Nanopore Pełnej długości transkryptom

Sekwencjonowanie transkryptomu Nanopore to wydajna metoda sekwencjonowania pełnej długości cDNA, umożliwiająca dokładną identyfikację i kwantyfikację izoform transkryptu. System BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline został zaprojektowany do analizy danych RNA-Seq generowanych na platformie Nanopore w zestawieniu z wysokiej jakości, dobrze opisanym genomem referencyjnym, zapewniając analizę jakościową i ilościową zarówno na poziomie genu, jak i transkryptu. Po kontroli jakości uzyskuje się pełnej długości sekwencje niechimeryczne (FLNC), a sekwencje konsensusowe mapuje się na genom referencyjny w celu usunięcia zbędnych transkryptów. Z tego zestawu transkryptów kwantyfikuje się ekspresję, a geny i transkrypty o zróżnicowanej ekspresji są identyfikowane i opatrywane adnotacjami funkcjonalnymi. Proces obejmuje również analizę alternatywnej poliadenylacji (APA), analizę alternatywnego splicingu, analizę prostych powtórzeń sekwencji (SSR), przewidywanie lncRNA i odpowiadających im celów, przewidywanie sekwencji kodujących (CDS), analizę rodzin genów, analizę czynników transkrypcyjnych, przewidywanie nowych genów i funkcjonalną adnotację transkryptów.