Sekwencjonowanie metatranscriptom
Funkcje serwisowe
● Zubożenie rRNA, a następnie przygotowanie kierunkowego biblioteki mRNA.
● Sekwencjonowanie na Illumina Novaseq.
Zalety serwisowe
●Zbadaj zmiany złożonych społeczności drobnoustrojów:Dzieje się tak na poziomie transkrypcyjnym i eksploruje potencjalne nowe geny.
●Wyjaśnienie interakcji społeczności drobnoustrojów z gospodarzem lub środowiskiem.
●Kompleksowa analiza bioinformatyczna: Zapewnia to wgląd w kompozycje taksonomiczne i funkcjonalne społeczności, a także analizę ekspresji genów różnicowych.
●Rozległa adnotacja genów:Korzystanie z aktualnych baz danych funkcji genów do informacyjnej informacji ekspresji genów społeczności drobnoustrojów.
●Wsparcie po sprzedaży:Nasze zobowiązanie wykracza poza ukończenie projektu z 3-miesięcznym okresem usług po sprzedaży. W tym czasie oferujemy obserwację projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby rozwiązać wszelkie zapytania związane z wynikami.
Specyfikacje usług
| Platforma sekwencjonowania | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane | Kontrola jakości danych |
| Illumina Novaseq | PE150 | 12 GB | Q30 ≥85% |
Wymagania przykładowe
| Stężenie (ng/µl) | Całkowita ilość (µg) | Objętość (µl) | OD260/280 | OD260/230 | Rin |
| ≥50 | ≥1,0 | ≥20 | 1.8-2.0 | 1.0-2.5 | ≥6,5 |
Przepływ pracy usług
Dostawa próbki
Konstrukcja biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi po sprzedaży
Obejmuje następującą analizę:
● Sekwencjonowanie kontroli jakości danych
● Zespół transkrypcji
● Adnotacja taksonomiczna i obfitość
● Funkcjonalna adnotacja i obfitość
● Kwantyfikacja wyrażenia i analiza różnicowa
Rozkład taksonomiczny każdej próbki:
Analiza różnorodności beta: UPGMA
Adnotacja funkcjonalna - obfitość
Różnicowa liczebność taksonomii - Lefse
Zbadaj postępy ułatwione przez usługi sekwencjonowania Meta transkryptomiki BMKGENE za pomocą wyselekcjonowanego zbioru publikacji.
Lu, Z. i in. (2023) „Tolerancja kwasu bakterii wykorzystywania mleczanu w rzędu bakteriodowe przyczyniają się do zapobiegania kwasicy żumennej u kóz przystosowanych do diety o wysokiej zawartości koncentratu”,Odżywianie zwierząt, 14, s. 130–140. doi: 10.1016/j.aninu.2023.05.006.
Song, Z. i in. (2017) „Odkrywanie rdzenia funkcjonalnego mikroflory w tradycyjnej fermentacji w stanie stałym przez wysokoprzepustowe amplikony i sekwencjonowanie metatranscriptomics”,Granice w mikrobiologii, 8 (lipca). doi: 10.3389/fmicb.2017.01294/pełne.
Wang, W. i in. (2022) „Nowatorskie prąki odkryte z ankiety MetatranscriptomicWirusy, 14 (11), s. 1 2552. Doi: 10.3390/v14112552/s1.
Wei, J. i in. (2022) „Analiza równoległa metatranscriptome ujawnia degradację wtórnych metabolitów roślin przez chrząszcze i ich symbionty jelit”,Molekularny Ekologia, 31 (15), s. 3999–4016. doi: 10.1111/mec.16557.
