● Do usuwania rybosomalnego cDNA stosuje się specjalne sondy.
● Konstrukcja bibliotek specyficznych dla nici.
● Jeden przepływ pracy umożliwiający jednoczesne uzyskanie danych mRNA, lncRNA i circRNA.
● Rygorystyczna kontrola jakości: Wdrażamy kluczowe punkty kontroli na wszystkich etapach, od przygotowania próbek i bibliotek, po sekwencjonowanie i bioinformatykę. Ten skrupulatny monitoring gwarantuje dostarczanie wyników o niezmiennie wysokiej jakości.
● Wsparcie posprzedażowe: Nasze zaangażowanie wykracza poza etap końcowy projektu, oferując 3-miesięczny okres obsługi posprzedażowej. W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania dotyczące wyników.
| Biblioteka | Platforma | Zalecane dane | Kontrola jakości danych |
| Biblioteka kierunkowa wyczerpana z rRNA | Illumina PE150 | 10-16 GB | Q30≥85% |
Nukleotydy:
| Ilość (ng) | Objętość (μl) |
| 40 | 20 |
Tkanka:
Eksosom: 100 μL; 40 μg; >10^9 cząstek/ml
Surowica/osocze: 5 ml
Nadsącz hodowli komórkowej: 100 ml
Mocz: 100 ml
Ślina: 15 ml
Wydzielina z nosa: 15 ml
Płyn mózgowo-rdzeniowy: 15 ml
Płyn owodniowy: 50 ml
Nasienie: 5 ml
Żółć: 5 ml
Wodobrzusze: 50 ml
Mleko: 15 ml
Płyn pęcherzykowy: 15 ml
Nadsącz kałowy: 50 ml
Nadsącz z hodowli mikrobiologicznej: 100 ml
Tkanka zwierzęca: 3 g
Tkanka roślinna: 1 g
Pojemnik: probówka wirówkowa o pojemności 2 ml (folia aluminiowa nie jest zalecana)
Oznaczenia próbek: Grupa+replika, np. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Wysyłka:
1. Suchy lód: Próbki należy zapakować do worków i zakopać w suchym lodzie.
2. Probówki RNAstable: próbki RNA można suszyć w probówkach do stabilizacji RNA (np. RNAstable®) i transportować w temperaturze pokojowej.
Bioinformatyka
przewidywanie circRNA: rozkład chromosomów
Różnicowo ekspresjonowane circRNA – wykres wulkaniczny
Różnicowo ekspresjonowane circRNA – klasterowanie hierarchiczne
Wzbogacenie funkcjonalne genów gospodarza circRNA
Analiza różnicowej ekspresji genów (DEGs)
Kwantyfikacja ekspresji lncRNA – klasteryzacja
Wzbogacanie genów docelowych lncRNA
Analiza wspólnej pozycji mRNA i lncRNA – wykres Circos (środkowy okrąg to mRNA, a wewnętrzny okrąg to lncRNA)