mRNA-seq (NGS) – de novo

Sekwencjonowanie mRNA umożliwia profilowanie wszystkich transkryptów mRNA w komórkach w określonych warunkach i jest szeroko stosowaną technologią w różnych dziedzinach badań. Protokół sekwencjonowania mRNA De novo BMKCloud został zaprojektowany do analizy bibliotek sekwencjonowania wzbogaconych w poli-A, gdy nie jest dostępny genom referencyjny. Protokół rozpoczyna się od kontroli jakości, a następnie…od nowaMontaż transkryptu i selekcja zestawu unigenów. Analiza struktury unigenów pozwala przewidzieć sekwencję kodującą (CDS) i proste powtórzenia sekwencji (SSR). Następnie analiza ekspresji różnicowej pozwala na znalezienie genów o zróżnicowanej ekspresji (DEG) w testowanych warunkach, a następnie na adnotację funkcjonalną i wzbogacenie DEG w celu uzyskania informacji biologicznych.