Sekwencjonowanie małego RNA egzosomalnego – Illumina
Cechy
● Materiałem wejściowym jest egzosomalny RNA całkowity. Podczas oczyszczania do izolacji miRNA stosuje się koraliki miRNA.
● Analiza bioinformatyczna skupiona wokół przewidywania miRNA i ich celów.
Zalety usługi
● Kompleksowa analiza bioinformatyczna: umożliwiająca identyfikację znanych i nowych miRNA, identyfikację celów miRNA oraz odpowiednią adnotację funkcjonalną i wzbogacenie o wiele baz danych (KEGG, GO).
● Rygorystyczna kontrola jakości: Wdrażamy kluczowe punkty kontroli na wszystkich etapach, od przygotowania próbek i bibliotek, po sekwencjonowanie i bioinformatykę. Ten skrupulatny monitoring gwarantuje dostarczanie wyników o niezmiennie wysokiej jakości.
● Wsparcie posprzedażowe: Nasze zaangażowanie wykracza poza etap końcowy projektu, oferując 3-miesięczny okres obsługi posprzedażowej. W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania dotyczące wyników.
Wymagania dotyczące próbek i dostawa
| Biblioteka | Platforma | Zalecane dane | Kontrola jakości danych |
| Izolacja miRNA egzosomalnego | Illumina SE50 | 10-20 mln odczytów | Q30≥85% |
Przykładowe wymagania
Nukleotydy:
| Ilość (ng) | Objętość (μl) |
| 40 | 20 |
Tkanka:
Eksosom: 100 μL; 40 μg; >10^9 cząstek/ml
Surowica/osocze: 5 ml
Nadsącz hodowli komórkowej: 100 ml
Mocz: 100 ml
Ślina: 15 ml
Wydzielina z nosa: 15 ml
Płyn mózgowo-rdzeniowy: 15 ml
Płyn owodniowy: 50 ml
Nasienie: 5 ml
Żółć: 5 ml
Wodobrzusze: 50 ml
Mleko: 15 ml
Płyn pęcherzykowy: 15 ml
Nadsącz kałowy: 50 ml
Nadsącz z hodowli mikrobiologicznej: 100 ml
Tkanka zwierzęca: 3 g
Tkanka roślinna: 1 g
Zalecana dostawa próbek
Pojemnik: probówka wirówkowa o pojemności 2 ml (folia aluminiowa nie jest zalecana)
Oznaczenia próbek: Grupa+replika, np. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Wysyłka:
1. Suchy lód: Próbki należy zapakować do worków i zakopać w suchym lodzie.
2. Probówki RNAstable: próbki RNA można suszyć w probówkach do stabilizacji RNA (np. RNAstable®) i transportować w temperaturze pokojowej.
Przepływ pracy serwisowej
Projekt eksperymentu
Dostawa próbek
Ekstrakcja RNA
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Bioinformatyka
● Kontrola jakości danych surowych
● Klasyfikacja sRNA
● Dopasowanie do genomu referencyjnego
● Identyfikacja znanych i nowych miRNA
● Analiza różnicowej ekspresji miRNA
● Funkcjonalna adnotacja celów miRNA
Identyfikacja miRNA: struktura i głębokość
Różnicowa ekspresja miRNA – klasteryzacja hierarchiczna
Funkcjonalna adnotacja celu różnicowo ekspresjonowanych miRNA
