Genetyka ewolucyjna
Zalety usługi
Takagi i wsp.,Dziennik roślinny, 2013
●Kompleksowa analiza bioinformatyczna:umożliwiając oszacowanie różnorodności genetycznej, która odzwierciedla potencjał ewolucyjny gatunków i ujawnia wiarygodne powiązania filogenetyczne między gatunkami przy zminimalizowanym wpływie ewolucji konwergentnej i równoległej
●Opcjonalna analiza dostosowana: takie jak szacowanie czasu i szybkości rozbieżności na podstawie zmian na poziomie nukleotydów i aminokwasów.
●Obszerna wiedza specjalistyczna i dorobek publikacyjny:BMKGene zgromadziło ogromne doświadczenie w projektach genetyki populacyjnej i ewolucyjnej na przestrzeni ponad 15 lat, obejmujących tysiące gatunków itd. oraz brało udział w ponad 1000 projektów wysokiego szczebla opublikowanych w czasopismach Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal itd.
● Wysoko wykwalifikowany zespół bioinformatyczny i krótki cykl analiz:dzięki bogatemu doświadczeniu w zaawansowanej analizie genomicznej zespół BMKGene dostarcza kompleksowe analizy w krótkim czasie realizacji.
● Wsparcie posprzedażowe:Nasze zaangażowanie wykracza poza ukończenie projektu i obejmuje 3-miesięczny okres obsługi posprzedażowej. W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania dotyczące wyników.
Specyfikacje i wymagania dotyczące usług
| Rodzaj sekwencjonowania | Zalecana skala populacji | Strategia sekwencjonowania | Wymagania nukleotydowe |
| Sekwencjonowanie całego genomu | ≥ 30 osób, przy czym z każdej podgrupy ≥ 10 osób
| 10x | Stężenie: ≥ 1 ng/µl Całkowita ilość ≥ 30 ng Ograniczona lub żadna degradacja lub zanieczyszczenie |
| Fragment amplifikowany w określonym miejscu (SLAF) | Głębokość tagu: 10x Liczba tagów: <400 Mb: zalecany jest WGS <1 GB: 100 tys. tagów 1 GB >2 GB: 300 tys. tagów Maksymalnie 500 tys. tagów | Stężenie ≥ 5 ng/µl Całkowita ilość ≥ 80 ng Żel agarozowy: brak lub ograniczona degradacja lub zanieczyszczenie
|
Przepływ pracy serwisowej
Projekt eksperymentu
Dostawa próbek
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Usługa obejmuje analizę struktury populacji (drzewo filogenetyczne, PCA, diagram stratyfikacji populacji), zróżnicowanie populacji oraz selekcję populacji (nierównowaga sprzężeń, selektywna selekcja korzystnych miejsc). Usługa może również obejmować analizę dostosowaną do indywidualnych potrzeb (np. czas dywergencji, przepływ genów).
*Wyniki demonstracyjne pokazane tutaj pochodzą wyłącznie z genomów opublikowanych w BMKGENE
1. Analiza ewolucji obejmuje konstrukcję drzewa filogenetycznego, struktury populacji i PCA na podstawie zmienności genetycznych.
Drzewo filogenetyczne przedstawia powiązania taksonomiczne i ewolucyjne pomiędzy gatunkami mającymi wspólnego przodka.
PCA ma na celu wizualizację bliskości między subpopulacjami.
Struktura populacji wskazuje na obecność podpopulacji genetycznie odrębnych pod względem częstości występowania alleli.
Chen i wsp.,PNAS, 2020
2. Selektywne zamiatanie
Selektywne przeszukiwanie odnosi się do procesu, w którym wybierana jest korzystna lokalizacja, a częstość występowania połączonych neutralnych lokalizacji ulega zwiększeniu, a niepowiązanych lokalizacji ulega zmniejszeniu, co skutkuje redukcją regionalną.
Wykrywanie całego genomu w selektywnych regionach przemiatania odbywa się poprzez obliczenie indeksu genetycznego populacji (π, Fst, D Tajimy) wszystkich SNP w przesuwanym oknie (100 kb) w pewnym kroku (10 kb).
Różnorodność nukleotydów (π)
Tajima D
Wskaźnik fiksacji (Fst)
Wu i wsp.Roślina molekularna, 2018
3. Przepływ genów
Wu i wsp.Roślina molekularna, 2018
4. Historia demograficzna
Zhang i wsp.,Ekologia i ewolucja przyrody, 2021
5.Czas rozbieżności
Zhang i wsp.,Ekologia i ewolucja przyrody, 2021
Zapoznaj się z postępem, jaki osiągnęły usługi genetyki ewolucyjnej BMKGene, przeglądając starannie dobrany zbiór publikacji:
Hassanyar, AK i in. (2023) „Odkrycie markerów molekularnych SNP i genów kandydackich związanych z opornością na wirusa Sacbrood u larw Apis cerana cerana poprzez ponowne sekwencjonowanie całego genomu”,Międzynarodowe czasopismo nauk molekularnych, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. i in. (2022) „Odkrycie dzikiej, genetycznie czystej olbrzymiej salamandry chińskiej stwarza nowe możliwości ochrony”,Badania zoologiczne, 2022, tom 43, numer 3, strony: 469-480, 43(3), s. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. i in. (2022) „Wzór filogeograficzny i historia ewolucji populacji rodzimego gatunku Elymus sibiricus L. na płaskowyżu Qinghai-Tybetańskim”,Granice nauk o roślinach, 13, s. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. i in. (2022) „Genomiczne spostrzeżenia na temat ewolucji longanów z montażu genomu na poziomie chromosomów i genomiki populacyjnej okazów longanów”,Badania ogrodnicze, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
