Platforma | Rozmiar biblioteki | Dane teoretyczne (na komórkę) | Dokładność pojedynczej bazy | Zastosowania |
Nanopore | 8KB, 10KB, 20KB, Ultralong, cDNA-PCR | 70-90 GB/komórka | 85-92% | SV Calling, de novo, sekwencjonowanie pełnej długości, sekwencjonowanie ISO, adnotacja genów, wykrywanie metylacji DNA |
● Ponad 5 -letnie doświadczenie na platformie sekwencjonowania Pacbio z tysiącami zamkniętych projektów z różnymi gatunkami.
● BMKGENE jest oficjalnym partnerem Oxford Nanopore, z certyfikatem RNA/DNA z podwójną platformą.
● Istnieją główne modele sekwencerów z kompletnym sprzętem i wystarczającą przepustowością sekwencjonowania.
● W oparciu o platformę nanoporską ponad 10 badań dla zwierząt i roślin Denovo zostało opublikowanych w czasopismach znanych na całym świecie.
Typ próbki | Kwota | Stonintion (Qubit ®) | Tom | Czystość | Inni |
Genomowy DNA | Zależy od wymagań danych | ≥20ng/μl | ≥15 μl | OD260/280 = 1,7-2.2; OD260/230 ≥1,5 ; Wyraźny pik przy 260 nm, bez zanieczyszczeń | Stężenie musi być mierzone za pomocą qubit i qubit/nanoporu ≤ 2 |
Całkowity RNA | ≥1,2 μg | ≥100 μg/μl | ≥15 μl | OD260/280 = 1,7-2,5; OD260/230 = 0,5-2,5 ; Brak zanieczyszczeń | Wartość RIN ≥7,5 |
Ocena jakości danych próbki DNA
Tabela 1. Statystyki dotyczące czystych danych.
Bmkid | rawseqnum | Rawsumbase | CleanSeqnum | Cleinsumbase | CleanN50len | CleanN90len | CleanMeanlen | CleanMaxlen | CleanMeanqual |
DNA_BMK01 | 1 218 239 | 26,37 | 1 121 736 | 25,90 | 28 014 | 15 764 | 23 090 | 143 181 | 9 |
Ocena jakości danych próbki RNA
Tabela 1. Statystyki dotyczące czystych danych.
Nazwa pliku | ClientId | Readnum | Basenum | N50 | Średnia długość | Maksymalna długość | MeanqScore |
RNA_BMK001 | C2 | 8 947 708 | 4 047,230,083 | 398 | 452 | 129 227 | Q12 |
Rysunek 1. Rozkład długości odczytu
Rysunek 2. Rozkład wyników jakości czystych danych
Rysunek 3. Długość i jakość wyników czystych danych