Sekwencjonowanie metatranskryptomu
Funkcje usługi
● usuwanie rRNA z następującym po nim przygotowaniem kierunkowej biblioteki mRNA.
● Sekwencjonowanie na Illumina NovaSeq.
Zalety usługi
●Zbadaj zmiany zachodzące w złożonych społecznościach mikroorganizmów:Dzieje się to na poziomie transkrypcyjnym i ma na celu eksplorację potencjalnie nowych genów.
●Wyjaśnienie interakcji społeczności mikrobiologicznej z gospodarzem i środowiskiem.
●Kompleksowa analiza bioinformatyczna:Zapewnia to wgląd w skład taksonomiczny i funkcjonalny społeczności, a także analizę różnic w ekspresji genów.
●Obszerna adnotacja genów:Wykorzystanie aktualnych baz danych funkcji genów w celu uzyskania informacji na temat ekspresji genów w społecznościach mikroorganizmów.
●Wsparcie posprzedażowe:Nasze zaangażowanie wykracza poza ukończenie projektu i obejmuje 3-miesięczny okres obsługi posprzedażowej. W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania dotyczące wyników.
Specyfikacje usług
| Platforma sekwencjonowania | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane | Kontrola jakości danych |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 12 GB | Q30≥85% |
Przykładowe wymagania
| Stężenie (ng/µl) | Całkowita ilość (µg) | Objętość (µL) | OD260/280 | OD260/230 | RIN |
| ≥50 | ≥1,0 | ≥20 | 1,8-2,0 | 1,0-2,5 | ≥6,5 |
Przepływ pracy serwisowej
Dostawa próbek
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Zawiera następującą analizę:
● Kontrola jakości danych sekwencjonowania
● Montaż transkryptu
● Adnotacja taksonomiczna i liczebność
● Adnotacja funkcjonalna i obfitość
● Kwantyfikacja ekspresji i analiza różnicowa
Dystrybucja taksonomiczna każdej próbki:
Analiza różnorodności beta: UPGMA
Adnotacja funkcjonalna – obfitość GO
Różnicowa liczebność taksonomiczna – LEFSE
Zapoznaj się z postępem technicznym, jaki osiągnięto dzięki usługom sekwencjonowania metatranskryptomiki firmy BMKGene, przeglądając starannie dobrany zbiór publikacji.
Lu, Z. i in. (2023) „Tolerancja na kwas bakterii wykorzystujących mleczan z rzędu Bacteroidales przyczynia się do zapobiegania kwasicy żwacza u kóz przystosowanych do diety wysokokoncentrowanej”,Żywienie zwierząt, 14, s. 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.
Song, Z. i in. (2017) „Odkrywanie podstawowej funkcjonalnej mikrobioty w tradycyjnej fermentacji w stanie stałym za pomocą amplikonów o wysokiej przepustowości i sekwencjonowania metatranskryptomiki”,Granice mikrobiologii, 8(LIPIEC). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.
Wang, W. i in. (2022) „Nowe mykowirusy odkryte w badaniu metatranskryptomicznym fitopatogennego grzyba Alternaria”,Wirusy, 14(11), s. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.
Wei, J. i in. (2022) „Równoległa analiza metatranskryptomu ujawnia degradację wtórnych metabolitów roślinnych przez chrząszcze i ich symbionty jelitowe”,Molekularny Ekologia, 31(15), s. 3999–4016. doi: 10.1111/MEC.16557.
