Interakcja chromatyny oparta na Hi-C
Funkcje usługi
● Sekwencjonowanie na Illumina NovaSeq z PE150.
● Do wykonania usługi potrzebne są próbki tkanek, a nie wyekstrahowane kwasy nukleinowe, które poddane zostaną wiązaniu formaldehydem i zachowają interakcje DNA-białko.
● Eksperyment Hi-C obejmuje restrykcję i naprawę lepkich końców biotyną, a następnie cyrkularyzację powstałych tępych końców z zachowaniem interakcji. Następnie DNA jest ściągane za pomocą kulek streptawidynowych i oczyszczane w celu późniejszego przygotowania biblioteki.
Zalety usługi
●Optymalny projekt enzymu restrykcyjnego:aby zapewnić wysoką wydajność Hi-C w przypadku różnych gatunków, przy nawet 93% prawidłowych par interakcji.
●Obszerna wiedza specjalistyczna i dorobek publikacyjny:BMKGene posiada bogate doświadczenie w ponad 2000 projektach sekwencjonowania Hi-C obejmujących 800 różnych gatunków i objętych wieloma patentami. Ponad 100 opublikowanych przypadków o łącznym współczynniku wpływu przekraczającym 900.
●Wysoko wykwalifikowany zespół bioinformatyczny:z własnymi patentami i prawami autorskimi do oprogramowania do eksperymentów Hi-C i analizy danych oraz samodzielnie opracowanego oprogramowania do wizualizacji danych.
●Wsparcie posprzedażowe:Nasze zaangażowanie wykracza poza ukończenie projektu i obejmuje 3-miesięczny okres obsługi posprzedażowej. W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania dotyczące wyników.
●Kompleksowa adnotacja:korzystamy z wielu baz danych w celu funkcjonalnej adnotacji genów ze zidentyfikowanymi wariantami i przeprowadzamy odpowiednią analizę wzbogacenia, dostarczając spostrzeżeń na temat wielu projektów badawczych.
Specyfikacje usług
| Biblioteka | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane wyjściowe | Rozdzielczość sygnału Hi-C |
| Biblioteka Hi-C | Illumina PE150 | Pętla chromatyny: 150x TAD: 50x | Pętla chromatyny: 10 kb TAD: 40 KB |
Wymagania serwisowe
| Typ próbki | Wymagana kwota |
| Tkanka zwierzęca | ≥2g |
| Pełna krew | ≥2 ml |
| Grzyby | ≥1g |
| Roślina - młoda tkanka | 1 g/aliquot, zalecane 2-4 alikquoty |
| Komórki hodowane | ≥1x107 |
Zawiera następującą analizę:
● Kontrola jakości danych surowych;
● Biblioteka mapowania i Hi-C QC: prawidłowe pary interakcji i wykładniki zaniku interakcji (IDE);
● Profilowanie interakcji w całym genomie: analiza cis/trans i mapa interakcji Hi-C;
● Analiza rozkładu przedziałów A/B;
● Identyfikacja TAD i pętli chromatynowych;
● Analiza różnicowa elementów struktury chromatyny 3D w różnych próbkach i odpowiadająca im funkcjonalna adnotacja powiązanych genów.
Rozkład proporcji cis i trans
Mapa cieplna oddziaływań chromosomowych między próbkami
Rozkład przedziałów A/B w całym genomie
Rozkład pętli chromatynowych w całym genomie
Wizualizacja TAD-ów
Zapoznaj się z postępem badań naukowych, jakie umożliwiły usługi sekwencjonowania Hi-C firmy BMKGene, poprzez starannie dobrany zbiór publikacji.
Meng, T. i in. (2021) „Porównawcza zintegrowana analiza multiomiczna identyfikuje CA2 jako nowy cel dla chrzęstniaka”,Neuro-onkologia, 23(10), s. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. i in. (2021) „Trójwymiarowa dezorganizacja i przegrupowanie genomu dostarczają informacji na temat patogenezy NAFLD poprzez zintegrowane sekwencjonowanie Hi-C, Nanopore i RNA”,Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), s. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
