BMKCloud Log in
Baner-03

Produkty

Sekwencjonowanie DNA/RNA -PacBio Sequencer

Platforma sekwencjonowania PacBio to platforma sekwencjonowania o długim odczycie, znana również jako jedna z technologii sekwencjonowania trzeciej generacji (TGS).Podstawowa technologia, jednocząsteczkowy czas rzeczywisty (SMRT), umożliwia generowanie odczytów o długości kilkudziesięciu kilogramów.W oparciu o „sekwencjonowanie przez syntezę” rozdzielczość pojedynczych nukleotydów osiąga się za pomocą falowodu w trybie zerowym (ZMW), w którym oświetlana jest tylko ograniczona objętość na dole (miejsce syntezy cząsteczki).Ponadto sekwencjonowanie SMRT w dużym stopniu pozwala uniknąć błędu specyficznego dla sekwencji w systemie NGS, ponieważ większość etapów amplifikacji PCR nie jest wymagana w procesie konstruowania biblioteki.

 

Platforma: Sequel II, Revio


Szczegóły usługi

Wyniki demonstracyjne

Cechy

Dwa tryby sekwencjonowania w sekwencerze PacBio: Ciągły długi odczyt (CLR) i Circular Consensus Read (CCS)

Tryb sekwencjonowania Rozmiar biblioteki Dane teoretyczneWydajność (na komórkę) JednobazowyDokładność Aplikacje
CLR 20Kb, 30Kb itd. 80 Gb do 130 Gb Około.85% Od nowa, wywołanie SV itp.
CCS 15-20 Kb

14 do 40 Gb/komórkę (Sequel II)

70 do 110 Gb/komórkę (Revio)

Zależy od próbek

Około.99% Od nowa, wywołanie SNP/Indel/SV, Iso-Seq,

Porównanie wydajności i funkcji Revio i Sequel II

Warunki

System sequela II

systemu Revio

Zwiększyć

Większa gęstość

8 milionów ZMW

25 milionów ZMW

3x

Niezależne etapy

1

4

4x

Krótszy czas pracy

30 godzin

24 godziny

1,25x

30X ludzkich genomów HiFi rocznie

88

1300

1Ogólnie 5x

Zalety serwisu

● Ponad 8 lat doświadczenia na platformie sekwencjonowania PacBio z tysiącami zamkniętych projektów z różnymi gatunkami.

● W pełni wyposażony w najnowsze platformy PacBio Sequencing, Revio gwarantujące wystarczającą przepustowość sekwencjonowania.

● Krótszy czas realizacji, większa wydajność danych i dokładniejsze dane.

● Przyczynił się do powstania setek wpływowych publikacji opartych na PacBio.

Przykładowe wymagania


Typ próbki Kwota Stężenie (Qubit®) Tom Czystość Inni
Genomowe DNA Zależy od wymagań dotyczących danych ≥50 ng/µl ≥15µl OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230=1,8-2,5;
Wyraźny pik przy 260 nm,żadnych zanieczyszczeń
Stężenie należy mierzyć za pomocą Qubitu i Kubitu/Nanoporu = 0,8–2,5
Całkowity RNA ≥1,2 µg ≥120 ng/μl ≥15µl OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230=0,5-2,5;żadnych zanieczyszczeń

Wartość RIN ≥7,5

5≥28S/18S≥1

 

Przepływ pracy w serwisie

przygotowanie próbki

przygotowanie próbki

Przygotowanie biblioteki

Budowa biblioteki

Sekwencjonowanie

Sekwencjonowanie

Analiza danych

Analiza danych

Próbka kontroli jakości

Dostawa projektu


  • Poprzedni:
  • Następny:

  • 1. Wewnętrzny pozysk danych

    Dane wygenerowane z 63 komórek CCS (od 26 gatunków)

    DANE-PacBio-CCS-15 Kb Przeciętny Maks Min Mediana
    Wydajność – pododczyty (Gb) 421.12 544,27 221,38 426,58
    Yiled - CCS (Gb) 25,93 38,59 10,86 25.43
    Polimeraza N50 145 651 175 430 118,118 144 689
    Podczyty N50 17509 23924 12 485 17584
    CCS N50 14 490 19034 9876 14747
    Średnia długość - polimeraza 67 995 89 379 49664 66 433
    Średnia długość – Podczyty 15866 21036 11657 16012
    Średnia długość-CCS 14 489 19074 8575 14655

    Dane wygenerowane z 16 komórek CLR (z 76 gatunków)

    DATA-PacBio-CLR-30Kb Przeciętny Maks Min Mediana
    Wydajność – pododczyty (Gb) 142,20 291,40 50,55 142,49
    Polimeraza N50 39 456 121191 15 389 35231
    Podczyty N50 28 490 41012 14430 29063
    Średnia długość - polimeraza 22063 48886 8747 21555
    Średnia długość – Podczyty 17720 27225 8293 17779

    2. Kontrola danych – wersja demonstracyjnaStatystyki dotyczące wydajności danych

    Próbka

    ccs odczytuje liczbę

    Całkowita liczba zasad CCS (bp)

    ccs Odczytuje N50 (bp)

    ccs Średnia długość (bp)

    ccs Najdłuższy odczyt (bp)

    podczyty Bazy (bp)

    stawka CCS (%)

    PB_BMKxxx

    3 444 159

    54 164 122 586

    15728

    15726

    36110

    863 326 330 465

    6.27

     

    uzyskać wycenę

    Napisz tutaj swoją wiadomość i wyślij ją do nas

    Wyślij do nas wiadomość: