Sekwencjonowanie metatranskryptomu
Funkcje usługi
● Wyczerpanie rRNA, a następnie kierunkowe przygotowanie biblioteki mRNA.
● Sekwencjonowanie na Illumina NovaSeq.
Zalety serwisu
●Zbadaj zmiany złożonych zbiorowisk drobnoustrojów:Dzieje się to na poziomie transkrypcji i odkrywania potencjalnych nowych genów.
●Wyjaśnianie interakcji społeczności drobnoustrojów z gospodarzem lub środowiskiem.
●Kompleksowa analiza bioinformatyczna: Zapewnia wgląd w skład taksonomiczny i funkcjonalny społeczności, a także analizę zróżnicowanej ekspresji genów.
●Obszerna adnotacja dotycząca genów:Korzystanie z aktualnych baz danych funkcji genów w celu uzyskania informacyjnych informacji na temat ekspresji genów w społecznościach drobnoustrojów.
●Wsparcie posprzedażowe:Nasze zaangażowanie wykracza poza realizację projektu i obejmuje 3-miesięczny okres obsługi posprzedażnej. W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania związane z wynikami.
Specyfikacje usług
| Platforma sekwencjonowania | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane | Kontrola jakości danych |
| Illumina NovaSekw | PE150 | 12 GB | Q30≥85% |
Przykładowe wymagania
| Stężenie (ng/µL) | Całkowita ilość (µg) | Objętość (µL) | OD260/280 | OD260/230 | RIN |
| ≥50 | ≥1,0 | ≥20 | 1,8-2,0 | 1,0-2,5 | ≥6,5 |
Przebieg prac serwisowych
Dostawa próbek
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Zawiera następującą analizę:
● Kontrola jakości danych sekwencjonowania
● Zgromadzenie transkrypcji
● Adnotacja taksonomiczna i liczebność
● Adnotacja funkcjonalna i obfitość
● Kwantyfikacja wyrażeń i analiza różnicowa
Rozkład taksonomiczny każdej próbki:
Analiza różnorodności beta: UPGMA
Adnotacja funkcjonalna – obfitość GO
Różnicowa liczebność taksonomii – LEFSE
Zapoznaj się z postępami, jakie umożliwiają usługi sekwencjonowania metatranskryptomicznego BMKGene, poprzez wyselekcjonowany zbiór publikacji.
Lu, Z. i in. (2023) „Tolerancja kwasu bakterii wykorzystujących mleczany z rzędu Bacteroides przyczynia się do zapobiegania kwasicy żwacza u kóz przystosowanych do diety wysokoskoncentrowanej”,Żywienie zwierząt, 14, s. 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.
Song, Z. i in. (2017) „Odkrywanie podstawowej mikroflory funkcjonalnej w tradycyjnej fermentacji w stanie stałym za pomocą wysokowydajnych amplikonów i sekwencjonowania metatranskryptomicznego”,Granice w mikrobiologii, 8(LIPIEC). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/PEŁNY.
Wang, W. i in. (2022) „Nowe mykowirusy odkryte w wyniku badania metatranskryptomicznego fitopatogennego grzyba Alternaria”,Wirusy, 14(11), s. 1. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.
Wei, J. i in. (2022) „Analiza metatranskryptomu równoległego ujawnia degradację wtórnych metabolitów roślin przez chrząszcze i ich symbionty jelitowe”,Molekularny Ekologia, 31(15), s. 3999–4016. doi: 10.1111/MEC.16557.
