Sekwencjonowanie mRNA eukariotycznego – NGS
Cechy
● Opcjonalne przygotowanie biblioteki kierunkowego mRNA umożliwiające uzyskanie danych sekwencjonowania specyficznych dla nici
● Różne analizy BI pokrywają wszystkie potrzeby naszych klientów
Zalety
●Szeroka wiedza specjalistycznaPrzetworzyliśmy ponad 600 000 próbek, obejmujących różnorodne typy próbek, takie jak hodowle komórkowe, tkanki i płyny ustrojowe. W każdym projekcie wnosimy bogactwo naszej wiedzy specjalistycznej.
●Rygorystyczna kontrola jakościWdrażamy kluczowe punkty kontroli na wszystkich etapach, od przygotowania próbek, przez przygotowanie biblioteki, sekwencjonowanie, po bioinformatykę. Nasz skrupulatny monitoring gwarantuje dostarczanie wyników o niezmiennie wysokiej jakości.
●Kompleksowa adnotacjaWykorzystujemy wiele baz danych do funkcjonalnej adnotacji genów o zróżnicowanej ekspresji (DEG) i przeprowadzania odpowiednich analiz wzbogacania. To kompleksowe podejście zapewnia wgląd w procesy komórkowe i molekularne leżące u podstaw odpowiedzi transkryptomu, gwarantując uzyskanie wszystkich możliwych informacji o danych z eksperymentu.
●Wsparcie posprzedażoweRozumiemy, jak ważna jest obecność na miejscu, dlatego nasze zaangażowanie wykracza poza etap końcowy projektu, oferując 3-miesięczny okres obsługi posprzedażowej. W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania dotyczące wyników.
Wymagania dotyczące próbek i dostawa
| Biblioteka | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane | Kontrola jakości |
| Wzbogacony w poli A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Przykładowe wymagania:
Nukleotydy:
Minimalne wymagania dotyczące próbek:
| Stężenie (ng/μl) | Ilość (μg) | Czystość | Uczciwość | |
| Biblioteka standardowa | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na żelu widoczne jest ograniczone lub żadne zanieczyszczenie białkiem lub DNA. | Dla roślin: RIN≥4,0; Dla zwierząt: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ograniczona lub brak wysokości linii bazowej |
| Biblioteka kierunkowa | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na żelu widoczne jest ograniczone lub żadne zanieczyszczenie białkiem lub DNA. | Dla roślin: RIN≥4,0; Dla zwierząt: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ograniczona lub brak wysokości linii bazowej |
| Rośliny | Zwierzę | Stawonogi | Pełna krew | Komórki |
| Korzeń, łodyga lub płatek: 450 mg Liść lub nasiono: 300 mg Owoce: 1,2 g | Serce lub jelita: 300 mg Wnętrzności lub mózg: 240 mg Mięśnie: 450 mg Kości, włosy lub skóra: 1 g | Owady: 6g Skorupiaki: 300 mg | 1 tubka | 106 komórek |
Zalecana dostawa próbek
Pojemnik: probówka wirówkowa o pojemności 2 ml (folia aluminiowa nie jest zalecana)
Oznaczenia próbek: Grupa+replika, np. A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Wysyłka:
1. Suchy lód: Próbki należy zapakować do worków i zakopać w suchym lodzie.
2. Probówki do stabilizacji RNA: próbki RNA można suszyć w probówce do stabilizacji RNA (np. RNAstable®) i transportować w temperaturze pokojowej.
Wymagania dotyczące próbek i dostawa
Projekt eksperymentu
Dostawa próbek
Ekstrakcja RNA
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Bioinformatyka
W przypadku próbek z dostępnym genomem referencyjnym analiza BI przebiega następująco:
ØKontrola jakości danych surowych
ØWyrównanie genomu referencyjnego
ØAnaliza struktury transkryptu
ØKwantyfikacja ekspresji
ØAnaliza różnicowej ekspresji
ØAdnotacja i wzbogacanie funkcji
W przypadku próbek bez genomu referencyjnego dostępna jest następująca opcja:
• Kontrola jakości danych surowych
•Montaż z optymalizacją konstrukcji
•Analiza różnicowej ekspresji
•Adnotacja i wzbogacanie funkcji
Dopasowanie genomu referencyjnego
Nasycenie danych
Korelacja próbek i ocena powtórzeń biologicznych
Geny różnicowo ekspresjonowane (DEG)
Adnotacja funkcjonalna DEGs
Wzbogacanie funkcjonalne DEGs
Zapoznaj się z postępem technicznym, jaki osiągnięto dzięki usługom sekwencjonowania mRNA NGS eukariotów firmy BMKGene, przeglądając starannie dobrany zbiór publikacji.
Huang, L. i in. (2023) „Triklosan i triklokarban osłabiają zdolność węchową złotych rybek, ograniczając rozpoznawanie zapachów, zakłócając transdukcję sygnałów węchowych i przetwarzanie informacji węchowych”,Badania wody, 233, s. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ i in. (2023) „Aspergillus fumigatus przechwytuje ludzki p11, aby przekierować fagosomy zawierające grzyby do ścieżki nieulegającej degradacji”,Gospodarz komórkowy i mikrob, 31(3), s. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. i in. (2022) „Czynniki transkrypcji TCP zaangażowane w rozwój pędów bambusa Ma (Dendrocalamus latiflorus Munro)”,Granice nauk o roślinach, 13, s. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. i in. (2022) „Genom Chrysanthemum lavandulifolium i mechanizm molekularny leżący u podstaw różnych typów główek”,Badania ogrodnicze, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie i in. (2023) „Nanoreaktor kaskadowy do wzmacniania terapii sonodynamicznej raka jelita grubego poprzez synergistyczne zwiększanie ROS i blokowanie autofagii”,Nano dzisiaj, 49, s. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
