Zaloguj się do BMKCloud

Produkty

Sekwencjonowanie DNA/RNA – sekwencer nanoporowy

Sekwencjonowanie ONT to technologia sekwencjonowania sygnałów elektrycznych w czasie rzeczywistym dla pojedynczych cząsteczek, oparta na nanoporach. Zasada sekwencjonowania każdej platformy jest taka sama. Dwuniciowe DNA/RNA wiąże się z białkiem nanoporowatym osadzonym w biofilmie i rozwija się pod wpływem białka motorycznego. Pod wpływem różnicy napięć po obu stronach biofilmu nici DNA/RNA przechodzą przez kanał białkowy nanoporów z określoną szybkością. Ze względu na różnice we właściwościach chemicznych poszczególnych zasad w nici DNA/RNA, przejście pojedynczej zasady lub cząsteczki DNA przez kanał nanoporów powoduje zmianę różnych sygnałów elektrycznych. Wykrywając i reagując na te sygnały, można obliczyć odpowiadające im typy zasad i przeprowadzić detekcję sekwencji w czasie rzeczywistym.

Skontaktuj się z nami

Szczegóły usługi

Wynik demonstracyjny

Szczegóły usługi Funkcje

Platforma	Rozmiar biblioteki	Teoretyczna wydajność danych (na komórkę)	Dokładność pojedynczej bazy	Aplikacje
Nanopore	8 kb, 10 kb, 20 kb, ultradługi, cDNA-PCR	70-90 Gb/komórka	85-92%	Wywołanie SV, de novo, sekwencjonowanie pełnej długości, Iso-Seq, adnotacja genu, wykrywanie metylacji DNA

Zalety usługi

● Ponad 5 lat doświadczenia na platformie sekwencjonowania PacBio i tysiące zamkniętych projektów z różnymi gatunkami.
● BMKGENE jest oficjalnym partnerem Oxford Nanopore i posiada certyfikat podwójnej platformy RNA/DNA.
● Dostępne są główne modele sekwencerów z kompletnym wyposażeniem i wystarczającą przepustowością sekwencjonowania.
● W oparciu o platformę Nanopore opublikowano ponad 10 badań Denovo dotyczących zwierząt i roślin w renomowanych międzynarodowych czasopismach.

Przykładowe wymagania

Typ próbki

Kwota

Koncentracja (Qubit ®)

Tom

Czystość

Inni

DNA genomowe

Zależy od wymagań dotyczących danych

≥20 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,2;

OD260/230≥1,5；

Czysty szczyt przy 260 nm, brak zanieczyszczeń

Stężenie należy mierzyć za pomocą Qubit i Qubit/Nanopore ≤ 2

Całkowity RNA

≥1,2μg

≥100μg/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,5;

OD260/230=0,5-2,5; brak zanieczyszczeń

Wartość RIN ≥7,5

Przepływ pracy serwisowej

Przygotowanie próbki

Budowa biblioteki

Sekwencjonowanie

Analiza danych

Realizacja projektu

Poprzedni: Gotowe biblioteki Illumina

Następny: Sekwencjonowanie amplifikowanych fragmentów w określonym miejscu (SLAF-Seq)

Ocena jakości danych próbki DNA

Tabela 1. Statystyki dotyczące czystych danych.

BMKID	rawSeqNum	rawSumBase	cleanSeqNum	cleanSumBase	cleanN50Len	cleanN90Len	cleanMeanLen	cleanMaxLen	cleanMeanQual
DNA_BMK01	1 218 239	26,37	1 121 736	25,90	28 014	15 764	23 090	143 181	9

Ocena jakości danych próbki RNA

Tabela 1. Statystyki dotyczące czystych danych.

Nazwa pliku	Identyfikator klienta	OdczytajNum	Liczba bazowa	N50	Średnia długość	Maksymalna długość	Średni wynik Q
RNA_BMK001	C2	8 947 708	4 047 230 083	398	452	129 227	Pytanie 12