Zgromadzenie genomu grzyba de novo
BMKGENE oferuje wszechstronne rozwiązania dla genomów grzybów, zaspokajając zróżnicowane potrzeby badawcze i dążąc do uzyskania pożądanej kompletności genomu. Wykorzystanie sekwencjonowania krótkich odczytów Illumina pozwala na wygenerowanie wstępnego genomu. Sekwencjonowanie krótkich odczytów i długich odczytów z wykorzystaniem Nanopore lub Pacbio jest łączone, co pozwala na uzyskanie bardziej dopracowanego genomu grzyba z dłuższymi kontigami. Co więcej, integracja sekwencjonowania Hi-C dodatkowo zwiększa możliwości, umożliwiając uzyskanie kompletnego genomu na poziomie chromosomów.
Funkcje usługi
W zależności od pożądanego stopnia kompletności genomu, do wyboru są trzy opcje:
● Opcja wersji roboczej genomu: Sekwencjonowanie krótkich odczytów przy użyciu Illumina NovaSeq PE150.
● Opcja dokładnego genomu grzybów:
Badanie genomu: Illumina NovaSeq PE150.
Składanie genomu: PacBio Revio (odczyt HiFi) lub Nanopore PromethION 48.
● Genom grzyba na poziomie chromosomu:
Badanie genomu: Illumina NovaSeq PE150.
Składanie genomu: PacBio Revio (odczyt HiFi) lub Nanopore PromethION 48.
Kotwienie Contig z montażem Hi-C.
Zalety usługi
●Dostępne są liczne strategie sekwencjonowania:Dla różnych celów badawczych i wymagań kompletności genomu
●Kompletny obieg pracy bioinformatycznej:Obejmuje to składanie genomu i przewidywanie wielu elementów genomowych, funkcjonalną adnotację genów i kotwiczenie kontigów.
●Szeroka wiedza specjalistyczna: Dysponując ponad 12 000 genomów mikrobiologicznych, możemy pochwalić się ponad dziesięcioletnim doświadczeniem, wysoko wykwalifikowanym zespołem analityków, kompleksową ofertą usług oraz doskonałym wsparciem posprzedażowym.
●Wsparcie posprzedażowe:Nasze zaangażowanie wykracza poza ukończenie projektu i obejmuje 3-miesięczny okres obsługi posprzedażowej. W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania dotyczące wyników.
Specyfikacje usług
| Praca | Strategia sekwencjonowania | Kontrola jakości |
| Projekt genomu | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Dobry genom | Badanie genomu: Illumina PE150 50 x Montaż: PacBio HiFi 30x lub Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb（Pacbio Unicellular） contig N50 ≥2Mb（ONT Unicellular） contig N50 ≥500kb（Inne） |
| Genom na poziomie chromosomu | Badanie genomu: Illumina PE150 50 x Montaż: PacBio HiFi 30x lub Nanopore 100x Montaż Hi-C 100x | Współczynnik zakotwiczenia contigu >90%
|
Wymagania serwisowe
| Stężenie (ng/µl) | Całkowita ilość (µg) | Objętość (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1,6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Grzyb jednokomórkowy: ≥3,5x1010 komórki
Grzyb makro: ≥10 g
Przepływ pracy serwisowej
Dostawa próbek
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Zawiera następującą analizę:
Badanie genomu:
- Kontrola jakości danych sekwencjonowania
- Oszacowanie genomu: wielkość, heterozygotyczność, elementy powtarzalne
Precyzyjny montaż genomu:
- Kontrola jakości danych sekwencjonowania
- Od nowaMontaż
- Analiza składników genomu: przewidywanie CDS i wielu elementów genomowych
- Adnotacja funkcjonalna z wieloma ogólnymi bazami danych (GO, KEGG itp.) i zaawansowanymi bazami danych (CARD, VFDB itp.)
Montaż Hi-C:
- Ocena biblioteczna Hi-C.
- Kontigi kotwiczące klastrowanie, porządkowanie i orientowanie
- Ocena montażu HI-C: na podstawie genomu referencyjnego i mapy cieplnej
Przegląd genomu: rozkład k-merów
Montaż genomu: adnotacja homologiczna genu (baza danych NR)
Montaż genomu: funkcjonalna adnotacja genu (GO)
Zapoznaj się z postępem technicznym, jaki osiągnęły usługi BMKGene w zakresie składania genomu grzybów, poprzez starannie dobrany zbiór publikacji.
Hao, J. i in. (2023) „Zintegrowane profilowanie omiczne grzyba leczniczego Inonotus obliquus w warunkach zanurzenia”,BMC Genomics, 24(1), s. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. i in. (2023) „Sekwencjonowanie genomu ujawnia ewolucję i mechanizmy patogeniczne patogenu ostrej plamistości ocznej pszenicy Rhizoctonia cerealis”,Dziennik upraw, 11(2), s. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. i in. (2023) „Zasoby genomu czterech gatunków Clarireedia powodujących plamistość dolarową na różnych trawnikach”,Choroby roślin, 107(3), s. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS i in. (2023) „Genetyczne i molekularne dowody na istnienie czterobiegunowego układu godowego u jadalnego grzyba Grifola frondosa”,Czasopismo grzybów, 9(10), s. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
