-
Sekwencjonowanie Metagenomiczne (NGS)
Metagenom odnosi się do zbioru całkowitego materiału genetycznego mieszanej społeczności organizmów, takiej jak metagenom środowiskowy, metagenom człowieka itp. Zawiera genomy mikroorganizmów zarówno nadających się do hodowli, jak i nienadających się do uprawy.Sekwencjonowanie metagenomiczne to narzędzie molekularne wykorzystywane do analizy mieszanych materiałów genomowych wyekstrahowanych z próbek środowiskowych, które dostarcza szczegółowych informacji na temat różnorodności i liczebności gatunków, struktury populacji, związku filogenetycznego, funkcjonalnych genów i sieci korelacji z czynnikami środowiskowymi.
Platforma:Illumina NovaSeq6000
-
Sekwencjonowanie metagenomiczne – nanopory
Metagenomika to narzędzie molekularne używane do analizy mieszanych materiałów genomowych wyekstrahowanych z próbek środowiskowych, które dostarcza szczegółowych informacji na temat różnorodności i liczebności gatunków, struktury populacji, relacji filogenetycznych, funkcjonalnych genów i sieci korelacji z czynnikami środowiskowymi itp. Platformy do sekwencjonowania nanoporów zostały niedawno wprowadzone do badań metagenomicznych.Jego wyjątkowa wydajność w zakresie długości odczytu znacznie poprawiła analizę metagenomiczną w dół strumienia, zwłaszcza montaż metagenomu.Wykorzystując zalety długości odczytu, badanie metagenomiczne oparte na nanoporach jest w stanie osiągnąć bardziej ciągłe składanie w porównaniu z metagenomiką typu shotgun.Opublikowano, że metagenomika oparta na nanoporach z powodzeniem wygenerowała kompletne i zamknięte genomy bakteryjne z mikrobiomów (Moss, EL, et. al,Biotechnologia przyrodnicza, 2020)
Platforma:Nanopore PromethION P48
-
Sekwencjonowanie amplikonów 16S/18S/ITS-PacBio
Podjednostka na 16S i 18S rRNA zawierająca zarówno wysoce konserwatywne, jak i hiperzmienne regiony jest doskonałym molekularnym odciskiem palca do identyfikacji organizmów prokariotycznych i eukariotycznych.Wykorzystując sekwencjonowanie, amplikony te mogą być celowane w oparciu o zachowane części, a regiony hiperzmienne można w pełni scharakteryzować pod kątem identyfikacji drobnoustrojów, przyczyniając się do badań obejmujących analizę różnorodności drobnoustrojów, taksonomię, filogenezę itp. Pojedyncza cząsteczka w czasie rzeczywistym (SMRT ) sekwencjonowanie platformy PacBio umożliwia uzyskanie bardzo dokładnych długich odczytów, które mogłyby objąć amplikony pełnej długości (ok. 1,5 Kb).Poszerzony widok pola genetycznego znacznie poprawił rozdzielczość przypisów gatunkowych w społeczności bakterii lub grzybów.
Platforma:PacBio sequel II
-
Sekwencjonowanie amplikonów 16S/18S/ITS-NGS
Sekwencjonowanie amplikonów 16S/18S/ITS ma na celu ujawnienie filogenezy, taksonomii i obfitości gatunków w społeczności drobnoustrojów poprzez badanie produktów PCR z domowych markerów genetycznych, które zawierają zarówno części wysoce konwersacyjne, jak i hiperzmienne.Wprowadzenie tych doskonałych molekularnych odcisków palców przez Woesesa i wsp. (1977) umożliwia profilowanie mikrobiomu bez izolacji.Sekwencjonowanie 16S (bakterie), 18S (grzyby) oraz wewnętrzny przerywnik transkrybowany (ITS, grzyby) pozwala na identyfikację zarówno gatunków licznie występujących, jak i rzadkich i niezidentyfikowanych.Technologia ta stała się szeroko stosowanym i głównym narzędziem do identyfikacji zróżnicowanego składu drobnoustrojów w różnych środowiskach, takich jak jama ustna, jelita, kał itp.
Platforma:Illumina NovaSeq6000
-
Ponowne sekwencjonowanie całego genomu bakteryjnego i grzybiczego
Ponowne sekwencjonowanie całego genomu bakterii i grzybów jest kluczowym narzędziem do uzupełniania genomów znanych bakterii i grzybów, a także do porównywania wielu genomów lub mapowania genomów nowych organizmów.Ogromne znaczenie ma sekwencjonowanie całych genomów bakterii i grzybów w celu wygenerowania dokładnych genomów referencyjnych, identyfikacji drobnoustrojów i innych porównawczych badań genomowych.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Genom grzybiczy
Technologie Biomarker zapewniają przegląd genomu, dokładny genom i kompletny genom grzyba w zależności od konkretnego celu badawczego.Sekwencjonowanie, składanie i funkcjonalną adnotację genomu można osiągnąć poprzez połączenie sekwencjonowania nowej generacji + sekwencjonowania trzeciej generacji w celu uzyskania montażu genomu na wysokim poziomie.Technologię Hi-C można również zastosować do ułatwienia składania genomu na poziomie chromosomu.
Platforma:PacBio sequel II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Bakterie kompletny genom
Firma Biomarker Technologies świadczy usługi sekwencjonowania w zakresie konstruowania pełnego genomu bakterii z zerową przerwą.Główny przepływ pracy związany z konstruowaniem pełnego genomu bakterii obejmuje sekwencjonowanie trzeciej generacji, składanie, adnotację funkcjonalną i zaawansowaną analizę bioinformatyczną spełniającą określone cele badawcze.Bardziej kompleksowe profilowanie genomu bakterii umożliwia ujawnienie podstawowych mechanizmów leżących u podstaw ich procesów biologicznych, co może również stanowić cenne odniesienie dla badań genomicznych na wyższych gatunkach eukariotycznych
Platforma:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio sequel II
