ØDuże doświadczenie: W BMK przetworzono ponad 200 000 próbek obejmujących różne typy próbek, w tym hodowle komórkowe, tkanki, płyny ustrojowe itp., a ponad 7000 projektów mRNA-Seq zamkniętych obejmujących różne obszary badawcze.
ØŚcisły system kontroli jakości: Główne punkty kontroli jakości na wszystkich etapach, w tym przygotowanie próbki, przygotowanie biblioteki, sekwencjonowanie i bioinformatyka, są ściśle monitorowane w celu zapewnienia wysokiej jakości wyników.
ØDostępnych jest wiele baz danych do analizowania adnotacji funkcji i wzbogacania w celu spełnienia różnych celów badawczych.
ØUsługi posprzedażowe: usługi posprzedażowe ważne przez 3 miesiące po zakończeniu projektu, w tym monitorowanie projektów, rozwiązywanie problemów, pytania i odpowiedzi dotyczące wyników itp.
Biblioteka | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane | Kontrola jakości |
Wzbogacony poli A | Ilumina PE150 | 6 GB | Q30≥85% |
Nukleotydy:
Czystość | Integralność | Ilość |
OD260/280≥1,7-2,5 OD260/230≥0,5-2,5Ograniczone lub brak zanieczyszczenia białkiem lub DNA widoczne na żelu. | Dla roślin: RIN≥6,5;Dla zwierząt: RIN≥7;28S/18S≥1,0;ograniczone lub brak wzrostu wyjściowego | Stęż.≥30 ng/μl;Objętość ≥ 10 μl;Razem ≥ 1,5 μg |
Tkanka: Waga (sucha):≥1 g
*W przypadku tkanki mniejszej niż 5 mg zalecamy przesłanie próbki tkanki zamrożonej (w ciekłym azocie).
Zawiesina komórek:Liczba komórek = 3×106- 1×107
*Zalecamy wysłanie mrożonego lizatu komórkowego.W przypadku, gdy liczba komórek jest mniejsza niż 5×105, zaleca się błyskawiczne zamrożenie w ciekłym azocie, co jest preferowane do mikroekstrakcji.
Próbki krwi:Objętość ≥1 ml
Mikroorganizm:Masa ≥ 1 g
Pojemnik: probówka wirówkowa 2 ml (folia aluminiowa nie jest zalecana)
Etykietowanie próbek: Grupa+replikacja np. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Wysyłka:
Bioinformatyka
Eukariotyczny Przepływ pracy analizy sekwencjonowania mRNA
Bioinformatyka
ØKontrola jakości surowych danych
ØDopasowanie genomu referencyjnego
ØAnaliza struktury transkrypcji
ØKwantyfikacja ekspresji
ØAnaliza ekspresji różnicowej
ØAdnotacja i wzbogacenie funkcji
1.Krzywa nasycenia danych mRNA
2.Analiza różnicowa ekspresji – wykres wulkanu
3.Adnotacja KEGG na DEG
4.Klasyfikacja GO na DEG