Sekwencjonowanie mRNA pełnej długości – Nanopore
Cechy
● Wychwytywanie mRNA poli-A, a następnie synteza cDNA i przygotowanie biblioteki
● Sekwencjonowanie pełnej długości transkryptów
● Analiza bioinformatyczna oparta na dopasowaniu do genomu referencyjnego
● Analiza bioinformatyczna obejmuje nie tylko ekspresję na poziomie genu i izoformy, ale także analizę lncRNA, fuzji genów, poliadenylacji i struktury genu
Zalety usługi
●Kwantyfikacja ekspresji na poziomie izoform:umożliwia szczegółową i dokładną analizę ekspresji, ujawniając zmiany, które mogą być maskowane podczas analizy ekspresji całego genu
●Mniejsze zapotrzebowanie na dane:W porównaniu do sekwencjonowania nowej generacji (NGS) sekwencjonowanie Nanopore charakteryzuje się mniejszymi wymaganiami dotyczącymi danych, co pozwala na uzyskanie takiego samego poziomu nasycenia ekspresji genów przy mniejszej ilości danych.
●Wyższa dokładność kwantyfikacji ekspresji:zarówno na poziomie genu, jak i izoformy
●Identyfikacja dodatkowych informacji transkryptomowych:alternatywna poliadenylacja, geny fuzyjne i lcnRNA oraz ich geny docelowe
●Szeroka wiedza specjalistyczna:Nasz zespół wnosi do każdego projektu ogromne doświadczenie, mając na koncie ponad 850 ukończonych projektów dotyczących pełnego transkryptomu Nanopore i przetworzenie ponad 8000 próbek.
●Wsparcie posprzedażowe:Nasze zaangażowanie wykracza poza zakończenie projektu, oferując 3-miesięczny okres obsługi posprzedażowej. W tym czasie oferujemy nadzór nad projektem, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania dotyczące wyników.
Wymagania dotyczące próbek i dostawa
| Biblioteka | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane | Kontrola jakości |
| Wzbogacony w poli A | Nanopore PromethION 48 | 6/12 GB | Średni wynik jakości: Q10 |
Przykładowe wymagania:
Nukleotydy:
| Stężenie (ng/μl) | Ilość (μg) | Czystość | Uczciwość |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na żelu widoczne jest ograniczone lub żadne zanieczyszczenie białkiem lub DNA. | Dla roślin: RIN≥7,0; Dla zwierząt: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ograniczona lub brak wysokości linii bazowej |
● Rośliny:
Korzeń, łodyga lub płatek: 450 mg
Liść lub nasiono: 300 mg
Owoce: 1,2 g
● Zwierzę:
Serce lub jelita: 300 mg
Wnętrzności lub mózg: 240 mg
Mięśnie: 450 mg
Kości, włosy lub skóra: 1 g
● Stawonogi:
Owady: 6g
Skorupiaki: 300 mg
● Krew pełna: 1 tubka
● Komórki: 106 komórki
Zalecana dostawa próbek
Pojemnik: probówka wirówkowa o pojemności 2 ml (folia aluminiowa nie jest zalecana)
Oznaczenia próbek: Grupa+replika, np. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Wysyłka:
1. Suchy lód: Próbki należy zapakować do worków i zakopać w suchym lodzie.
2. Probówki RNAstable: próbki RNA można suszyć w probówkach do stabilizacji RNA (np. RNAstable®) i transportować w temperaturze pokojowej.
Przepływ pracy serwisowej
Nukleotydy:
Dostawa próbek
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Przepływ pracy serwisowej
Tkanka:
Projekt eksperymentu
Dostawa próbek
Ekstrakcja RNA
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
● Przetwarzanie danych surowych
● Identyfikacja transkryptu
● Alternatywne łączenie
● Kwantyfikacja ekspresji na poziomie genu i izoformy
● Analiza różnicowej ekspresji
● Adnotacja i wzbogacanie funkcji (DEG i DET)
Analiza alternatywnego splicingu
Alternatywna analiza poliadenylacji (APA)
Predykcja lncRNA
Adnotacja nowych genów
Klastrowanie DET
Sieci białko-białko w DEGs
Zapoznaj się z postępem technicznym uzyskanym dzięki usługom sekwencjonowania mRNA Nanopore firmy BMKGene, zapoznaj się z wybranym zbiorem publikacji.
Gong, B. i in. (2023) „Epigenetyczna i transkrypcyjna aktywacja kinazy wydzielniczej FAM20C jako onkogenu w glejaku”, Journal of Genetics and Genomics, 50(6), s. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. i in. (2023) „Pełnowymiarowe sekwencjonowanie transkryptomu limfocytów reagujących na IFN-γ ujawnia odpowiedź immunologiczną o typie Th1 u flądry (Paralichthys olivaceus)”, Fish & Shellfish Immunology, 134, s. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. i in. (2023) „Analiza porównawcza metod sekwencjonowania RNA PacBio i ONT do identyfikacji jadu Nemopilema Nomurai”, Genomics, 115(6), s. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. i in. (2023) „Analiza nanosekwencji ujawnia odmienną tendencję funkcjonalną między eksosomami i mikropęcherzykami pochodzącymi z hUMSC”, Stem Cell Research and Therapy, 14(1), s. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
