Sekwencjonowanie mRNA pełnej długości -PacBio
Cechy
● Synteza cDNA z mRNA poli-A z następowym przygotowaniem biblioteki
● Sekwencjonowanie w trybie CCS, generowanie odczytów HiFi
● Sekwencjonowanie pełnej długości transkryptów
● Do przeprowadzenia analizy nie jest wymagany genom referencyjny, jednakże może być on wykorzystany
● Analiza bioinformatyczna umożliwia analizę transkryptów, izoform lncRNA, fuzji genów, poliadenylacji i struktury genu
Zalety usługi
●Wysoka dokładność: HiFi odczytuje z dokładnością >99,9% (Q30), porównywalną z NGS
● Analiza alternatywnego splicingu:sekwencjonowanie całych transkryptów umożliwia identyfikację i charakterystykę izoform
●Szeroka wiedza specjalistyczna:mając na koncie ponad 1100 ukończonych projektów PacBio dotyczących pełnego transkryptomu i przetworzenia ponad 2300 próbek, nasz zespół wnosi ogromne doświadczenie do każdego projektu.
●Wsparcie posprzedażowe:Nasze zaangażowanie wykracza poza zakończenie projektu, oferując 3-miesięczny okres obsługi posprzedażowej. W tym czasie oferujemy nadzór nad projektem, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania dotyczące wyników.
Wymagania dotyczące próbek i dostawa
| Biblioteka | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane | Kontrola jakości |
| Biblioteka mRNA CCS wzbogacona w PolyA | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 GB 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Przykładowe wymagania:
Nukleotydy:
● Rośliny:
Korzeń, łodyga lub płatek: 450 mg
Liść lub nasiono: 300 mg
Owoce: 1,2 g
● Zwierzę:
Serce lub jelita: 300 mg
Wnętrzności lub mózg: 240 mg
Mięśnie: 450 mg
Kości, włosy lub skóra: 1 g
● Stawonogi:
Owady: 6g
Skorupiaki: 300 mg
● Krew pełna: 1 tubka
● Komórki: 106 komórki
| Stężenie (ng/μl) | Ilość (μg) | Czystość | Uczciwość |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na żelu widoczne jest ograniczone lub żadne zanieczyszczenie białkiem lub DNA. | Dla roślin: RIN≥7,5; Dla zwierząt: RIN≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; ograniczona lub brak wysokości linii bazowej |
Zalecana dostawa próbek
Pojemnik: Probówka wirówkowa 2 ml (folia aluminiowa nie jest zalecana)
Oznaczenia próbek: Grupa+replika, np. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Wysyłka:
1. Suchy lód: Próbki należy zapakować do worków i zakopać w suchym lodzie.
2. Probówki RNAstable: próbki RNA można suszyć w probówkach do stabilizacji RNA (np. RNAstable®) i transportować w temperaturze pokojowej.
Przepływ pracy serwisowej
Projekt eksperymentu
Dostawa próbek
Ekstrakcja RNA
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Zawiera następującą analizę:
● Kontrola jakości danych surowych
● Alternatywna analiza poliadenylacji (APA)
● Analiza transkryptów fuzyjnych
● Analiza alternatywnego splicingu
● Analiza porównawcza uniwersalnych ortologów pojedynczej kopii (BUSCO)
● Nowa analiza transkryptów: przewidywanie sekwencji kodujących (CDS) i adnotacja funkcjonalna
● Analiza lncRNA: przewidywanie lncRNA i celów
● Identyfikacja mikrosatelitów (SSR)
Analiza BUSCO
Analiza alternatywnego splicingu
Alternatywna analiza poliadenylacji (APA)
Adnotacja funkcjonalna nowych transkryptów
Zapoznaj się z postępem technicznym, jaki osiągnięto dzięki usługom sekwencjonowania mRNA pełnej długości Nanopore firmy BMKGene w tej wyróżnionej publikacji.
Ma, Y. i in. (2023) „Analiza porównawcza metod sekwencjonowania RNA PacBio i ONT do identyfikacji jadu Nemopilema Nomurai”, Genomics, 115(6), s. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. i in. (2019) „Dynamika rozwojowa transkryptomu łodygi topoli”, Plant Biotechnology Journal, 17(1), s. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. i in. (2022) „Dynamiczne zmiany zawartości kwasu askorbinowego podczas rozwoju i dojrzewania owoców Actinidia latifolia (rośliny owocowej bogatej w askorbinian) i powiązane mechanizmy molekularne”, International Journal of Molecular Sciences, 23(10), s. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. i in. (2022) „Skuteczne przewidywanie genów szlaków biosyntezy zaangażowanych w bioaktywne polifyliny w Paris polyphylla”, Communications Biology 2022 5:1, 5(1), s. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. i in. (2023) „Połączona analiza PacBio Iso-Seq i Illumina RNA-Seq transkryptomu i genów cytochromu P450 Tuta absoluta (Meyrick)”, Insects, 14(4), s. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun i in. (2019) „Badanie złożoności transkryptomu z wykorzystaniem analizy pojedynczych cząsteczek w czasie rzeczywistym PacBio w połączeniu z sekwencjonowaniem RNA Illumina w celu lepszego zrozumienia biosyntezy kwasu rycynolowego w Ricinus communis”, BMC Genomics, 20(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
