyszczenie białkiem lub DNA. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ograniczona lub brak wysokości linii bazowej |
● Rośliny:
Korzeń, łodyga lub płatek: 450 mg
Liść lub nasiono: 300 mg
Owoce: 1,2 g
● Zwierzę:
Serce lub jelita: 450 mg
Wnętrzności lub mózg: 240 mg
Mięśnie: 600 mg
Kości, włosy lub skóra: 1,5 g
● Stawonogi:
Owady: 9g
Skorupiaki: 450 mg
● Krew pełna:2 rurki
● Komórki: 106 komórki
● Surowica i osocze: 6 ml
Zalecana dostawa próbek
Pojemnik: probówka wirówkowa o pojemności 2 ml (folia aluminiowa nie jest zalecana)
Oznaczenia próbek: Grupa+replika, np. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Wysyłka:
1. Suchy lód: Próbki należy zapakować do worków i zakopać w suchym lodzie.
2. Probówki RNAstable: próbki RNA można suszyć w probówkach do stabilizacji RNA (np. RNAstable®) i transportować w temperaturze pokojowej.
Przepływ pracy serwisowej
Projekt eksperymentu
Dostawa próbek
Ekstrakcja RNA
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Bioinformatyka
- Kontrola jakości danych
- Wyrównanie genomu
- Identyfikacja circRNA
- Ekspresja CircRNA
- Analiza różnicowej ekspresji
przewidywanie circRNA: rozkład chromosomów
Różnicowo ekspresjonowane circRNA – wykres wulkaniczny
Różnicowo ekspresjonowane circRNA – klasterowanie hierarchiczne
Wzbogacenie funkcjonalne genów gospodarza circRNA
Zapoznaj się z postępem badań naukowych, jakie umożliwiły usługi sekwencjonowania circRNA firmy BMKGene, poprzez starannie dobrany zbiór publikacji.
Wang, X. i in. (2021) „CPSF4 reguluje powstawanie circRNA i wyciszanie genów za pośrednictwem mikroRNA w raku wątrobowokomórkowym”,Onkogen2021 40:25, 40(25), s. 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. i in. (2023) „Transkryptom reagujący na X oo ujawnia rolę kolistego RNA133 w oporności na choroby poprzez regulację ekspresji OsARAB w ryżu”,Badania fitopatologiczne, 5(1), s. 1–14. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. i in. (2023) „CPSF3 moduluje równowagę transkryptów kołowych i liniowych w raku wątrobowokomórkowym”. doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. i in. (2023) „Kompleksowa ocena circRNA w kardiomiopatii marskiej przed i po przeszczepie wątroby”,Międzynarodowa immunofarmakologia, 114, s. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
